公社群聊Q&A整理：2016.07.09 03 ~ 2016.07.12 18 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-7-30 23:30:19

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2016.07.09 02:18:55
Q:
[图片]老师，这种情况靠近的这两个原子之间可以说成键吗
A:
具体指哪两个？
Q:
靠近x轴的两个
中间绿色的比较多
A:
单从图上不容易看出显著共价作用
Q:
老师，对比您博客里的ClF3的LOL，感觉我的SN之间也是有共价键的，您觉得呢？[图片][图片]
A:
S-N之间有一点，但不算强共价作用
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2016.07.09 03:24:43
Q:
[图片]
托
A:
绝对是托
纵使知识无价，也不能黑心
嘛，也不用和他们多废口舌，优胜劣汰，以单纯牟利为最终目的的培训在良心培训前早晚会消失的。
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2016.07.09 03:52:08
Q:
各位老师、同学好，我在win g09.E01下输入： #P B972/pcSseg-1 opt 为什么总是出错：
#P B972/pcSseg-1 opt
'
Last state= "GCL"
谢谢指正！
A:
EMSL上去拷定义
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2016.07.09 04:31:10
Q:
请问：有什么软件可以把小分子叠合吗？？？
A:
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差
http://sobereva.com/290
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2016.07.09 04:41:56
Q:
[图片]墨老师，问您个问题.这两个分子结合，怎样才是最佳的结合方式，有没有判定的条件、
A:
Protein 这可太难说了，体系这么大，柔性又这么高。较好的做法就是跑动力学退火，取很多次退火得到的结构计算相互作用能，找结合能最大的。
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2016.07.09 05:20:40
Q:
请问大家，分析AdNDP时出现此错误 [图片]，是什么错误了呢
in 文件有问题？
谢谢，我再好好查查
我检查了in 文件，没有错误
A:
用Multiwfn做AdNDP分析，比官方的好用得多
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2016.07.09 06:50:28
Q:
各位老师如何看待服务器是否开启超线程这个功能？
超线程没有用。而且加了后有负面作用。所以以前用的i7，专门把超线程关闭了。
A:
你得问管理员
关闭超线程的是愚行
我总是不留余力地向那些已经被流言所骗，已经可能以后会被骗的人强调，不要关闭超线程！！！！！！！！！！！！！！！！！！！不要关闭超线程！！！！！！！！！！！！！！！！！！！不要关闭超线程！！！！！！！！！！！！！！！！！！！
关闭超线程有害无益！
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2016.07.09 15:48:11
Q:
老师，过渡态优化时用了gdiis方法，可以很快的收敛，做irc时是不是也可以考虑gdiis?
A:
IRC跟gdiis完全无关
几何优化和走IRC是完全不同的算法
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2016.07.09 17:30:14
Q:
请问用CCSD（T）/cc-PVTZ做频率分析，出错了，但没有任何错误信息提示，是什么原因呢？请各位老师指导，谢谢
A:
没解析Hessian
没事甭用没有解析梯度的方法算频率和优化
Q:
意思要换一种吗
A:
y
Q:
我看到文献有用CCSD*T)/cBs做频率分析的，这个能行吗
A:
你算的什么体系？
多少原子？
Q:
不算H，光C，O共7个
是一个含四个氧的自由基
A:
谐振频率用CCSD已足够高，CCSD(T)毫无意义
Q:
我想把这种方法算出来的值作为标杆，所以选择了CCSD（T)/cc-PVTZ,频率分析不是可以给出ZPE的值嘛，所以想用它做频率分析
因为最终用原子化焓的方法求生成焓的时候要用到ZPE
A:
ZPE是ZPE，谐振频率是谐振频率
你若想真的得到实验上的精确基频，以及精确ZPE，你得做非谐振计算，把时间花在(T)上干嘛
你要得到准确生成焓什么的用热力学组合方法不就完了，何故这么乱搞？
直接用CBS-APNO去得到准确热力学量
Q:
关键词直接用CBS-APNO吗
A:
不要以为谐振分析时候用死贵的方法算出来的热力学量就准，精力根本用错地方了
对
Q:
因为我用ChemRate求速率常数的时候有一栏是生成焓的值，我的最终目的是希望得到尽可能精度高的死、速率常数值
A:
所以你拿CCSD(T)/cc-pvtz算频率是白费功夫
Q:
好吧，老师我用CBS-APNO求得生成焓以后，最后求得的速率常数值精度也不会很低吧
我想用它做标杆，跟我算的对比一下
A:
拿死贵的方法基于死贵的二阶解析导数算谐振频率，同样考虑频率校正因子情况下结果不仅不比DFT更好，有这时间你还不如花在更准确算电子能量上
怎么可能很低？很低我不可能让你用
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2016.07.09 18:03:28
Q:
老师请问C、H、O总共17个与原子，用CCSD（T)/cc-PVTZ算单点能，也是没有任何信息提示的出错了。请老师指教，谢谢
A:
把输出文件传上来
机子不稳定或程序bug
可以尝试g09 E.01
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2016.07.09 18:03:46
Q:
请问，我用AdNDP分析得到的是三中心键，但图形化看，是两中心的，那这个可以按两中心分析吗？
A:
按理说搜索两中心的时候应该能找到。如果两中心时候找不到，当两中心也行
Q:
两中心没有找到，感觉分析有点问题，因为是八重态负离子，但是没有找到七个满足占据数为一的轨道
A:
7个单电子分布一旦离域性强，搜两中心时当然找不到它们。
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2016.07.09 18:23:39
Q:
老师，我想问一下，DNA小段的计算用那个软件比较好，用高斯可以吗？
A:
看你具体算什么
Q:
老师，我想先优化一下结构
A:
看原子数。机子不错，原子数200以内，只要肯耐心等还是能优化得动的
更大的你就用半经验方法，看此文
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
推荐用MOPAC2016
Q:
那DNA片段的初始结构用什么画图软件比较容易构件呢？
高斯view好复杂啊。。
A:
Ambertools里的NAB
gabedit等程序也能建
Q:
恩，好的，那老师，我在那个软件里可以任意选择构建的基本单元种类呢？
