求助：gmx msd计算如何进行选组

Akaiconan

社长和各位同仁好：
       我针对一个包含三种原子的体系进行了分子动力学的计算，想基于gmx msd(gromacs的版本是2023.1）命令进行某一类原子均方位移的分析。命令比较老生常谈，诸如gmx msd -s prod.gro -f prod.trr -trestart 0.05 -endfit 30，是按照社长第一性原理课中关于AIMD中的相关计算MSD的操作进行的。

在出现了如下提示时，我就无法进行下去了。

提示信息：

Available static index groups:
Group  0 "System" (690 atoms)
Group  1 "Ion" (621 atoms)
Group  2 "Other" (69 atoms)
Group  3 "K" (207 atoms)
Group  4 "F" (414 atoms)
Group  5 "Al" (69 atoms)
Specify any number of selections for option 'sel'
(Selections to compute MSDs for from the reference):
(one per line, <enter> for status/groups, 'help' for help, Ctrl-D to end)
> "3"
Selection '"3"' parsed
>
按照课上讲的，按下相应的数字就应该能得到结果，但是却无法向下进行。

所以想请问一下：
在'>'后面应该写什么才能向下进行并得到相关的输出数据（比如xvg）。我输入任何东西都只是出现类似于提示信息中的“Selection '"Al"' parsed”
基础还不牢靠，请各位不吝赐教。

sobereva

提示里写了，按Ctrl+D结束
如果是Windows版，按Ctrl+Z回车，讲义上也写了

boqiang

请问解决了吗？我的按CTRL+D，没有任何反应，是软件问题吗？

gate

我也是差不多的版本2023.3，同样的问题，摁了ctrl D后没有产生msd xvg文件

开心小太阳Hi

这就是2018版软件和2023版软件的区别。2023版，在执行命令的时候，还需要用-o指定输出文件的名称；输入命令之后，指定一个参考组；最后，还需要再按Ctrl+D结束。就得到了想要的文件。

也就是说，对于2023版软件，正确的命令为gmx msd -s prod.gro -f prod.trr -trestart 0.05 -endfit 30 -o msd.xvg。

2018版软件的 gmx msd 命令就没有这么复杂，不需要指定输出文件的名称，它会自动产生。

xishaofan

sobereva 发表于 2023-6-19 20:43
提示里写了，按Ctrl+D结束
如果是Windows版，按Ctrl+Z回车，讲义上也写了

老师，请问一下如何选择   Group  5 "CA"原子，且距 Group 14 "O14_O15_O16"中原子不超过0.3 nm的所有原子 ？   （尝试了name CA and within 3 of name O14_O15_O16，不能选中CA原子）
Command line:
  gmx select -f production.gro -s production.tpr -n production.ndx -on output.ndx

Available static index groups:
Group  0 "System" (47444 atoms)
Group  1 "Other" (46937 atoms)
Group  2 "H2O" (19665 atoms)
Group  3 "NA" (72 atoms)
Group  4 "CL" (290 atoms)
Group  5 "CA" (145 atoms)
Group  6 "SDS" (2952 atoms)
Group  7 "DEC" (24320 atoms)
Group  8 "Ion" (507 atoms)
Group  9 "head" (288 atoms)
Group 10 "tail" (2664 atoms)
Group 11 "S13" (72 atoms)
Group 12 "OW" (6555 atoms)
Group 13 "H2O_CL_CA" (20100 atoms)
Group 14 "O14_O15_O16" (216 atoms)
Specify any number of selections for option 'select'
(Selections to analyze):
(one per line, <enter> for status/groups, 'help' for help, Ctrl-D to end)
>

sobereva

xishaofan 发表于 2025-7-4 22:18
老师，请问一下如何选择   Group  5 "CA"原子，且距 Group 14 "O14_O15_O16"中原子不超过0.3 nm的所有原 ...

建议用VMD里的选择语句，并结合我在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里给的VMD脚本产生索引文件用的组的定义
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

xishaofan

sobereva 发表于 2025-7-5 07:34
建议用VMD里的选择语句，并结合我在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX） ...

谢谢老师回复！

jiajh

what does -trestart 0.05 mean? could you explain this parameter please?

student0618

jiajh 发表于 2025-10-21 23:32
what does -trestart 0.05 mean? could you explain this parameter please?

See https://manual.gromacs.org/current/onlinehelp/gmx-msd.html

jiajh

what do the reference points refer to? different  t0( time zero) with the initial configurations or coordinates? Could someone clarify this please?