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[GROMACS] 求助:为什么气体穿膜正逆过程的PMF不相同

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本帖最后由 ccccc123 于 2023-6-1 14:45 编辑

各位老师,有个问题困扰许久,特来求助
我的体系是二维材料上铺设一层有机溶剂用来气体分离,在计算单个气体分子从左往右穿膜过程中的PMF时,使用V-rescale耦合方式,温控组将单个气体和有机溶剂设为一组,材料单独一组,使用伞形采样计算,牵引代码如下,有如下两个问题:
1:为什么牵引过膜前后自由能收敛值不同,如图黑线所示,右边高左边低,我理解的应该是两边一样高才对,如果理解有错,还请不吝指正
2:我采用过膜后的结构作为初始结构,开始做从右往左逆过程相同设置下的PMF,得出的PMF曲线(如图红线)和之前有区别,这次的收敛值确是右边低左边高,与上一条结果相反
请问我的模拟过程有什么问题?
; Pull code
pull                    = yes
pull_ncoords            = 1      
pull_ngroups            = 1         
pull_group1_name        = N2
pull_coord1_type        = umbrella
pull_coord1_geometry    = direction
pull_coord1_vec         = 0 0 1   
pull_coord1_dim         = N N Y   
pull_coord1_groups      = 0 1   
pull_coord1_origin      = 2.2 2.5 6         
;pull_coord1_start       = yes      
pull_coord1_rate        = 0        
pull_coord1_k           = 600     
pull_nstxout            = 1000
pull_nstfout            = 1000
pull_coord1_init         = 1.00

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-3 09:59:56 | 只看该作者 Only view this author
看到的老师可不可以指点一下

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发表于 Post on 2023-9-21 12:55:17 | 只看该作者 Only view this author
ccccc123 发表于 2023-6-3 09:59
看到的老师可不可以指点一下

是不是材料两边不对称

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