VMD键连显示“异常”

吞木木 · 发表于 Post on 2023-7-1 17:02:05

本帖最后由吞木木于 2023-7-1 17:01 编辑

各位老师好：
   最近在使用VMD的时候，发现Dynamic Bonds的显示化学键连接的时候有些问题，是我哪一步设置错了吗？
   具体问题描述如下：
   体系中共有三种元素 Al 、 O 和 H。当我使用关键词 name Al O选择元素Al与氧之间形成键的时候，发现O-O键也被选择上了。由于Al-O键的Distance Cutoff比O-O键的要长，所以会覆盖掉。现在我想单独只成Al-O键应该怎么设置啊？

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-2 01:57:06

没法单独对Al-O键设置cutoff
GaussView可以对特定元素之间设置成键距离判据，下文说了。可以GaussView弄好连接关系后保存成mol2文件，载入到VMD里以提供连接关系，之后再载入轨迹
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

吞木木 · 发表于 Post on 2023-7-2 11:59:20

sobereva 发表于 2023-7-2 01:57
没法单独对Al-O键设置cutoff
GaussView可以对特定元素之间设置成键距离判据，下文说了。可以GaussView弄好 ...

谢谢老师指点

didiao · 发表于 Post on 7 day ago

sobereva 发表于 2023-7-2 01:57
没法单独对Al-O键设置cutoff
GaussView可以对特定元素之间设置成键距离判据，下文说了。可以GaussView弄好 ...

老师您好，把packmol生成的pdb文件在GaussView改了连接关系，保存为mol2文件后，导入进VMD,然后在导入在cp2k跑完MD的xyz文件，播放中它的成键关系一直不变，不能更新成键关系，导致键拉的很长，改成cpk显示或者使用bt命令自动更新成键关系后，mol2规定的连接关系又失效了，请问这种情况怎么办？

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[VMD] VMD键连显示“异常”