求助VMD出水合物动画怎么更清晰

sj12138

各位前辈，我是使用vmd出水合物动画，但是有以下几个问题：
1.由于周期性，在播放动画时水笼子位置会变化怎么取消这种变化。（就是如图111，视频播放时水笼子是不动的，但是我的视频播放时水笼子会一直动）
2.我是使用Extension 中Visualization的Movie Maker然后用VideoMach制作的，但是制作出来感觉视频比较模糊，这个问题应该怎么解决那？另外是否可以出mp4的格式那?
3.我想让我每帧显示时间，比如XXns，应该如何操作那？把每一帧p一个时间上去吗？

CruiseBend

1. gmx trjconv
2. ffmpeng
3. vmd 里面有显示时间的tcl，可以查一下，思路就是读取frame，然后用draw text输出到屏幕上就行

sj12138

CruiseBend 发表于 2023-6-12 16:16
1. gmx trjconv
2. ffmpeng
3. vmd 里面有显示时间的tcl，可以查一下，思路就是读取frame，然后用draw te ...

您的意思是
1.利用gmx trj命令加nojump吗？

sobereva

1 语义不明。说清楚你的是怎么动的

2 用movie maker导出每一帧bmp文件，ffmpeg合并时结合适当的-crf选项控制质量

3 你看到的视频里的时间是作者用我的脚本按照下文绘制的
使VMD播放轨迹时同步显示帧号
http://sobereva.com/13

sj12138

sobereva 发表于 2023-6-13 12:31
1 语义不明。说清楚你的是怎么动的

2 用movie maker导出每一帧bmp文件，ffmpeg合并时结合适当的-crf选项 ...

好的，谢谢sob老师
第二条我去试一试，第三条我明白了
第一条的是因为我的动画播放的时候笼子是动的，就比如在第一帧的时候某个位置是有笼子的，然后等到第三帧或者别的帧的时候这个位置的笼子就不见了这个位置出现了别的笼子然后可能过几帧这个笼子又回来了，就导致整个过程极为混乱，并不像图片上笼子就固定在这个位置，不会变化

sobereva

sj12138 发表于 2023-6-14 15:37
好的，谢谢sob老师
第二条我去试一试，第三条我明白了
第一条的是因为我的动画播放的时候笼子是动的， ...

没具体动画我没法说
我没见过VMD轨迹播放时盒子边框会出现这种情况，顶多是盒子里的分子出现大幅移动，这必定都是原子的周期性记录的原因所致

sj12138

sobereva 发表于 2023-6-16 11:08
没具体动画我没法说
我没见过VMD轨迹播放时盒子边框会出现这种情况，顶多是盒子里的分子出现大幅移动， ...

对的老师，就是盒子里的分子大幅移动，是周期性记录导致的，那应该怎么让他显示出来是的不动的那？

牧生

sj12138 发表于 2023-6-18 14:21
对的老师，就是盒子里的分子大幅移动，是周期性记录导致的，那应该怎么让他显示出来是的不动的那？

盒子内的分子大幅度上下晃动，大概率是因为你itp中的某个参数，或者mdp里面有参数不合理。

gmx trj命令不要加nojump

sobereva

sj12138 发表于 2023-6-18 14:21
对的老师，就是盒子里的分子大幅移动，是周期性记录导致的，那应该怎么让他显示出来是的不动的那？

如果是盒子一头的原子突然跑到另一头，trjconv加上-nojump转换轨迹可以令分子运动保持连续
如果是所有分子一起整体大幅移动，大概率是消除整体平动设置的问题

sj12138

sobereva 发表于 2023-6-18 15:14
如果是盒子一头的原子突然跑到另一头，trjconv加上-nojump转换轨迹可以令分子运动保持连续
如果是所有分 ...

老师，我将我的动画压缩了一下上传了附件
我感觉我的动画除了有第一种的情况也有第二种情况。（请您帮忙看一下是什么原因那？）
我尝试了-pbc nojump
gmx_mpi trjconv -f md.xtc -s md.tpr -skip 500 -pbc nojump -o 500_thf_md_skip_nojump.xtc
然后轨迹中的动画有的分子的轨迹都出了盒子(111)，这是什么原因吗？

我也尝试了gmx_mpi trjconv -f md.xtc -s md.tpr -skip 500 -o 500_thf_md_skip_nojump.xtc -fit rot+trans
选择的都是0 0
然后分子倒是没问题，但是固体界面错位了(222)，这是什么原因那？
应该怎么解决那？
谢谢老师

wyy_123

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