A:
这两个在线工具也可以建核酸结构，访问不了就先翻q
http://w3dna.rutgers.edu
http://www.scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/bdna.jsp
Q:
老师，我用您给的第二个连接导出了DNA的结构，是PDB format的文件，请问这种文件用什么软件能把结构直观显示出来呢？
A:
VMD
Q:
老师，有8对碱基的DNA片断是不是用半经验算法算得比较准确啊？
A:
半经验你得选能合理考虑弱相互作用的，PM6-D3H4之类。但是跟M062X/6-31G*比差距还是不小
Q:
您是说用高斯M062X/6-31G*优化出来的效果好？
A:
当然，耗时还高两个数量级呢
Q:
恩，是的，那我该怎么权衡一下呢？
A:
怎么权衡看你机子和耐心，是你自己的事
----------------------------------------------------
2016.07.09 18:25:49
Q:
老师算激发态有一个很大的虚频消不掉说明了什么问题？[图片]
A:
看虚频振动模式
初始结构对称性太高容易这样
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2016.07.09 18:33:17
Q:
我也有一个结构，未加tight与之前
未加tight与更精细积分格点之前，无虚频，加了之后，频率就一直震荡
A:
那你加它干嘛，又不需要
达到tight收敛限显然比默认难得多
Q:
因为其他结构用了都出来了，就那一个结构一直出不来，窝心中
A:
你用int=ultrafine不用tight搞这个，还震荡再用gdiis、减小步长上限之类
[图片]
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2016.07.09 18:36:24
Q:
老师请问下，激发态优化断掉后能接着算吗？加guess=read geom=check吗？像基态优化一样？
A:
能，一样
Q:
频率计算是不是不能接着算？
A:
能
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2016.07.09 18:36:24
Q:
请问下老师，为什么我的nbo，log文件中轨道的能量，在fchk文件中找不到相同的能量值呢？[图片]
A:
左边是NBO轨道能，右边是MO轨道能，根本没有对应关系
Q:
但是sob老师，我在另一个log文件和fchk文件中对应是一致的，我找对应关系其实是为了寻找氢键究竟是几号轨道，（由于一个是按轨道大小排的），然后在vmd中显示[图片]
A:
何故这么去找
你从输出文件上立马就知道那些NBO轨道对应哪些原子，找到对应的编号，用NBO plot文件在Multiwfn里绘图，直接点相应的轨道编号不就完了
Q:
[图片]例如我想找29 ，212轨道交叉，在multiwfn中打开fchk文件直接点29 ，212就可以了吗，由于这个问题困扰了很长时间，sob老师见笑了
A:
用NBO plot文件。你若用saveNBO得到的fch，轨道序号会重排，导致序号不好找。这里写明了：
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134
Q:
还有两个问题想请教下sob老师，1：在服务器上生成plot文件末尾的路径怎么写呢？2,：pop=nbo,pop=nboread,pop=savenbo一样吗？
A:
1 看情况啊，比如写home你自己的目录下，反正得有可写的权限的目录才行
2 当然不一样
Q:
[图片]把博文中的C盘改成这个路径就可以是吧，2：这几个关键词啥时候分别在什么情况下适用呢？
A:
y
普通nbo分析pop=nbo
nbo分析时还额外控制nbo模块做一些事pop=nboread
做nbo分析之后还把NBO轨道保存到chk里pop=savenbo
Q:
[图片]提示路径出错，该怎么改下呢？
A:
我不清楚你那边路径情况，多试几遍
Q:
[图片]我直接把这儿复制过来的
A:
看报错提示
Q:
[图片]
[图片]
A:
改成file=/home/zyju/abc看看行不行
Q:
好的
输入[图片]输出提示报错还是这个[图片]
输入[图片]输出一样的错误[图片]
A:
输出文件传上来
提示信息中显示，程序把你的/home/zyju/abc转成了大写了，而linux对大小写敏感，所以文件没法生成。把输出路径设到一个纯粹由大写字母构成的路径即可
Q:
老师，输入[图片]输出还是提示[图片]；fchk文件中重排的轨道对应关系，能不能在log文件中找到呢？
A:
博文里说了怎么看是怎么重排的
不是你在输入文件里写成大写，而是必须实际当中有大写的目录
Q:
就是服务器上的文件夹名字改成大写的吗
A:
对
Q:
恩恩。好的
A:
你得弄清楚权限
你作为普通用户肯定没法把home该成大写
Q:
还挺麻烦的，得管理员改了。还有个疑问，为什么这个log文件的轨道能量和fchk文件的MO轨道能量能对上呢?[图片]
A:
甭管这个，无意义
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2016.07.09 18:36:24
Q:
不过HF，CC啥的，ORCA和Gaussain倒是几乎相等
HF,MPn,CI都一样
XAlpha也一样
[图片]
这是BLYP开壳层的结果
这个是什么软件的输出？
我自己写的
双电子积分用的什么代码？
自己敲的
A:
看到好多语法错误和拼写错误[图片]
Q:
最新的ms都1.32g了
过去这根本不敢想象
量化的代码很容易膨胀的，一个libint2，马上就几十MB
A:
MS体积涨得不快
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2016.07.09 18:55:06
Q:
老师：您好！对一个模型（A+B)进行研究是化学吸附还是物理吸附时。我的理解是：如果A和B的距离是成键距离就是化学吸附，如果A和B的距离大于成键距离，就是物理吸附，请问怎样去区分物理吸附和不吸附呢？例如：当可以当A和B距离大于成键距离小于多少时，我们可以说还是物理吸附，当距离大于多少时，我们可以理解为不吸附呢？谢谢~~~
A:
做RDG分析，一看图就清楚了
不超过原子范德华半径加和太多也可以算物理吸附
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2016.07.09 19:08:22
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
后头别再加个dimer-ala
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2016.07.09 19:25:47
Q:
请问老师，不同基组对分子的对称性也会有影响吗
A:
有弥散函数时容易因为数值噪声而导致对称性略微下降
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2016.07.09 19:30:40
Q:
这玩意挺好用
geany
不知道bs
从ubuntu软件中心扒拉的玩意。。。
用着好用就用了
A:
有个基于eclipse的linux下fortran编辑器也可以看看
http://www.eclipse.org/photran/
