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本帖最后由 ccccc123 于 2023-6-1 14:45 编辑
各位老师,有个问题困扰许久,特来求助
我的体系是二维材料上铺设一层有机溶剂用来气体分离,在计算单个气体分子从左往右穿膜过程中的PMF时,使用V-rescale耦合方式,温控组将单个气体和有机溶剂设为一组,材料单独一组,使用伞形采样计算,牵引代码如下,有如下两个问题:
1:为什么牵引过膜前后自由能收敛值不同,如图黑线所示,右边高左边低,我理解的应该是两边一样高才对,如果理解有错,还请不吝指正
2:我采用过膜后的结构作为初始结构,开始做从右往左逆过程相同设置下的PMF,得出的PMF曲线(如图红线)和之前有区别,这次的收敛值确是右边低左边高,与上一条结果相反
请问我的模拟过程有什么问题?
; Pull code
pull = yes
pull_ncoords = 1
pull_ngroups = 1
pull_group1_name = N2
pull_coord1_type = umbrella
pull_coord1_geometry = direction
pull_coord1_vec = 0 0 1
pull_coord1_dim = N N Y
pull_coord1_groups = 0 1
pull_coord1_origin = 2.2 2.5 6
;pull_coord1_start = yes
pull_coord1_rate = 0
pull_coord1_k = 600
pull_nstxout = 1000
pull_nstfout = 1000
pull_coord1_init = 1.00
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图片1.png
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