求助复合物体系能量最小化之后小分子结构断裂如何解决？

q11pet28abl21 · 发表于 Post on 2023-6-10 12:26:10

各位老师好！在学习复合物体系做能量最小化时，发现能量最小化前后化合物成键情况发生变化，小分子的拓扑文件使用sobtop参考例2完成并补充resp2电荷，蛋白使用的amber力场，mdp文件和能量最小化前后小分子结构对比如图所示。我尝试在mdp里加小分子的位置限制，结果同样如此。
求助该如何解决？

q11pet28abl21 · 发表于 Post on 2023-6-10 13:37:00

已解决祝大家顺利

pengliyuan · 发表于 Post on 2023-8-16 19:41:58

q11pet28abl21 发表于 2023-6-10 13:37
已解决祝大家顺利

请问您是如何解决的，求教，谢谢~

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[GROMACS] 求助复合物体系能量最小化之后小分子结构断裂如何解决？