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[CP2K] cp2k计算稀土金属有机框架动力学导致结构跑散的问题

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各位老师好,
请问老师,我现在想利用CP2K对稀土金属有机框架(框架的结构基于单晶衍射得到的)进行动力学模拟,先利用Multiwfn生成了输入文件,借助此跑出来的结构散掉了这是什么原因呢?下面是输入文件和结果


20230322-pos-1.xyz

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cp2k.inp

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发表于 Post on 2023-6-2 01:39:55 | 只看该作者 Only view this author
你的结构完全离谱。如果是相当周期性体系模拟,盒子比实际体系大那么多,明显又不是周期性;倘若你想用簇模型模拟,边缘怎么能有碳孤零零的悬着,违背基本化学常识
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-2 11:06:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-2 01:39
你的结构完全离谱。如果是相当周期性体系模拟,盒子比实际体系大那么多,明显又不是周期性;倘若你想用簇模 ...

谢谢老师指点,我刚报名了CP2k的班,恶补一下基础知识

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-14 10:28:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 halouhapily 于 2023-8-14 19:50 编辑
sobereva 发表于 2023-6-2 01:39
你的结构完全离谱。如果是相当周期性体系模拟,盒子比实际体系大那么多,明显又不是周期性;倘若你想用簇模 ...

老师,我重新构建了MOF结构,在yz方向做了*2*3的扩胞,x方向增加了真空层,做结构优化依旧是散掉了,老师您能帮我看看是哪里出错了吗?是不是我模型构建的还是存在问题呀?

Desktop.zip

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发表于 Post on 2023-8-15 03:25:23 | 只看该作者 Only view this author
halouhapily 发表于 2023-8-14 10:28
老师,我重新构建了MOF结构,在yz方向做了*2*3的扩胞,x方向增加了真空层,做结构优化依旧是散掉了,老师 ...

甭用PSOLVER ANALYTIC
二维周期性体系目前版本的Multiwfn默认的都是PSOLVER MT,比analytic强多了

slab太薄,而且这种体系做优化应当把中间部分的冻住。至于表面结构变形,属于表面弛豫或表面重构。确保表面结构合理的前提下,该怎么变怎么变
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-15 11:01:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-15 03:25
甭用PSOLVER ANALYTIC
二维周期性体系目前版本的Multiwfn默认的都是PSOLVER MT,比analytic强多了

非常感谢老师,您提的建议对我太有帮助了,
老师我还有一个问题想听听您的建议
我在实验中获得香豆素衍生物(同时含有羧基和羟基官能团)吸附在MOF上,但是至于香豆素衍生物吸附在MOF的哪一个表面,与MOF的什么位点结合都不清楚,
我想通过结合能计算或者是动力学模拟来找到合适的位点,
对于这种情况,MOF的表面应该怎么切才合理呢?并且abc三个方向应该选择哪一个面作为表面合适呢?

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发表于 Post on 2023-8-16 07:05:53 | 只看该作者 Only view this author
halouhapily 发表于 2023-8-15 11:01
非常感谢老师,您提的建议对我太有帮助了,
老师我还有一个问题想听听您的建议
我在实验中获得香豆素衍 ...

如果三个方向不等同的话,各个面可以分别研究,只不过现实中最容易出现的面的研究最有实际价值(根据实验文献,或者理论计算的表面能等方式判断)
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