这台服务器计算速度正常吗？Intel Xeon Gold 5218

nkleof

弄了一台服务器准备做计算，配置如下：
cpu是单路Intel Xeon Gold 5218共16核，
3条*32G R_ECC DDR4内存，
2块*8T SATA 5350 raid1，
intel oneapi编译的vasp 6.3.2，
做同样的计算和另一台服务器比较了一下。另一台服务器的配置是：
双路Intel Xeon E5-2683 v4共32核，256G内存，12T SATA硬盘，也是intel oneapi编译的vasp 6.3.2，
同样的任务在金牌5218的机器上每个电子步122秒，在E5-2683的机器上每个电子步58秒。
我觉得奇怪的是，从cpu benchmark上看，金牌5218应该比E5-2683好一些才对啊，我自己用sysbench测的结果也是金牌5218快一些，为什么在vasp计算方面，E5-2683的机器速度提高了一倍？可能是双路cpu的影响吗？还是内存带宽的影响？金牌5218机器的内存是3条，这种插法会不会影响速度？

Entropy.S.I

显然是内存带宽瓶颈。总共12个内存通道，只插3条内存（还不确定是不是插在了合适的位置以保证确实用了3个内存通道而不是2DPC），这显然是被奸商骗钱的典例。已经2023年了，新机器还用5218这种CPU，也基本能猜到是什么样的情况了。

nkleof

Entropy.S.I 发表于 2023-6-6 09:20
显然是内存带宽瓶颈。总共12个内存通道，只插3条内存（还不确定是不是插在了合适的位置以保证确实用了3个内 ...

多谢回复，主要是预算紧张所以只能用这个cpu了，那么对于vasp来说，把内存插槽都插满是最好的配置吗？还有没有什么能提高vasp计算速度的办法？

Entropy.S.I

nkleof 发表于 2023-6-6 11:56
多谢回复，主要是预算紧张所以只能用这个cpu了，那么对于vasp来说，把内存插槽都插满是最好的配置吗？还 ...

预算紧张应该去买定制CPU，而不是性价比极低的零售版。http://sobereva.com/444 这里面哪个配置不比你的机器性价比高？现在1颗Xeon 5218的价可以买1颗EPYC 7R32，后者具有48颗Zen2核心，全核满载频率3.5GHz，5218的性能连后者的三分之一都不到。整机只需要8000元的AMD 7950X配2条DDR5 6000MT/s内存，性能都能超过你的机器。

不要用“渠道限制”当理由，http://bbs.keinsci.com/thread-35988-1-1.html 第5节解释得很明白。

插满内存通道≠插满内存插槽。

wypkdhd

你确定是同样的核数？一个122一个58？那啥，方便把pocar potcar incar 打包吗？我这边刚好上海鸿之微的超算就是5系列华为的服务器，我给你测测。你如果说，满载一个122s 一个58s，那要不咱贴一下makefile。

nkleof

Entropy.S.I 发表于 2023-6-6 14:03
预算紧张应该去买定制CPU，而不是性价比极低的零售版。http://sobereva.com/444 这里面哪个配置不比你的 ...

确实说到点子上了，当时我也考虑过13900KF，但是找不到装这个cpu的服务器产品，最后只好选至强了。但是金牌5218的vasp计算速度居然比不过2017年买的E5-2683，实在是让我觉得很奇怪，想知道这台服务器还能不能想办法拯救一下。

nkleof

wypkdhd 发表于 2023-6-6 14:36
你确定是同样的核数？一个122一个58？那啥，方便把pocar potcar incar 打包吗？我这边刚好上海鸿之微的超算 ...

同样的核数，我自己在这两台服务器上跑过不同设置的计算进行比较，vasp也都是我编译的，makefile.include文件都一样。计算文件我给您发信件吧。

Entropy.S.I

nkleof 发表于 2023-6-6 15:20
确实说到点子上了，当时我也考虑过13900KF，但是找不到装这个cpu的服务器产品，最后只好选至强了。但是金 ...

完全不推荐买大小核CPU跑CPU密集型任务，实际使用后只会后悔。为什么会有用13900KF跑VASP这种想法？论坛里这么多劝阻买大小核CPU跑CPU密集型任务的发/回帖，你都没看过吗？

手里这台巨冤种机器，最佳拯救方法是立即卖二手换双路7R32，其次是把12个内存通道插满内存。