----------------------------------------------------
2016.07.09 21:06:09
Q:
请教一下，我用这个基组优化两个分子，总是优化到下面一步就不向下进行了，但是也没报错，请问是什么原因[图片]
[图片]
不好意思基组在下边了
A:
正在算着
优化根本不需要这么大基组，白浪费时间
----------------------------------------------------
2016.07.09 21:08:24
Q:
sob老师，用plot文件用multiwfn打开时一些编号靠后的轨道自动删掉了，该怎么解决呢？博文中只提到了fchk文件用savenboene。
A:
输出文献和相应nbo plot文件传上来
输出文件和相应nbo plot文件传上来
哪删掉了。输出文件里显示有170个轨道，NBO plot文件里也是170
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2016.07.09 21:33:07
Q:
请问老师，不小心把fchk文件删了，现在只剩Log文件，如何快速得到用于波函数分析的文件？难道要重新计算吗？
可不可以不再做优化，在此结构基础上只得到波函数？
A:
最后结构算个单点就完了
----------------------------------------------------
2016.07.09 22:06:57
Q:
sob老师，可能分子量大，multiwfn在打开plot文件时候会闪退怎么办呢？
A:
不是分子大而是输入文件有毛病，.31里一堆星号
[图片]
自行把正确的坐标替换进去
----------------------------------------------------
2016.07.09 23:28:22
Q:
老师，如果我在激发态下计算一个很简单的结构，怎么搞都不收敛，那说明这个结构有什么问题？
A:
说明不了什么
Q:
[图片]
输入文件
[图片]
是这个结构本身就不存在还是什么情况呢
那我该采取什么方法让收敛呢[表情]@Sobereva
A:
垃圾关键词太多
# PBE1PBE/6-31G* TD(nstates=6) opt(maxstep=5,notrust)
若不收敛到时候再看轨迹考察
----------------------------------------------------
2016.07.09 23:30:31
Q:
sob老师好，我想把分子的笛卡尔坐标log文件导出来，要是直接把log文件的笛卡尔坐标，复制到word，会导致格式不齐
A:
你得用等宽字体才能在复制到word之后格式看着整齐，否则字的宽度是根据实际情况调整的
Q:
sob老师，什么是等宽字体，不太明白
A:
google
----------------------------------------------------
2016.07.09 23:38:29
Q:
用什么方法可以计算出较为精确的热力学数据
A:
热力学组合方法
----------------------------------------------------
2016.07.09 23:39:09
Q:
请问老师nstates=6是什么意思啊？@Sobereva
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
Q:
notrust呢？
A:
加上
Q:
这个是什么意思？
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Q:
[图片]按照您说的方法算了15步停止了趋势如图所示，是不是只需要提取出来继续优化就可以了？
A:
看停止原因判断
Q:
[图片]502 scf不收敛
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
请问，高斯中对一个分子进行局部优化怎么操作？谢谢
A:
冻结不想优化的原子
Q:
sob老师，有参考的例子或文章啃一参考吗？
A:
冻结的原子后面写-1，不冻结的写0
----------------------------------------------------
2016.07.09 23:39:09
Q:
老师，是不是绘制光谱的话只能用.out文件啊
A:
对于高斯而言是
----------------------------------------------------
2016.07.09 23:49:15
Q:
mp2 不适合用6-311++gdp 基组？
A:
不适合
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
----------------------------------------------------
2016.07.09 23:51:49
Q:
算热力学函数，这么写对吗？
# g3/def2TZVPP
A:
用热力学组合方法不要写基组
Q:
直接这样，别的啥关键词都不用？
# G3
A:
y
Q:
这个G3精度可以与实验结果比较吗？计算量大吗？
A:
可，不小
看这个
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1132
Q:
感觉G3是这样的：
1、HF优化结构
2、HF计算频率
3、MP2（full）/GTBas1优化结构
4、QCISD(T,E4T,FrzG3)/GTBas1算单点
5、MP4=FrzG3/GTBas2算单点
6、MP4=FrzG3/GTBas3算单点
7、MP2=Full/GTLarge算单点
最后得到
[图片]
算热力学函数需要考虑溶剂效应吗？
A:
溶液下的情况当然要考虑
Q:
温度可以指定吗？
A:
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
----------------------------------------------------
2016.07.10 00:03:39
Q:
ADF中荧光寿命的计算有相应的公式吗？
A:
Sobereva(190258442) 15:39:21
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
里头写着
Q:
sob老师，[图片]这个是回答我的问题吗[表情]
A:
y
Q:
恩恩
sob老师，gaussian和ADF中荧光寿命的公式是一样的吗
A:
一样
----------------------------------------------------
2016.07.10 01:03:24
Q:
[图片]请问老师，我能忽略那个下凹的点吗？还是要重算？
A:
如果还没算完，算完了就正常了
Q:
哦，是没有算完的，好的，谢谢老师
能问个问题吗？irc,不是沿两边走，为什么会在中间点算。。@葫芦
A:
gview解析问题，甭管
----------------------------------------------------
2016.07.10 01:17:41
Q:
请问，用普通泛涵优化结构，然后用加了色散矫正的泛函算单点能，这么做是不是不好。不如优化时候直接加色散矫正了吧？
A:
y
算单点能加色散校正本身就体现出研究者明知道色散作用需要考虑，而色散校正原理上又不耗任何时间，所以优化不加上说不过去
----------------------------------------------------
