真空条件下模拟分子发生聚集是否正常？

sd6512066 · 发表于 Post on 2023-6-26 14:07:22

charmm36力场，在上一次模拟当中我选取了一帧构相，加入了配体小分子，然后尝试在真空体系下，先进行nvt平衡后进行模拟，但是结果是所有物质都聚集到了一块去，请问这是正常现象吗，还是有什么办法可以解决？谢谢

pal · 发表于 Post on 2023-6-26 14:10:47

真空里只受到吸引力的话不聚集还能干啥

sd6512066 · 发表于 Post on 2023-6-26 14:15:13

pal 发表于 2023-6-26 14:10
真空里只受到吸引力的话不聚集还能干啥

那请问如果我希望模拟溶剂很少的一个过程，有什么办法吗，我这是一个包埋体系，我希望模拟它在水含量很低情况下的跟小分子配体结合的过程

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-6-26 14:33:41

sd6512066 发表于 2023-6-26 07:15
那请问如果我希望模拟溶剂很少的一个过程，有什么办法吗，我这是一个包埋体系，我希望模拟它在水含量很低 ...

溶剂很少有两个可能的意思：（1）这个体系是气相里的一个几乎蒸干了的微液滴；（2）这个体系是几乎完全干燥的固相。先确定你是哪个意思

sd6512066 · 发表于 Post on 2023-6-27 09:58:50

wzkchem5 发表于 2023-6-26 14:33
溶剂很少有两个可能的意思：（1）这个体系是气相里的一个几乎蒸干了的微液滴；（2）这个体系是几乎完全干 ...

谢谢您的回复，我的主体是固态的，配体小分子是液态的，反应过程我把两者放在了高压反应釜当中进行反应，并没有加入其它溶剂，我是希望能够模拟这个过程来探究包合方式的

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-6-27 14:09:26

sd6512066 发表于 2023-6-27 02:58
谢谢您的回复，我的主体是固态的，配体小分子是液态的，反应过程我把两者放在了高压反应釜当中进行反应， ...

那显然不能在真空里模拟啊，得建立一个周期性体系做NPT模拟，使得体系里有无数多个主体和配体，把空间都填满

sd6512066 · 发表于 Post on 2023-6-27 20:49:50

wzkchem5 发表于 2023-6-27 14:09
那显然不能在真空里模拟啊，得建立一个周期性体系做NPT模拟，使得体系里有无数多个主体和配体，把空间都 ...

不好意思我不太了解具体要怎么操作，是指构建一个含有无数多个主体配体的盒子吗？我接触MD没多久，只熟悉教程上的操作，谢谢您

sd6512066 · 发表于 Post on 2023-6-27 20:52:30

wzkchem5 发表于 2023-6-27 14:09
那显然不能在真空里模拟啊，得建立一个周期性体系做NPT模拟，使得体系里有无数多个主体和配体，把空间都 ...

如果方便的话，不知道能不能私下跟老师您交流

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-6-27 21:29:27

sd6512066 发表于 2023-6-27 13:49
不好意思我不太了解具体要怎么操作，是指构建一个含有无数多个主体配体的盒子吗？我接触MD没多久，只熟悉 ...

随便一个MD的教程都会教怎么建周期性盒子（或者叫做考虑周期性边界条件）

sd6512066 · 发表于 Post on 2023-6-27 21:45:35

wzkchem5 发表于 2023-6-27 21:29
随便一个MD的教程都会教怎么建周期性盒子（或者叫做考虑周期性边界条件）

周期性的话，我所使用的NPT.mdp里面是有pbc的，但我还是不太理解如果不能在真空里模拟的话，我应该怎么构建我这个体系呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-6-27 22:17:22

sd6512066 发表于 2023-6-27 14:45
周期性的话，我所使用的NPT.mdp里面是有pbc的，但我还是不太理解如果不能在真空里模拟的话，我应该怎么构 ...

你已经用了PBC的话，就在周期性盒子里放足够多的主体和客体（应该可以用packmol等工具），使得把盒子差不多填满，然后跑一个短的NVT预平衡（可能可以省略），再跑一个NPT到完全平衡就行了

sd6512066 · 发表于 Post on 2023-6-27 22:23:06

wzkchem5 发表于 2023-6-27 22:17
你已经用了PBC的话，就在周期性盒子里放足够多的主体和客体（应该可以用packmol等工具），使得把盒子差不 ...

①这个时候体系里面不加溶剂的话，不算是真空体系吗？②我接触的例子少，不太清楚这样做能够得到些怎样的结果，也就是这样的目的是什么。可能有些问题比较浅薄但我确实不太理解，非常感谢老师您的耐心回复！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-6-27 23:02:29

sd6512066 发表于 2023-6-27 15:23
①这个时候体系里面不加溶剂的话，不算是真空体系吗？②我接触的例子少，不太清楚这样做能够得到些怎样的 ...

（1）不算，因为跑NPT的时候真空部分会自动塌掉，变成凝聚相体系
（2）你的实际体系是无穷多个主体和客体组成的凝聚相体系，这个理解吧？但是无穷多个分子一般是没法算的，计算量是无穷大，所以必须要做个近似，就是近似认为体系具有周期性，这样就可以简化计算，让计算量变成有限大。你需要做的就是在近似认为体系有周期性的情况下，模拟这个凝聚相体系

sd6512066 · 发表于 Post on 2023-6-27 23:26:56

wzkchem5 发表于 2023-6-27 23:02
（1）不算，因为跑NPT的时候真空部分会自动塌掉，变成凝聚相体系
（2）你的实际体系是无穷多个主体和客 ...

好的，非常感谢老师您，但因为我的主体它具有不同的空腔，也就是配体分子能够进入的位置不止一个，所以我希望能够通过模拟来探究配体分子的一个倾向，进入哪个空腔的可能性更大、以何种方式进入，这个时候我看文献中一般都是用一个主体分子及多个配体分子来探究的，请问老师我应该怎么模拟这样的情况呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-6-28 00:07:14

sd6512066 发表于 2023-6-27 16:26
好的，非常感谢老师您，但因为我的主体它具有不同的空腔，也就是配体分子能够进入的位置不止一个，所以我 ...

一样的，你在每个周期性盒子里放至少一个主体分子以及足够多的配体分子就行了

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