模拟水滴砸在金板上，低速下水滴会散开，且砸在金板上以后，水分子飞溅的太远

Graphite

用Lammps，fix setforce+fix gravity...原生就支持这种模拟，金板可以固定、可以锁定金板质心Z轴位置（但允许各个原子的振动），也可以像跳水板一样，一边固定，另外一边受冲击，等等。可以同时金板用多体势，可调硬度，水用MDPD，能溅射成若干个小水滴，等等。

Layman

牧生 发表于 2024-10-3 19:42
http://sobereva.com/153     根据这个博文的操作，建立一个金板，保存为pdb，如果金的参数抄这个博文，那 ...

感谢大佬，我在模拟中（100m/s，gmx2020），出现液滴保持形态下落，撞击过程也正常，但是液滴在撞击之后铺展碎裂，sob老师给我的意见是降低速度，我在阅读文献时看到其他人（lammps mw模型）在更大速度下也可以保持液滴完整性，以及液滴撞击回缩过程，这是什么原因呢？

Layman

Graphite 发表于 2024-10-4 22:47
用Lammps，fix setforce+fix gravity...原生就支持这种模拟，金板可以固定、可以锁定金板质心Z轴位置（但允 ...

好的，谢谢大佬

牧生

Layman 发表于 2024-10-8 18:39
感谢大佬，我在模拟中（100m/s，gmx2020），出现液滴保持形态下落，撞击过程也正常，但是液滴在撞击之后 ...

液滴的速度过大的话，你用energy看一下液体的温度，这个温度是很高的。如果温度过高，在金属板上全部溅开，是正常的。

如果速度比较小，直接就滴落在金属板上，不溅开，温度也不高，符合直觉。

液滴在金属板上弹跳，我目前也没做出来，自我分析了一下，大概是因为水滴太小的缘故。

Layman

牧生 发表于 2024-10-8 20:14
液滴的速度过大的话，你用energy看一下液体的温度，这个温度是很高的。如果温度过高，在金属板上全部溅开 ...

感谢大佬，液体温度的判断有没有一个区间范围呢？我看了下自己的模拟，感觉应该是液滴尺寸过小，速度过大，导致液体温度过高（600k左右），产生了飞溅现象

Graphite

Layman 发表于 2024-10-8 18:39
感谢大佬，我在模拟中（100m/s，gmx2020），出现液滴保持形态下落，撞击过程也正常，但是液滴在撞击之后 ...

#以下为暴论
LAMMPS（或者自己开发任何基于动力学积分的软件），搞整活模拟就是在搞一种数值游戏，更粗暴地说，台球和弹簧的游戏，只要你会调、并且能合理化。
无非就是力（固定关系的键长键角二面角，不固定关系的相互作用势——LJ/coul/morse/eam/buckingham/soft/dpd...)、运动方程、外部条件。

如果能自洽、形成大的知识体系，解决不少问题，我们称之为一种范式，比如蛋白质的力场+1-2 fs的步长+平衡态NPT/NVT模拟——常见的蛋白质模拟套路。各类合金力场+切削/拉伸/扭曲/压痕/退火等一系列丝滑小连招——常见的材料的套路。
如果还不能自洽，那就得想办法从一定依据、佐证、实验现象出发，去调整和合理化这套东西。然后创造出一堆名词，XXMD之类的东西，有些经典永流传，有些纯属自嗨。

速度温度只是一种参数，可以理解为变动率。

Layman

Graphite 发表于 2024-10-9 15:12
#以下为暴论
LAMMPS（或者自己开发任何基于动力学积分的软件），搞整活模拟就是在搞一种数值游戏，更粗 ...

多谢大佬，我目前也是刚接触md，正处于摸索阶段，谢谢大佬的解答。

刘倩

牧生 发表于 2024-10-3 19:42
http://sobereva.com/153     根据这个博文的操作，建立一个金板，保存为pdb，如果金的参数抄这个博文，那 ...

您好，牧生老师，我想问几个问题
1.我将硅板itp文件中直接进行冻结，【position_restraints ]
;  atom   type      fx      fy      fz
    1      1        5000    5000    5000
然后对硅板进行pull,pull = yes                       
pull-ngroups = 3                    
pull-ncoords = 2                  

comm-grps   = middle      ;
comm-mode   = Angular

pull-group1-name = left  （硅板           
pull-group2-name = right （硅板
pull-group3-name = middle（水
            
pull-group1-pbcatom = -1
pull-group2-pbcatom = -1
pull-group3-pbcatom = -1

;reference_group =MON

pull-coord1-type = constant-force  
pull-coord1-geometry = direction-periodic  
pull-coord1-groups = 1 3            
pull-coord1-vec = 0 0 1            
pull-coord1-dim = N N Y           
pull-coord1-k = 927.41   

pull-coord2-type = constant-force  
pull-coord2-geometry = direction-periodic  
pull-coord2-groups = 2 3            
pull-coord2-vec = 0 0 1            
pull-coord2-dim = N N Y           
pull-coord2-k = 927.41            
硅板直接不动。
2.如果不在硅板itp文件中进行位置限制，直接pull,硅板会散架，应该怎么维持硅板稳定结构，且可以在pull下运动呀，我想模拟的是硅板推动水分子通过孔隙

牧生

既然都已经冻结了（但你position_restraints是限制），那么板子当然不会动啊（限制的话当前位置基础上微微动一下）。

如果你要保持板子的形状，且可以pull，应该去找适用于gmx的单质硅的参数。。可以参考这个单质金参数换算的方法 （ http://sobereva.com/153），自行把单质硅的参数换为gmx可用的参数。

如果实在找不到硅的参数，且你重点只是关注被推动走的部分，可以把板子换成金板。实现被推着走的效果是一样的。