2016.07.10 01:20:17
Q:
请问几何优化401报错，轨道初猜错误怎们处理呢
A:
贴报错提示
Q:
我加大内存，加大积分网格可以解决吗？
[图片]
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.07.10 01:35:16
Q:
#p m062x/6-311+g(2d,p) opt(gdiis,TS,calcall,noeigen) int=ultrafine 老师，我用这个做的优化，除了m062x/6-311+g(2d,p)以外，那些关键字在freq时也必须用上？
A:
int=ultrafine
----------------------------------------------------
2016.07.10 02:15:45
Q:
老师，按照您的帖子正常编译了molpro2010，但是运行molpro 1.inp时提示command not found怎么办呢
A:
确认molpro可执行程序所在路径已经加到$PATH里了
----------------------------------------------------
2016.07.10 02:41:58
Q:
[图片]想跟各位老师们请教一下用高斯优化这种带电荷的是只用把带电情况和多重度改一下就可以吗本人新手
那就是不能做到把电荷归于某一个固定的原子身上对吗
A:
不能做到
除非用CDFT，高斯不支持。
乱用CDFT也只会得到无物理意义的结果
Q:
那比如我刚刚发的第二个分子就改成电荷是1 多重度为2 进行优化对吗
A:
y
----------------------------------------------------
2016.07.10 04:03:34
Q:
gromacs啥时候开
A:
下学期
----------------------------------------------------
2016.07.10 04:40:34
Q:
[图片]请教为什么我按照sob老师的帖子中的过程用VMD画分子轨道显示出来是这样的感觉怪怪的而且也没有两个颜色[表情]
A:
isovalue哪能设0
Q:
我设得是正负0.03 apply了之后就自己变为0了
A:
输入0.03之后按回车
----------------------------------------------------
2016.07.10 04:55:39
Q:
，请问如何处理，谢谢
[图片] 【话唠】药物化学~绝对构... 分享文件 20:55:41
"(-)-GANODILACTONE.LOG" 下载
A:
去掉(pdbname...这一大串
----------------------------------------------------
2016.07.10 04:59:08
Q:
老师好，请教个问题，O2分子吸附在Pt表面，吸附能=吸附体系的能量—吸附质能量-表面的能量，，我想知道这个表面的优化是固定层的，还是不固定层，用本来构造的来优化呢？？（我的吸附体系是固定了原子层的）
A:
得固定
----------------------------------------------------
2016.07.10 05:01:51
Q:
请问各位老师:用gaussview看分子轨道时，fchk文件经edit~MO之后，Visualize按钮是灰色的，这个是什么原因呢？
A:
可能机子里没装高斯，或者gview认不出高斯所在路径
----------------------------------------------------
2016.07.10 06:01:05
Q:
[图片]
[图片]
DFT也用不了多少内存吧
A:
没必要非得超算。双路服务器，只要有耐心就能跑
----------------------------------------------------
2016.07.10 07:40:23
Q:
请教一个问题。带负电的原子，和苯环会有派派相互作用吗？
A:
没法说原子与苯的pi-pi作用，必须是两个pi体系才行
----------------------------------------------------
2016.07.10 15:51:14
Q:
[图片]
Sob老师，您好！在传png、cub和txt文件至电脑的时候遇到了问题，导致不能传，请问该怎么做？
A:
传到没有中文路径的目录下再试
----------------------------------------------------
2016.07.10 17:01:47
Q:
各位大牛，气体分子可以建超胞吗？气体没有晶体不晶体的这一说法呢
A:
无
----------------------------------------------------
2016.07.10 17:09:41
Q:
[图片]优化构型时遇到这种错误提示，请问各位老师有遇到的吗
A:
存临时文件的目录没空间了
Q:
那应该怎么解决呢
A:
删垃圾腾地方，特别是scratch目录。还腾不出足够地方就降低计算级别
----------------------------------------------------
2016.07.10 18:40:52
Q:
[图片]这样的分子，做超极化率，用过了PBE38，PBE0，M062X，wB97X和wB97XD，基组选的是Def2-SVPD，都是不收敛，怎么破？
[图片]
A:
确认体系已经对称化了。
还是老生常谈的方法
Q:
解决不收敛的方法我已经试过前面的4~5个关键字了，没用啊
就是你的那个帖子里建议的方法
A:
除了帖子里提到的方法外没有任何其它方法是有用的
所有有可能有用的都在那个贴子里
不要盲目试，懂原理基础上试
Q:
恩，那这样的体系做超极化率，你建议用什么泛函首选？
A:
wb97x
Q:
你前面说“确认体系已经对称化了。”是什么意思
A:
看高斯判断对点群没有
明显是C3
有对称性的体系点群没判断对不仅耗时多还不容易收敛
Q:
[图片]
A:
那看来没有
Q:
没有对称性的，中间不是苯环
恩
wb97x和wb97xD可否简要介绍些区别？尽管这个问题我该自己去学文献
A:
wb97x scf(novaracc,noincfock,conver=7) int(ultrafine,acc2e=12)，先不用溶剂模型，看是否能搞定，步步为营
D带色散校正，其它参数也有些区别。
----------------------------------------------------
2016.07.10 19:48:20
Q:
[图片]MP2 计算的单点能用mp2 还是用hf=
A:
mp2
----------------------------------------------------
2016.07.10 20:17:34
Q:
[图片]
老师，在用chemdraw3D优化后B-O键断开了，是不是因为B只能接三个键，要用高斯算此化学物的光谱性质要怎么处理它的输入的gjf文件呢？谢谢
A:
用量化优化，甭用chem3D的分子力场优化
PS：没有叫chemdraw3D的东西
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2016.07.10 21:10:10
Q:
我解压安装完后执行 bash .bashrc 怎么提示g09.profile：gau-machine：command not found
