求助面心立方结构的金原子结构如何获得其拓扑文件

HYUAN · 发表于 Post on 2023-5-27 10:34:09

老师好，我想将纳米金颗粒与DNA通过金硫键连在一起进行MD模拟，但是在构建纳米金颗粒的结构中出现一些问题，首先纳米金颗粒的直径本身是需要设置为13nm，于是我通过Materials Studio 2018绘制了纳米金颗粒，其结构为面心立方（FCC）结构，直径13nm，但是由于直径13nm的纳米金颗粒太大，所以我截取了纳米金颗粒的一个弧面作为DNA与纳米金连接的底部载体，在MS中截取了其弧面之后，可以得到弧面部分的.pdb文件，我有通过GROMACS的pdb2gmx命令生成其拓扑文件，但是生成的.gro文件中原本很多个金元字组成的弧面结构没有了，取而代之的是一个金原子。所以在此想请教老师，如何得到我想要的弧面的面心立方结构的金原子的拓扑文件。
图片上是由MS构建的13nm的纳米金颗粒，以及截取出的弧面纳米金颗粒部分，附件附带了弧面部分纳米金颗粒的.pdb文件。

AUF11.pdb (424.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

牧生 · 发表于 Post on 2023-5-27 13:32:52

http://sobereva.com/153

直接抄作业

HYUAN · 发表于 Post on 2023-5-27 14:40:42

牧生发表于 2023-5-27 13:32
http://sobereva.com/153

直接抄作业

好的，非常感谢您！我去试试

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[GROMACS] 求助面心立方结构的金原子结构如何获得其拓扑文件

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