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[Gaussian/gview] 怎么得到质心坐标

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得到复合物A-B优化的结构后,需求得AB之间的质心距离,那如何分别得到单体A和单体B的质心坐标呢?

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发表于 Post on 2023-6-6 21:36:22 | 只看该作者 Only view this author
multiwfn 300-7的geometry模块里面有

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发表于 Post on 2023-6-7 09:56:20 | 只看该作者 Only view this author
Multiwfn载入Gaussian输出文件,进主功能100的主功能21,输入dist,然后输入两部分的序号,直接就给出了质心和几何中心距离
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-7 10:54:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-7 09:56
Multiwfn载入Gaussian输出文件,进主功能100的主功能21,输入dist,然后输入两部分的序号,直接就给出了质 ...

谢谢sob老师!另外如果想要显示质心点的位置,该怎么操作呢

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发表于 Post on 2023-6-7 13:16:42 | 只看该作者 Only view this author
Juncheng_Lei 发表于 2023-6-7 10:54
谢谢sob老师!另外如果想要显示质心点的位置,该怎么操作呢

质心的坐标在屏幕上直接给出了,自己在gview或VMD里画上去就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-7 15:31:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-7 13:16
质心的坐标在屏幕上直接给出了,自己在gview或VMD里画上去就完了

老师,用VMD画,是通过关键词x,y,z添加坐标上去吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-7 15:45:23 | 只看该作者 Only view this author
老师,用gview加上坐标后,会自动连成建,这种情况该怎么办呢?

202306071543549520..png (23.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

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发表于 Post on 2023-6-8 06:46:06 | 只看该作者 Only view this author
Juncheng_Lei 发表于 2023-6-7 15:45
老师,用gview加上坐标后,会自动连成建,这种情况该怎么办呢?

嫌碍事就去掉就完了
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发表于 Post on 2023-6-8 06:46:25 | 只看该作者 Only view this author
Juncheng_Lei 发表于 2023-6-7 15:31
老师,用VMD画,是通过关键词x,y,z添加坐标上去吗

VMD自带了绘图命令,诸如在某个坐标位置画一个圆球
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-8 08:47:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-8 06:46
VMD自带了绘图命令,诸如在某个坐标位置画一个圆球

好的,谢谢老师

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