求大神解答
A:
.bashrc贴出来
Q:
[图片]
A:
把g09D01改成g09再试
Q:
改了文件夹名称呗
好的。我试试
A:
如果之前传其它文件都没问题，把目录里面的(dev)删了再试
Q:
sob老师。不报错了。但是用echo $PATH命令看不到g09的任何信息啊
A:
先运行看看能否正常运行
Q:
OK
现实g09 command not found
A:
把配置信息写到fi下头去，如果还不行自己把g09目录加到$PATH看能否正常运行
Q:
OK
重启就OK了
[图片]
这是什么情况。sob老师
A:
不好说
Q:
是输入文件错了？这种情况表示g09正常安装了没[表情]
A:
输入文件贴出来看看
Q:
是高斯doc文件夹下的。我随便跑跑看。是否正常安装了
A:
你别用这个当测试，估计这个任务引用了外部脚本extgau1，而你当前又没那个脚本
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2016.07.10 23:05:30
Q:
各位大神这是我的输入文件为啥一直报错啊
% nproc=4
% mem=2000mb
#p opt=(ts,ef,calcfc,maxstep=30,maxcycle=200,nofreeze,z-matrix) freq mp2/aug-cc-pvdz
opt+freq
0 3
C
C 1 B1
H 1 B2 2 A1
H 1 B3 2 A2 3 D1 0
H 1 B4 2 A3 3 D2 0
C 2 B5 1 A4 3 D3 0
H 2 B6 1 A5 6 D4 0
H 2 B7 1 A6 6 D5 0
H 6 B8 2 A7 1 D6 0
H 6 B9 2 A8 1 D7 0
H 6 B10 2 A9 1 D8 0
O 2 B11 1 A10 6 D9 0
B1 1.50715000
B2 1.11661248
B3 1.11689676
B4 1.11688410
B5 1.50712825
B6 1.12235823
B7 1.12235193
B8 1.11658879
B9 1.11691573
B10 1.11691719
B11 2.42235522
A1 110.43247324
A2 110.63075889
A3 110.63610126
A4 111.80196716
A5 109.46838284
A6 109.47239507
A7 110.43711149
A8 110.62890733
A9 110.62899721
A10 109.00538867
D1 120.03517417
D2 -120.04393153
D3 -179.99705194
D4 121.48519543
D5 -121.48866512
D6 179.99674898
D7 -59.96191471
D8 59.95663268
D9 -121.70522644
A:
#p opt(ts,calcfc，noeigen) freq mp2/aug-cc-pvdz
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2016.07.10 23:47:00
Q:
老师，请问gaussian的Franck-Condon模拟不支持混合基组吗？我把gen改成cc-pvtz(底下的基组定义也删了)就没出错～
A:
支持，你的格式不对而已
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2016.07.11 17:28:23
Q:
老师，反应物是激发态的话激发态分解后的产物是不是也必须是激发态的？
A:
否
诸如
[图片]
在光产物2极小点的结构时，它的势能面已经是基态势能面了
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2016.07.11 17:37:39
Q:
[图片]大家好，利用Multiwfn绘制密度差图的时候横坐标和纵坐标只能调节刻度吗？可以调节范围吗？比如我可以把横轴取值设为0-20吗？
A:
可以调啊
设定作图平面时延展范围取大点就完了
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2016.07.11 17:39:52
Q:
Sob老师，EOMCCSD好像没有density（手册上没写，加上就报错了），直接导出wfn是基态波函数吗？这样还能做激发态电子密度差吗？谢谢老师
A:
是。不能
Q:
谢谢老师
还有一个问题：
#p EOMCCSD(Nstate=20,root=11)/Aug-CC-pVDZ density
H2 excited states
0 1
H
H 1 1.0
这样算的结果
[图片]
第十一个态如何理解呢？双激发占主导？还是可以看做双激发的态呢？这不是结果里第一个出现双激发的态，但是是第一个比较大（我按系数平方求和后总共是0.9560，双激发的有0.8052）
A:
就是双激发占主导
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2016.07.11 18:15:52
Q:
老师，您好，用Multiwfn昨晚electron-hole analysis以后输出的cub文件，用gview作图后可以修改颜色吗？
[图片]
这个跟背景颜色太相近了，看不出来了
suface的是不能改的哈
A:
[图片]
[图片]
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2016.07.11 18:20:04
Q:
咨询一下这句话的意思：the QM:MM level, combining the complete active
space self-consistent field (CASSCF) method with the universal
force field (UFF)
意思是：QM用DFT方法计算，MM用UFF力场？找个CASSCF和DFT是什么关系，DFT中的一个方法还是？谢谢指点
固体物理吧
A:
当然是QM用CASSCF
Q:
偶，谢谢sob老师，DFT是方法，CASSCF是具体的处理算法？谢谢老师
A:
DFT和CASSCF都是理论方法
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2016.07.11 18:25:12
Q:
老师，td和irc无法一起用吧
A:
能
Q:
td （nstates=20） irc（calcfc，forward）这样？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.07.11 18:43:11
Q:
NBO 电荷正负和静电势的正负有没有关系？
A:
静电势得看具体位置，这是函数
诸如用于形成卤键的卤原子，原子电荷一般为负，但是sigma-hole的地方静电势却是正的，而周围区域都是负的
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2016.07.11 18:44:42
Q:
sob老师，高斯计算终止了，信息如下：
Unable to project occupied orbitals !
Error termination via Lnk1e in /home/g09/l401.exe at Mon Jul 11 10:35:24 2016.
