amber中如何进行蛋白-小分子间的氢键、pi-pi的距离、角度限制？

汤圆皮儿 · 发表于 Post on 2023-5-26 21:24:18

各位老师好：
在进行升温模拟时，想进行蛋白-小分子间的氢键等相互作用的距离、角度限制，主要有以下几个问题：
（1）查阅amber教程后，得知makeDIST_RST程序可以生成sander需要的限制配置文件DISANG file。运行makeDIST_RST程序后，报错信息如下图所示：

（2）限制配置文件DISANG file是否可以手写生成，或者有其他方法可以解决嘛？
谢谢大家~

Serious · 发表于 Post on 2023-5-27 09:35:46

1）makeDIST_RST这个程序不太好用，建议自己写脚本来替代；
2）关于DISANG文件，你可以在AMBER手册搜索 &rst，看看rst文件格式是怎么样的，有关于距离、角度等限制的格式；如果你限制的个数少可以手写；

汤圆皮儿 · 发表于 Post on 2023-5-27 16:07:36

Serious 发表于 2023-5-27 09:35
1）makeDIST_RST这个程序不太好用，建议自己写脚本来替代；
2）关于DISANG文件，你可以在AMBER手册搜索 &r ...

非常感谢您的回复，已经在尝试了，还想请教您，关于DISANG文件里的rk2和rk3参数的设置，氢键、pi-pi有没有通用的设置数值呢？谢谢

Serious · 发表于 Post on 2023-5-27 16:32:35

汤圆皮儿发表于 2023-5-27 16:07
非常感谢您的回复，已经在尝试了，还想请教您，关于DISANG文件里的rk2和rk3参数的设置，氢键、pi-pi有没 ...

1）关于rk2、rk3力常数设置，在我的认知没有通用的设置数值。我个人通常设4、5那样子。简明而言，难束缚就力大些，比如10，容易束缚就小些，比如2；
2）希望有所帮助；

汤圆皮儿 · 发表于 Post on 2023-5-27 16:38:32

Serious 发表于 2023-5-27 16:32
1）关于rk2、rk3力常数设置，在我的认知没有通用的设置数值。我个人通常设4、5那样子。简明而言，难束缚 ...

真的太感谢啦，非常有帮助啊

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