求助柔性扫描寻找氢氧根接近氯甲烷过程中能量明显错误

ghkjhug · 发表于 Post on 2023-6-4 22:51:34

尝试使用柔性扫描寻找氢氧根接近氯甲烷过程中能量最高点，最初在2埃处放氢氧根，扫描10步，每步-0.1埃。使用B3LYP+DFT-D3，3-21G基组。在IEFPCM方法的水环境下扫描。结果扫描出的能量持续降低，甚至明显不合理的结构能量都比初始要低，不知道什么原因。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-6-5 01:49:39

电荷设错了
另外，不要用3-21G，至少也得用6-31G(d)（现在即使6-31G(d)都逐渐不被人接受了）；此外必须做显式溶剂化

ghkjhug · 发表于 Post on 2023-6-5 07:10:58

wzkchem5 发表于 2023-6-5 01:49
电荷设错了
另外，不要用3-21G，至少也得用6-31G(d)（现在即使6-31G(d)都逐渐不被人接受了）；此外必须做 ...

哦！对，我犯蠢了，感谢

李绾绾 · 发表于 Post on 2024-7-2 16:21:40

wzkchem5 发表于 2023-6-5 01:49
电荷设错了
另外，不要用3-21G，至少也得用6-31G(d)（现在即使6-31G(d)都逐渐不被人接受了）；此外必须做 ...

老师您好，借助这个问题想向您请教一下，（1）氢氧根夺一个有机物的叔氢（三级碳上的H），或者说氢氧根和酸反应，这种离子型的反应有过渡态嘛，是不是应该比较这个有机物和酸电离出H的难易程度来判断和氢氧根反应的难易程度呢？（2）如果是做柔性扫描，做氢氧根接近叔氢过程中的能量最高点，如果出现这个点，说明就是有过渡态，依然要按照TS的方式继续去优化？（3）此时去优化TS时按照片段组合波函数的方法，给TS中的氢氧根设置charge，spin分别为-1 1，有机物设置0 1，总合为-1 1，这样去做TS是对的是不？（4）我按照（3）的方式优化的结果，另存为gjf显示总合-1 1，有机物 0 1，但氢氧根变成了0 2，这能说明氢氧根在反应过程变成了自由基吗？（5）另外，为什么做氢氧根的反应需要设置显示溶剂呢，显示溶解的作用是参与反应还是什么呢？谢谢老师，打扰您了，希望得到您的指导~

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-7-2 16:27:59

李绾绾发表于 2024-7-2 09:21
老师您好，借助这个问题想向您请教一下，（1）氢氧根夺一个有机物的叔氢（三级碳上的H），或者说氢氧根和 ...

（1）可能有也可能没有，而且和所用溶剂也有关。对
（2）对
（3）有机物的电荷和自旋多重度是不是0、1不能一概而论，要结合你的具体有机物判断
（4）不能，因为gaussview是假设电荷为0、并且假设自旋多重度只能是1、2，这样给的默认值，需要人来判断默认值对不对，不能以为gaussview很聪明
（5）仔细阅读http://sobereva.com/327

李绾绾 · 发表于 Post on 2024-7-2 16:34:33

wzkchem5 发表于 2024-7-2 16:27
（1）可能有也可能没有，而且和所用溶剂也有关。对
（2）对
（3）有机物的电荷和自旋多重度是不是0、1 ...

谢谢wang老师，我再认真消化一下~

Orlea · 发表于 Post on 2024-10-20 11:21:03

wzkchem5 发表于 2024-7-2 16:27
（1）可能有也可能没有，而且和所用溶剂也有关。对
（2）对
（3）有机物的电荷和自旋多重度是不是0、1 ...

请问老师，最近我在搜索氢氧根加成相关的反应时，考虑了显式水分子，不过做了几个初猜都没有搜到过渡态，做柔性扫描任务结束之后，scan还是没办法点击，想请教一下老师，这种带电荷的体系加水分子的时候有哪些需要注意的呢，谢谢

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-10-20 13:27:24

Orlea 发表于 2024-10-20 04:21
请问老师，最近我在搜索氢氧根加成相关的反应时，考虑了显式水分子，不过做了几个初猜都没有搜到过渡态， ...

先确定是不是无垒反应

Orlea · 发表于 Post on 2024-10-20 15:16:28

wzkchem5 发表于 2024-10-20 13:27
先确定是不是无垒反应

请教一下老师如何判断是否是无垒反应呢，如果一个反应有能垒，找到过渡态就可以，如果他无垒是否需要一些过程来做证明？谢谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-10-20 18:23:09

Orlea 发表于 2024-10-20 08:16
请教一下老师如何判断是否是无垒反应呢，如果一个反应有能垒，找到过渡态就可以，如果他无垒是否需要一些 ...

做柔性扫描
具体做法在这个论坛一搜就知道

Orlea · 发表于 Post on 2024-10-20 19:41:12

wzkchem5 发表于 2024-10-20 18:23
做柔性扫描
具体做法在这个论坛一搜就知道

明白了，谢谢老师，我再学习学习柔性扫描相关的内容

Orlea · 发表于 Post on 2024-10-22 15:35:01

wzkchem5 发表于 2024-10-20 13:27
先确定是不是无垒反应

老师，我看了一篇文献，同样的机理，反应物是水分子，他有相应的过渡态和能垒，如果把水分子换成氢氧根，有可能反应是无垒反应吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-10-22 15:52:43

Orlea 发表于 2024-10-22 08:35
老师，我看了一篇文献，同样的机理，反应物是水分子，他有相应的过渡态和能垒，如果把水分子换成氢氧根， ...

很有可能，因为水分子和氢氧根的亲核性差别极大，反应的热力学有利程度会差很多，完全有可能导致其中一个有能垒、而另一个则没有。

Orlea · 发表于 Post on 2024-10-22 15:55:19

wzkchem5 发表于 2024-10-22 15:52
很有可能，因为水分子和氢氧根的亲核性差别极大，反应的热力学有利程度会差很多，完全有可能导致其中一个 ...

原来如此，那结合柔性扫描结果应该能说明不存在过渡态了，谢谢老师指点

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