求助如何修改VMD中判断键连的方式

joke122 · 发表于 Post on 2023-6-4 12:36:27

各位老师好，我在进行某种物质的热解分析时发现，使用脚本分析的结果和轨迹在VMD中展示的结果相差很大，在此我认为是VMD中判断键连的方式和脚本存在差异，我想对VMD中判断键连的方法进行修改，但是未找到VMD的标准或者修改位置，各位老师有没有相关建议。

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-4 13:04:36

VMD的自动判断成键的判据方式和判据是VMD内置的，没法改。顶多是你通过命令行来修改VMD当前的成键关系

lyj714 · 发表于 Post on 2023-6-4 13:48:46

不清楚你说的差距大具体指的什么，最好说清楚。一般来说不同软件成键规则有差距，但是也不会过于离谱。

joke122 · 发表于 Post on 2023-6-4 15:56:45

sobereva 发表于 2023-6-4 13:04
VMD的自动判断成键的判据方式和判据是VMD内置的，没法改。顶多是你通过命令行来修改VMD当前的成键关系

老师，那VMD判据有没有公开数据，想根据VMD判据来修改脚本判据

joke122 · 发表于 Post on 2023-6-4 15:58:53

lyj714 发表于 2023-6-4 13:48
不清楚你说的差距大具体指的什么，最好说清楚。一般来说不同软件成键规则有差距，但是也不会过于离谱。

老师，我在统计数据时发现，同一帧下同一种分子，脚本统计的数量是VMD显示的2倍多

lyj714 · 发表于 Post on 2023-6-4 16:23:17

joke122 发表于 2023-6-4 15:58
老师，我在统计数据时发现，同一帧下同一种分子，脚本统计的数量是VMD显示的2倍多

得看具体差距在哪个位置。vmd对于周期性体系，边界处是不判断跨边界成键的。

fineren · 发表于 Post on 2023-6-5 08:53:07

joke122 发表于 2023-6-4 15:58
老师，我在统计数据时发现，同一帧下同一种分子，脚本统计的数量是VMD显示的2倍多

脚本能分享一下吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-6 09:18:32

joke122 发表于 2023-6-4 15:56
老师，那VMD判据有没有公开数据，想根据VMD判据来修改脚本判据

每个原子都有radius属性（范德华半径，大多来自Bondi范德华半径，但有些来路不明），原子间距离小于radius之和的0.6倍才会被视为成键。内置的半径没法改，但可以载入后对原子的radius属性进行设置，然后用mol bondsrecalc all重新计算

learn-GAUSSIAN · 发表于 Post on 2024-6-20 15:39:17

sobereva 发表于 2023-6-6 09:18
每个原子都有radius属性（范德华半径，大多来自Bondi范德华半径，但有些来路不明），原子间距离小于radiu ...

如果我想删除某一类化学键，比如B-B键，应该怎么操作呢？如果手动去每一个键都通过Mouse-Add/delete bond 去挨个点击删除的话太累了，还望老师指点

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-21 06:04:40

learn-GAUSSIAN 发表于 2024-6-20 15:39
如果我想删除某一类化学键，比如B-B键，应该怎么操作呢？如果手动去每一个键都通过Mouse-Add/delete bo ...

自己写VMD tcl脚本，用命令行实现。循环每一对原子，对B-B键利用topotools提供的命令删除键

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