求助：有机分子间的弱相互作用及构象搜索、构型搜索

来自多酚星球

一、我的目标是图形化研究两个有机分子A和B间的弱相互作用，目前的做法列在下方，不知道这样的思路是否正确，希望可以得到各位老师和同学的指导。
1.有机分子A和B的构象搜索：按照sob老师的瑞德西韦实例进行：使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html 分别获得两个分子的自由能最低的构象。
2.基于genmer组件用Molclus利用自由能最低的A、B构象进行分子团簇构型搜索，参考sob老师的帖子：[Molclus] genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具 http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
3.使用Multiwfn进行弱相互作用分析，参考sob老师的帖子：《Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览》http://sobereva.com/252


二、在过程中有一些疑问也一并列出，希望能够得到解答，感谢。
a.关于ORCA，任务管理器中内核数为8，但如果将inp文件中核心数改为2及以上则提示系统找不到指定文件，输出文件中的错误提示为ORCA finished by error termination in GTOInt，设置核心数为1就可以正常计算，按照论坛中的解决方法设置了环境变量后还是无法解决，但将核数设为1则可以正常运行，输入文件和输出文件（正常和报错）也在此一并上传。
b.在得到能量最低的分子团簇的构型后做opt、freq确认无虚频后就可以使用Multiwfn做分析，opt、freq选用的基组应该和步骤1中的基组（色散校正的B3LYP/6-31G*）相同，我的理解是否正确呢？

sobereva

可旋转键数很少的体系根本没必要用xtb跑动力学，用gentor才是最好最方便的
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html

MPI没装好导致ORCA没法并行运行
先确保能手动顺利用ORCA计算任务再说molclus自动调用的事
怎么正确安装这里写得非常详细
量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451（http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html）

没必要必须保持和步骤1相同。反倒是优化弱相互作用体系用的基组比优化单分子往往适合用更大的，如6-311G**（没氢键可以6-311G*）

来自多酚星球

sobereva 发表于 2023-6-3 00:58
可旋转键数很少的体系根本没必要用xtb跑动力学，用gentor才是最好最方便的
gentor：扫描方式做分子构象搜 ...

好的，谢谢sob老师的解答