磷酸氢根离子采取RESP2电荷、用sobtop生成拓扑文件后，能量最小化出错

照夜清 · 发表于 Post on 2023-7-2 18:57:59

本帖最后由照夜清于 2023-7-4 21:10 编辑

我的需求是实现HPO4 2-离子在水溶液环境下模拟

前期结构拓扑文件准备：
1.首先通过Gaussview画出HPO4 2-的结构，得到HPO42-.mol2文件。
2.然后运行 ./RESP2.sh HPO42-.mol2 -2 1,得到HPO42-.chg。
3.在Sobtop中依次载入HPO42-的mol2、chg文件，使用GAFF原子类型，分别产生HPO42-的gro、itp、top文件。

gromacs模拟，尝试了如下方案：
1.先是用gmx insert-molecules -box 12 12 12 -ci HPO42-.gro -o test.gro -nmol 54 产生盒子

然后直接用em.mdp开始能量最小化（见文件test.gro HPO42-.itp test.top em.mdp)
程序很快进行不下去

2.后来又尝试在盒子中添加54个CA离子平衡，同样失败；

3.在盒子中加满水，同样失败

发现对少量（20个左右）HPO42-离子能量最小化可以成功，感觉是拓扑文件的问题，但不知道问题具体在哪，请各位大佬、老师指教！

ps:也尝试将优化后的chg中bonds键长改写进itp文件中，同样出错

牧生 · 发表于 Post on 2023-7-2 21:25:09

本帖最后由牧生于 2023-7-3 07:41 编辑

我使用你的结构式，同样的提示

Energy minimization has stopped, but the forces have not converged to the
requested precision Fmax < 500 (which may not be possible for your system).
It stopped because the algorithm tried to make a new step whose size was too
small, or there was no change in the energy since last step. Either way, we
regard the minimization as converged to within the available machine
precision, given your starting configuration and EM parameters.

虽然我查到的磷酸氢根的结构式也是这样的

但是试了好多次，都无法正常跑MD

但是，如果我把氢原子画在和磷原子相连，那么则一切都非常正常

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-3 01:02:03

照夜清发表于 2023-7-2 19:01
实在是尝试了多种方法，三天就耗在这一个小离子上，求助！！！

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

照夜清 · 发表于 Post on 2023-7-4 21:13:14

牧生发表于 2023-7-2 21:25
我使用你的结构式，同样的提示

Energy minimization has stopped, but the forces have not converged t ...

感觉可能是GAFF力场参数的问题，不能直接通过指认原子类型来生成拓扑文件。

照夜清 · 发表于 Post on 2023-7-4 21:14:12

sobereva 发表于 2023-7-3 01:02
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

好的，学生看的不够认真，已删除并重新编辑！

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-5 02:37:01

照夜清发表于 2023-7-4 21:13
感觉可能是GAFF力场参数的问题，不能直接通过指认原子类型来生成拓扑文件。

不是。关键是你给sobtop载入的mol2文件里连接关系必须正确

照夜清 · 发表于 Post on 2023-7-8 16:22:53

sobereva 发表于 2023-7-5 02:37
不是。关键是你给sobtop载入的mol2文件里连接关系必须正确

我再次检查了sobtop载入磷酸氢根的mol2文件中的连接关系，应该是正确的

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-7-9 19:03:35

照夜清发表于 2023-7-8 16:22
我再次检查了sobtop载入磷酸氢根的mol2文件中的连接关系，应该是正确的

你把1-4项pairs删除了试试。

DwyaneWan · 发表于 Post on 2023-7-31 23:52:40

slxc920113 发表于 2023-7-9 19:03
你把1-4项pairs删除了试试。

大佬你好，我也有遇到类似的情况。我把1-4的pair删去。发现浓度一高，出现了聚集。不知道这个是否合理呢？

xxx1025 · 发表于 Post on 2024-6-24 15:22:09

请问这个问题最后有比较好的解决办法了吗

yxdd98 · 发表于 Post on 2024-6-25 00:23:21

本帖最后由 yxdd98 于 2024-6-25 00:51 编辑

xxx1025 发表于 2024-6-24 15:22
请问这个问题最后有比较好的解决办法了吗

我最近做了一个硫酸分子的模拟，也是分子数多了跑能量最小化显示力很大，达不到收敛限，分子数少了虽然能量最小化能跑通，但一跑动力学就崩溃。
说一下我的解决方法，在用sobtop时，选择键长和键角是基于Hessian矩阵获得，但二面角等是用力场预定义的（好像是对应选项7？），之后就能正常跑起来了，而且观察了下轨迹，硫酸整体四面体维持较好，两个OH也能自由转动。
或者也可以让全部力常数都基于Hessian矩阵获得，但这样就刚性过强，那些氢就不能自由转了

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-6-25 01:31:09

首先这种简单离子的Amber力场参数你搜一下文献就有了，而且专门拟合的不需要自己造轮子

xxx1025 · 发表于 Post on 2024-6-27 10:34:54

yxdd98 发表于 2024-6-25 00:23
我最近做了一个硫酸分子的模拟，也是分子数多了跑能量最小化显示力很大，达不到收敛限，分子数少了虽然能 ...

感谢！我试试~

qiaoy · 发表于 Post on 2024-11-11 16:58:13

yxdd98 发表于 2024-6-25 00:23
我最近做了一个硫酸分子的模拟，也是分子数多了跑能量最小化显示力很大，达不到收敛限，分子数少了虽然能 ...

你好，可以发我一份硫酸根的拓扑文件吗

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[GROMACS] 磷酸氢根离子采取RESP2电荷、用sobtop生成拓扑文件后，能量最小化出错