A:
贴关键词
Q:
这是关键字
#t B3LYP/gen Pseudo=Read opt guess=huckel freq=noraman
freq=noraman直接freq就行。
A:
没事甭加guess=huckel
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2016.07.11 19:14:05
Q:
周末编译gmx-5.1.2，始终得不到可执行的命令，和5.0以前的版本比，我怀疑这个版本有是不是必须需要高版本的boost函数库，才能完成c++部分的编译啊
gromacs
我在超算上编译
A:
5.x版可执行命令是gmx
后面接参数选择用哪个模块
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2016.07.11 19:29:04
Q:
[图片] 数值越大离原子核越远？
A:
对
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2016.07.11 20:37:54
Q:
有什么办法可以实现优化结构时固定某一键长？
从网上看到，可以用opt=modredundant 命令
但是不知道格式怎么写
我用的是xyz坐标
有什么办法可以实现优化结构时固定某一键长？
用高斯优化的时候
从网上看到，可以用opt=modredundant 命令
但是不知道格式怎么写
我用的是xyz坐标
A:
[图片]
Q:
如果键长要固定到某一个值
请问是在F后面直接写数值吗
A:
当前版本下，没法固定到某个值，只能固定到当前结构的值
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2016.07.11 20:37:54
Q:
谁知道16-19号的培训还有名额吗？
A:
无
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2016.07.11 21:01:18
Q:
[图片]请问这种图是怎么做出来的呢？
这个是pdos吧是总的dos和单独的贡献在一张图上的表示吗
A:
看文献，确认图上的纵坐标到底代表什么
local DOS往往是这种图
将纵坐标定义为某个路径
Q:
老师我用projwfc产生了各个原子轨道的贡献接下来怎么做呢
A:
没听说过projwfc
对于分子体系，做LDOS图用Multiwfn，手册4.10.2节有例子
[图片]
Q:
请问老师Multiwfn只能做分子体系的DOS图吗，如果把周期性结构算的DOS数据导出，有可能用Multiwfn作图吗，谢谢
A:
周期性体系导出DOS数据直接用origin之类作图就完了，不需要Multiwfn
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2016.07.11 22:41:34
Q:
[图片]
这是什么错误 @LiYuanhe
A:
大抵是chk文件本身有毛病，重算个单点再试
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2016.07.11 22:46:21
Q:
请问下大家，CO2分子进行bader电荷分析，C上的电子数为0，而O上为8.。。这样合理吗。。用vasp和高斯好像都是这样
A:
不合理。高斯不会这样。
高斯用户建议用Multiwfn或AIMALL计算AIM电荷
Q:
那老师，问题是错在哪儿了呢。。。我的直接用bader cube的。。。cube由fchk文件生成。。。
A:
甭用那个叫什么bader的程序
很糟糕
怎么算AIM电荷在Multiwfn手册4.17.1节有
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2016.07.11 22:55:22
Q:
老师，激发态的过渡态用什么方法可以找到？高斯的TD方法可以优化激发态的过渡态吗？（分子的原子个数为63）谢谢老师！
A:
可以
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2016.07.11 23:44:00
Q:
Sob老师您好，高斯 ONIOM 的激发态计算，可否画出其QM部分的分子轨道图（HOMO,LUMO）？
A:
ONIOM计算没法产生QM部分的轨道
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2016.07.11 23:44:06
Q:
Multiwfn可以算激发态的分子的电荷吗？谢谢老师！
A:
可以
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2016.07.11 23:46:33
Q:
multiwfn 制作静电势等高线？有谁做过的
A:
手册4.4节有例子
Q:
[图片]
1就是静电势吧？
A:
作什么图这里就选什么函数
屏幕上有清楚的提示
Q:
看到了
12
谢谢
[图片]怎么把整个分子缩小
显示完整的蓝色的线
A:
加大延展距离
设定作图平面的界面有选项
Q:
[图片]set size extension 是延展距离？
A:
没有bug
是
Q:
我选3个原子后然后再设置延展距离？
选完3个原子后，平面大小就出来了，就开始算了。
A:
先设延展距离
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2016.07.11 23:54:19
Q:
[图片]用scan的时候高斯只把第一个点打印出来了余下点都不显示怎么办呢？@Sobereva
A:
用非标准路径试插入L601图解决
Gaussian的Link、IOp与非标准计算路径
http://sobereva.com/57
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2016.07.12 00:27:42
Q:
在帖子《谈谈约束性DFT(CDFT)》最后一个例子中，为何只定义了原子1为电荷-1，原子2的电荷为+1为何不定义？
A:
根据总电荷设定自然而然就知道其它的了
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2016.07.12 00:42:04
Q:
请问sob老师，Multiwfn做fukui函数自由基进攻 f0的时候，那个除2怎么操作
A:
格点数据算完之后屏幕上有选项用于对格点数据进行运算，里面选除法，然后输入2即可
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2016.07.12 00:52:08
Q:
老师有没有电化学的计算方法的微博呀
A:
从来不用微博。计算电极电势在培训班里讲，目前没写过博文
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2016.07.12 01:21:41
Q:
老师
我用了关键词modredun
还想用cartesian关键词
opt=(cartesian,modredun)
但是提示语法不对
？
A:
没法同时用
一条消息把药表述的说完整，不要零零碎碎
Q:
怎么能在结构优化中即加入cartesian 又加入modredun
[表情]
如果不加入cartesian 会提示
Error in internal coordinate system
但是加了又提示不能运行
A:
第二次提醒：一条消息把要表述的说完整，不要零零碎碎
Q:
如果不加入cartesian 会提示
Error in internal coordinate system
但是加了又提示不能运行
请问对于这样的问题怎么解决？
A:
尝试以其它方式定义柔性扫描方式试图绕过此问题
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2016.07.12 01:27:52
Q:
例子中是计算H-体系，在与之距离5埃处放一个单位正电荷
HF=-0.5676521
如果改为计算H+体系，在与之距离5埃处放一个单位负电荷
HF=-0.1058354
为何这两种方法计算得到的值不同？
A:
5埃太近，氢还没法被当成点电荷考虑
Q:
你那个例子就是一个带正电荷的H和一个带负电荷的氢
两种方法只是参考点不同，数值上为何相差这么大？
A:
显然差距大，又不是只相距5埃的两个点电荷的相互作用
Q:
计算H-体系，在与之距离5埃处放一个单位正电荷
