求助：如何修改高斯结构优化、能量计算后的输出文件.chk(或.out)的键型？

kmong · 发表于 Post on 2023-6-26 09:49:58

本初学者想计算LiTFSI分子的ESP，用Gaussian16计算opt+fre(DFT, 6-31Gdp)时键型正常，但随后计算能量(DFT, 6-311+Gdp)所得分子结构出现了该F-S单键，请问是什么原因导致的呢？如何修改chk/out文件的分子的键型呢？

kimariyb · 发表于 Post on 2023-6-26 10:13:21

gview 显示的东西和实际上成键与否没有半毛钱关系，显示成不成键也不影响量子化学计算，这是强调过很多次的，你就算把这些键全删了，照样也能算，别拿用 chemdraw 画有机结构式的思维代入量化计算里。详细看 sob 老师《谈谈原子间是否成键的判断问题》（http://sobereva.com/414）一文。

wxsxjj · 发表于 Post on 2023-6-26 11:26:29

本帖最后由 wxsxjj 于 2023-6-26 11:29 编辑

关键词有geom=connectivity且坐标里有键连接关系的时候，成键在计算中有意义
不过这写基组格式是哪学来的

kimariyb · 发表于 Post on 2023-6-26 12:43:11

请牢记 Sob 老师博文里的这句话。

得一提的是，经常有初学者对量子化学最基本知识缺乏了解，以为在gview里是否连键会影响结果。对于量化计算来说，在gview里怎么连键的，换句话说，在gjf文件里geom=connectivity提供的原子间连接关系是什么样的，对于量化计算完全不影响结果，因为没有哪个量化理论方法在计算过程中是依赖于用户设定的成键关系的。仅对于涉及到分子力学的计算，连接关系才必须指定，因为这直接影响到计算时势函数的设定。

kmong · 发表于 Post on 2023-6-26 19:44:34

kimariyb 发表于 2023-6-26 12:43
请牢记 Sob 老师博文里的这句话。

好的谢谢您，请问您知道如何修饰能量计算后的chk文件的键型并保存吗，我想联用Multifwn+VMD绘ESP图，多出来的键不知道怎么处理，直接这样绘制ESP感觉似乎又有点问题，谢谢！

kmong · 发表于 Post on 2023-6-26 19:45:09

wxsxjj 发表于 2023-6-26 11:26
关键词有geom=connectivity且坐标里有键连接关系的时候，成键在计算中有意义
不过这写基组格式是哪学来的{ ...

好的谢谢您，基组格式我下次会注意了的~请问您知道如何修饰能量计算后的chk文件的键型并保存吗，我想联用Multifwn+VMD绘ESP图，多出来的键不知道怎么处理，直接这样绘制ESP感觉似乎又有点问题，谢谢！

pal · 发表于 Post on 2023-6-26 19:49:36

成键的判断一般就是距离，先画完ESP图，如果VMD里成键不对的话，就修改VMD里面的成键判定

kimariyb · 发表于 Post on 2023-6-26 20:49:31

kmong 发表于 2023-6-26 19:44
好的谢谢您，请问您知道如何修饰能量计算后的chk文件的键型并保存吗，我想联用Multifwn+VMD绘ESP图，多出 ...

先按照教程在 VMD 里显示出 ESP 再说，如果在 VMD 里观察到成键不符合预期的话，再改 VMD 的成键判定。根本就没必要改 chk 文件，你也改不了 chk 文件，chk 文件是二进制文件，chk 文件只有 Gaussian 自己才能利用，要想在 Multiwfn 里利用 chk 文件的信息，必须要先转为 fch/fchk 文件。也不知道你为什么要一直执着于 chk 文件，你难道没发现你用 notepad 打开 chk 文件全是 1 和 0 吗。

kmong · 发表于 Post on 2023-6-28 08:49:42

kimariyb 发表于 2023-6-26 20:49
先按照教程在 VMD 里显示出 ESP 再说，如果在 VMD 里观察到成键不符合预期的话，再改 VMD 的成键判定。根 ...

好的好的，谢谢！

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