求助：在一个方向做周期性延展，另一个方向不做周期性延展的氧化石墨烯拓扑构造

qmlearner

大家好，请问有片氧化石墨烯，模拟的时候在y方向周期性延展，在x方向不做周期性延展（如图所示），这种情况还可以用x2top构造拓扑文件吗？应该怎么写n2t文件呢？谢谢！

sobereva

可以
该怎么写还怎么写，所有化学环境的碳原子都写进去就完了。比起XY周期性的情况只不过需要多定义与两个C相连的碳的情况而已

qmlearner

sobereva 发表于 2023-5-23 23:56
可以
该怎么写还怎么写，所有化学环境的碳原子都写进去就完了。比起XY周期性的情况只不过需要多定义与两个 ...

谢谢卢老师。我的GO.n2t文件如下，
C  CA  0.00   12.011 1 C 0.142
C  CA  0.00   12.011 2 C 0.142 C 0.142
C  CA  0.00   12.011 3 C 0.142 C 0.142 C 0.142
;epoxy C
C  CT  0.14   12.011 4 C 0.142 C 0.142 C 0.142 OD 0.141
;hydroxyl C
C  CT  0.15   12.011 4 C 0.142 C 0.142 C 0.142 OA 0.146
;hydroxyl O, H and epoxy O
HA HO  0.445   1.008  1 OA 0.097
OA OH -0.585  15.9994 2  C 0.146 HA 0.096
OD OS -0.280  15.9994 2  C 0.139 C 0.139

生成拓扑的操作如下：gmx x2top -f GO.pdb -o GO.top -ff select –pbc
得到了GO.itp

跑了一段时间时间的npt模拟之后，看到y方向的周期性并没有维持住，
请问卢老师这是什么原因呢？非常感谢！我的GO.pdb，md.xtc, GO.itp文件都放在了以下链接里。

链接：https://pan.baidu.com/s/1lOJq5VzxKmEWQui2IJoshg?pwd=73z1
提取码：73z1

qmlearner

qmlearner 发表于 2023-5-24 12:09
谢谢卢老师。我的GO.n2t文件如下，
C  CA  0.00   12.011 1 C 0.142
C  CA  0.00   12.011 2 C 0.142 C ...

卢老师好，我发现原来生成拓扑用的GO.pdb中没有盒子信息，又重新加上盒子信息（GO-box.pdb）得到了新的拓扑文件GO.itp。检查GO.itp [bonds]部分也包含了跨越周期边界的键，现在测试该拓扑是否可以。

但是在进行能量最小化时，出现如下问题。我重新把体系增大差不多一倍之后，还是会有相同的问题。请问这有可能是什么导致的呢，谢谢！

Initializing Domain Decomposition on 1 ranks
NOTE: disabling dynamic load balancing as it is only supported with dynamics, not with integrator 'steep'.
Dynamic load balancing: off
Minimum cell size due to atom displacement: 0.050 nm
Initial maximum distances in bonded interactions:
    two-body bonded interactions: 3.818 nm, LJ-14, atoms 620 752
  multi-body bonded interactions: 3.768 nm, Angle, atoms 588 731
Minimum cell size due to bonded interactions: 4.200 nm
Using 0 separate PME ranks because: there are too few total ranks for efficient splitting
Optimizing the DD grid for 1 cells with a minimum initial size of 4.200 nm
The maximum allowed number of cells is: X 2 Y 0 Z 1

-------------------------------------------------------
Program:     gmx mdrun, version 2022.5
Source file: src/gromacs/domdec/domdec.cpp (line 2239)

Fatal error:
There is no domain decomposition for 1 ranks that is compatible with the given
box and a minimum cell size of 4.20025 nm
Change the number of ranks or mdrun option -rdd or -dds
Look in the log file for details on the domain decomposition

GO-box.pdb, 新产生的GO.itp文件，模拟体系4层GO结构放在了以下链接里：
链接：https://pan.baidu.com/s/1krz90HtkFsKSXM29KrAGwA?pwd=lyrz
提取码：lyrz

sobereva

qmlearner 发表于 2023-5-24 17:07
卢老师好，我发现原来生成拓扑用的GO.pdb中没有盒子信息，又重新加上盒子信息（GO-box.pdb）得到了新的拓 ...

我目前没时间具体看你的文件
mdrun加上-ntmpi 1再试。如果跑出来的轨迹有明显异常，那就是拓扑文件或者mdp设置有问题

qmlearner

sobereva 发表于 2023-5-26 05:02
我目前没时间具体看你的文件
mdrun加上-ntmpi 1再试。如果跑出来的轨迹有明显异常，那就是拓扑文件或者m ...

非常感谢卢老师：）我试了-ntmpi 1，还是有同样的错误，应该是由于本来就1个rank，不能再小了。

看.log里有下面的提示：
NOTE: disabling dynamic load balancing as it is only supported with dynamics, not with integrator 'steep'.
Dynamic load balancing: off
所以我用-dlb no关掉了dynamics load balancing，但这样域分解的错误还在：
Fatal error:
There is no domain decomposition for 1 ranks that is compatible with the given
box and a minimum cell size of 4.20025 nm
Change the number of ranks or mdrun option -rdd or -dds
Look in the log file for details on the domain decomposition

于是按照提示，我又试了gmx mdrun –v –nt –deffnm –rdd 0.16
其中0.16是我的体系中比最长键长稍大点儿的一个数值。然后就没有错误提示了。

能量最小化后的结构如图“em后”（请见1楼），y方向的周期性维持住了（vmd显示出来跟能量最小化前比乍一看结构变了，但其实没有变）。
em前C-C键长是0.142 nm，em后C-C键长是0.143 nm。

我又接着跑了1个多ns的npt （也加上了-rdd，不然也还是有同样的错误），y方向周期性也还在。

请问下卢老师，我加上这个-rdd的解决方法可以吗？我在网上搜索了一下，感觉少有人用-rdd，所以不是很确定。

sobereva

qmlearner 发表于 2023-5-26 11:02
非常感谢卢老师：）我试了-ntmpi 1，还是有同样的错误，应该是由于本来就1个rank，不能再小了。

看.lo ...

结果看起来正常就行

qmlearner

sobereva 发表于 2023-5-27 07:25
结果看起来正常就行

谢谢卢老师，我再观察观察：)