计算H+体系，在与之距离5埃处放一个单位负电荷
这两种计算方式相差是啥地方？为何你那个例子中选择了第一种方式？
A:
你怎么能不考虑H-的两个电子的实际分布？实际体系中会被你旁边放的正电荷所极化，又不是球对称分布的
----------------------------------------------------
2016.07.12 01:47:44
Q:
请问分子体系基态（电子态）的lumo轨道的能量与第一激发态有什么联系吗？@Sobereva
A:
没联系
Q:
也就是说不能通过基态lumo轨道得到第一激发态的能量是吧@Sobereva
A:
不能
Q:
multiwfn 能观察到极化作用吗
A:
做个密度差就体现出极化作用了
Q:
对linux文件路径不太熟悉，我这样是填的完整绝对路径吗
[图片]
最后要生成wfn文件
你Gaussian直接用fchk文件做Multiwfn的输入不就完了
我看sob写的博文要用，
[图片]
还有一种做法也能生成电荷密度差异图直接用fchk，那个叫CDD，
电荷密度差图可以用fch（fchk）文件做
A:
用fch绘制密度差图就完了
博文里说的只是一种情况而已，总不能每次写博文，非得把所有情况都列全了，.molden、.fch、.wfx都得说一遍才行。
什么情况可以用什么输入文件这里写了
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
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2016.07.12 01:47:44
Q:
基态的优化，频率
%rwf=a1,40gb,a2,20gb
%nosave
%chk=test.chk
%mem=50GB
%nprocshared=12
# B3LYP/6-31g opt freq
基态到激发态的吸收（计算10个激发态）
# B3LYP/6-31g TD=(NStates=10,50-50,root=1)
激发态到基态的发射
# B3LYP/6-31g OPT TD=(NStates=6,,root=1)
这样设置有问题没？？
我在改下，谢啦！
A:
基组太烂
Q:
必须简单的，刚接触。我还没开学那，老师就让过来学
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2016.07.12 03:13:39
Q:
老师, 请教个问题。我的分子初始结构属于Cs点群，频率分析之后得出的对称性怎么都不对呢？按道理来说对称应该不是A'就是A"~
[图片]
A:
上传输出文件
Q:
稍等一下
，发过去了，谢谢~~
A:
甭写乱七八糟关键词，就用B3LYP/def2svp opt freq
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
好的，我试一下。然后就是布局分析、内转动势垒什么的另算吗？
A:
y
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2016.07.12 03:23:02
Q:
老师，我想计算激发态分子每个原子上分布的电荷的具体数值，用高斯优化结果里的Mulliken电荷可信吗？还是必须再用Multiwfn再算什么才可信？谢谢老师！
求问，算电荷具体的数值在说明书的第几章？谢谢
A:
看群共享里《原子电荷计算方法的对比》关于原子电荷的讨论。用哪种看目的
Multiwfn手册4.7节有计算原子电荷的例子
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2016.07.12 03:50:01
Q:
请问Sob，有gaussian的scan功能的相关论文吗？我找了几个都不是。。。
A:
没有论文会专门讲scan功能的使用的
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2016.07.12 04:12:54
Q:
停用了一些布居分析、内转动势垒的关键词，就可以了。这些关键词对频率分析也有影响吗~
[图片]
A:
布居分析没影响。受阻转子分析可能影响。而且也怀疑你振动分析和几何优化不在一个级别
----------------------------------------------------
2016.07.12 04:13:11
Q:
[图片]
[图片]
要算电荷密度差异图（EDDM），这是基态的输入文件，请问可以吗？
A:
可以
Q:
[图片]
可是，算到这儿就停了，没有生成wfn文件
A:
把wfn路径写具体了
写清楚绝对路径肯定没问题
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2016.07.12 04:20:54
Q:
老师，多功能波函数可以算阳离子和中性分子之间的部分电荷差吗?指定原子的那种，比如ΔqC、 ΔqH、ΔqN
A:
对两种状态，分别算原子电荷，求差就完了
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2016.07.12 04:41:42
Q:
[图片]
请问一下让HOMO LUMO同时出现在一个分子上，并且用不同颜色表示，怎么能够做到
在线等哈，谢谢各位大神
A:
用Multiwfn主功能5产生HOMO和LUMO的cube文件，然后用VMD同时载入，用不同颜色等值面显示
Multiwfn主功能0里面也能同时显示两条轨道，看
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
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2016.07.12 05:06:46
Q:
咨询一个问题，一个分子在gas下，计算基态，不容易出现虚频。如果说，一个分子处在晶体环境中，是不是计算的时候，出现虚频是不是正常的？谢谢
A:
关键是优化和频率计算时所处的外环境（诸如背景电荷设置）必须相同。原理上来说只要相同，充分精确优化后做振动分析不该有虚频。
----------------------------------------------------
2016.07.12 05:17:30
Q:
[图片]
麻烦问一下提交任务之后是这样的这个是什么问题啊？
求解答一下
A:
确认nz320下面有tmp目录，没有就建一个
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2016.07.12 08:37:08
Q:
请教大家gromacs5.1.2中怎样调用查看器ngmx
A:
老掉牙的丑陋的ngmx已经没有任何使用价值了
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2016.07.12 15:47:10
Q:
gromacx和amber哪个用的多？
A:
gmx
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2016.07.12 15:59:44
Q:
求一篇文献:C–N bond forming cross-coupling reactions: an overview链接如下http://pubs.rsc.org/is/content/articlehtml/2013/cs/c3cs60228a谢谢确定sci方法下载不了,谢谢
A:
http://gen.lib.rus.ec/
[图片]
[图片]
----------------------------------------------------
2016.07.12 16:32:22
Q:
各位老师好，最近学量化，老是整不明白。请教一下
怎么从基组构造成slater行列式呢？
LCAO－MO中，有原子轨道的线性组合系数，但是slater行列式中没有系数，都是轨道的乘积后相加或者相减。实在想不明白
A:
基函数线性组合构成分子轨道，占据的分子轨道反对称乘积构成slater行列式
Q:
看教程，GTO是primitive，由primitive 收缩构成STO,　叫basis function，然后是几个STO构成AO,　再由AO组成slater吗
A:
网上没有几个中文教程对基组的描述是正确的
只如今几乎没人用的STO-nG系列基组才是将GTF向STO拟合得到的收缩系数
Q:
请问slater行列式是不是可以分解成组合的系数向量　与　基函数　向量的点积呢
