带有浓度梯度的盒子，能量最小化的时候离子全部集中到下层了

蒋杭廷 · 发表于 Post on 2023-6-28 21:21:54

做了带有浓度梯度的盒子，上层为1M的KCl溶液，下层为0.5M的，中间是黏土面层（真空）。建完的模型放到了附件里。然后出现的问题是，能量最小化结束后，离子直接全部集中到了下层，这是为什么呢。但是后续的npt也能正常跑，只不过轨迹极其奇怪，很大部分的离子集中在下层，然后上层只有有Cl进入。gro,mdp，都放在附件里了。

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-29 06:48:21

观看能量极小化的轨迹里离子的运动就知道怎么回事
拓扑文件也不给，也不知道你要想跑什么，没法判断

蒋杭廷 · 发表于 Post on 2023-6-29 09:11:30

拓扑文件

蒋杭廷 · 发表于 Post on 2023-6-29 09:11:51

sobereva 发表于 2023-6-29 06:48
观看能量极小化的轨迹里离子的运动就知道怎么回事
拓扑文件也不给，也不知道你要想跑什么，没法判断

抱歉老师，拓扑文件放在下面了

pal · 发表于 Post on 2023-6-29 10:32:34

是不是上下两个盒子的密度太低了，所以都集中到一个地方去了

蒋杭廷 · 发表于 Post on 2023-6-29 10:53:39

pal 发表于 2023-6-29 10:32
是不是上下两个盒子的密度太低了，所以都集中到一个地方去了

我感觉大概率是，所以带有梯度的是实现不了的吗

pal · 发表于 Post on 2023-6-29 10:58:35

蒋杭廷发表于 2023-6-29 10:53
我感觉大概率是，所以带有梯度的是实现不了的吗

把两个盒子都先npt了再拼起来，就是要保证一个面的大小是一样的

蒋杭廷 · 发表于 Post on 2023-6-29 14:13:30

pal 发表于 2023-6-29 10:58
把两个盒子都先npt了再拼起来，就是要保证一个面的大小是一样的

两个溶剂盒子都已经跑了10万步npt才组合的，黏土真空盒子没有跑npt，但是最后的盒子大小是不一样的，大概xyz轴各零点几埃的区别。

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