vasp的任务提交脚本都不一样吗

Mr.zhen · 发表于 Post on 2023-5-23 16:50:26

听说不同的服务器上都有各自的vasp提交脚本，可以向管理员索要。如果是在自己的服务器上新安装的vasp，任务提交脚本应当如何写呢，是否有比较普适性的例子可参考。

含光君 · 发表于 Post on 2023-5-23 17:13:10

这取决于你的服务器上装的啥队列系统，没装的话就shell命令直接跑呗。

wmy · 发表于 Post on 2023-5-23 17:13:17

这是我报的一个班老师提供的提交脚本。

abin · 发表于 Post on 2023-5-23 21:21:59

使用slurm的话,
可以参考这里, https://gitee.com/hpc4you/redstar

拷贝之后, 修改对应路径即可.

snljty2 · 发表于 Post on 2023-5-24 14:00:22

如果是装了作业系统，要在脚本最前面指定资源调用。如果多节点集群而且没有IB网，最好把临时读写文件在的目录设在计算节点最快的硬盘上，必要时候需要把输入文件拷贝过去，算完了再把输出文件拷贝回来。然后要加载你的软件相应的环境变量，就是PATH，LD_LIBRARY_PATH之类的环境变量，包括你的软件本身的和依赖的（动态链接）库的，以及栈内存限制释放等等，看你具体把软件和库装在哪里，以及怎么配置的了，有的集群会装Environment Module，那如果已经有人配置好module，加载相应的modulefile就行。中间部分就是运行命令，有些程序要显示指明并行设置，比如16核并行mpirun -np 8 vasp_std > vasp_log.txt，这些地方各个脚本会不完全一样，但是原理上都是这几件事。

乐平 · 发表于 Post on 2023-5-24 17:09:54

按照你的提问

在自己的服务器上新安装 VASP

需要确认的是，你自己的服务器是指：
（1）课题组自己的超算集群？
（2）自己的小型塔式工作站？

如果是（1），建议联系工程师安装作业管理系统

如果是（2），可以按照论坛里的这几个帖子来安装作业管理系统（slurm 或者 torque）

http://bbs.keinsci.com/thread-20943-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-30694-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-32750-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-28395-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-22808-1-1.html

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