从基函数到slater这一步，好多书上都看不懂
包括怎么构造hanmiltonian矩阵也没有具体的实例
A:
[图片]
仔细啃完szabo的书就全懂了
Q:
好的，多谢，我下了modern QM,　还没安下心看
请问分子轨道中i是指什么呢
A:
某分子轨道的轨道序号
Q:
谢谢，像CH4, 是指整个分子的波函数吗，共包括10+4共14个电子？但是slater行列式才应该是14x14吧。
A:
意义不明。
CH4总共10个电子，当闭壳层计算有5个占据轨道，所以slater行列式是5*5的
Q:
明白了，就是按照轨道数来组合的，每个轨道２个电子，+1/2和-1/2。那要是总共11个电子，是用6*6的slater吗
A:
否
此时一般用非限制性开壳层来算，每个自旋轨道一个电子，所以有11个分子轨道，行列式是11*11的
Q:
[图片]
SOB老师您是说这书吗
A:
y
----------------------------------------------------
2016.07.12 16:43:55
Q:
老师，请问对大环共轭体系的基态进行几何优化，用哪种基组比较恰当？
A:
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
大环共轭体系并没有任何特殊性
Q:
sob老师，那请问在大环共轭体系的基态几何结构优化时，泛函如何选择呢？例如B3LYP，PBE0，M062X和B3PW91
A:
若不牵扯色散作用用B3LYP或PBE0都行
牵扯色散作用用M062X
----------------------------------------------------
2016.07.12 16:47:24
Q:
老师，sobmecp 在运行的时候没收敛。[图片] 这些全是no
在输入里面能否加大迭代次数？
A:
博文里写了，如果要调整搜索步数上限，应修改temp/runMECP.sh第30行的数字。默认是50步。
----------------------------------------------------
2016.07.12 17:05:26
Q:
[图片]老师，请教您一个问题，对于三线态的氮烯，用multiwfn看轨道信息，即有Alpha轨道，又有Beta轨道，这个我怎么取呢？
A:
up to you
没前提没法说
总得有个目的
Q:
目的比较基础，分析分子轨道的城建类型
不好意思，是成键类型
A:
都看
如果图省事，用RO波函数，就不分alpha和beta了
Q:
用高斯Gview看也有这种情况
A:
显然啊
又不是可视化程序的事，而是计算形式的事
Q:
RO波函数？也可以用multiwfn看吧？
A:
y
Q:
取Alpha或者Beta没什么影响的吧？
请问一下，RO波函数？需要在multiwfn什么地方找呢？我昨天刚下载的这个软件
A:
高斯计算时候前头写RO
诸如ROB3LYP/def2SVP
Q:
对了，老师。还有一个问题[图片]，对于界面上显示的这个分子轨道，我怎么知道是Alpha还是Beta轨道呢？
A:
控制台上会显示是什么轨道类型
Q:
控制台？[图片]是这个么？[表情]
A:
文本界面
----------------------------------------------------
2016.07.12 17:19:31
Q:
老师：请教一个问题,我用namd跑一个蛋白的动力学，我如果不约束任何原子就可以跑，但是只要一约束住某些原子就会报错，停止。报错信息如下：ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 9374!ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.请问这是什么原因呢？
A:
约束方式不合理之类的原因，导致约束算法没法实现
----------------------------------------------------
2016.07.12 17:38:19
Q:
请问一下，b3lyp,rb3lyp和ub3lyp之间的区别
那何种情况对应哪种，如何选择呢？
A:
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
看第11条
Q:
“有时看个别菜鸟居然计算闭壳层单重态体系也写个U，额外浪费不少时间，结果和默认的R完全一样。“
按理说U的能能量会低一些，尤其是那些有双自由基倾向的分子。他们为什么一样呢》
A:
双自由基不是闭壳层单重态
Q:
就是激发态计算的时候计算triplet对吗？
A:
基态是闭壳层单重态的，用了U，轨道还是配对儿的，和R没区别
y
Q:
对对，氢分子离解。U跟R的一样，做波函数稳定测试就分开了
你不做稳定性测试，用混合轨道也是一样的吗？
有时间做做大联苯，大了，就出双自由基了
老板以前都用U来算，所以也让我用U，结果算出来R和U结果完全一样，老板还不信....等了段时间来了一个师弟，他又让师弟算给他看，简直了
A:
用U不仅耗时高，对于振动分析等目的还多耗很多内存、硬盘
只知道并苯大了有双自由基特征，联苯大了有双自由基还没听说过
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2016.07.12 17:38:19
Q:
三重激发态也可以做hole-electron分析吗？
A:
能
----------------------------------------------------
2016.07.12 17:49:15
Q:
请问从DFT推导出HF，有老师知道哪里有介绍吗
A:
根本没这回事
Q:
[表情]这是谁说的谬论
A:
关公战秦琼
Q:
导师说的
[表情]
我跟他讨论，言语里有点轻视DFT，说是数值方法所以结果比较准
A:
明显是对DFT一窍不通
Q:
他说DFT里电子交换能展开，可以推导出HF
交换能的hanmiltonian项展开，可以得到HF。一种可能的形式
A:
要是没有HF的启发，Kohn和沈吕九还未必提得出来KS-DFT
Q:
都属于SCF，我也觉得DFT比较数值一点
[图片]
A:
起码看点介绍DFT基本的书再来讨论
诸如levine的
否则就和科班出身的和民科讨论一样
Q:
某些情况下DFT已经可以做到完爆后HF
A:
MP2已经几乎被爆了
CCSD这个档也几乎被双杂化爆了
Q:
CI和QCI也在激发态计算中被各种杂化泛函取代了
老百姓已经快忘记还有这么两个东西存在了
A:
QCI不是算激发态的
CI是这样
Q:
[表情]
见笑了，刚学
我是实验转计算。导师让一周后看懂这些
A:
急功近利
Q:
mcscf，b3lyp和blyp区别啥的。扩散基组函数
我看的都没有教程说基组里*和+具体是啥
A:
从0开始，一个礼拜能真正把HF这一个理论理解透了就算不错
Q:
我本来也想用用软件就行了。
A:
基组你就仔细看这个
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
当成黑箱来用，和搞清楚原理，花费的精力、脑力差两个数量级。
单纯去算，对于基组来说，不用问为什么，就按博文里说的用就完了
Q:
多谢。
A:
要想搞清楚关于基组的细节事情，看群共享里的《基组入门资料小合集》，甭看网上乱七八糟的资源
Q:
下载了。但是也没看到扩散基组
扩散基组？
得找文献看了
A:
根本就没有叫扩散基组的东西！从哪里听来的
Q:
函数形式
A:
要么弥散函数(diffuse function)，要么扩展基(extended basis-set)
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
Q:
扩展基
对，我说错了
A:
小合集里面，基本概念全都有，不可能没有你需要了解的知识
Q:
[图片]这里的Natural charge 指的是NPA电荷吗？@Sobereva
A:
是
Q:
多谢。到时得找个弥散函数形式
A:
弥散函数就是基本的高斯函数，没有特殊性，只不过指数很小而已
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2016.07.12 17:52:03
Q:
老师有没有什么好的方法算转移积分呀？谢谢
A:
http://bbs.keinsci.com/thread-3588-1-1.html
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