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[GROMACS] 求助关于动力学中控温的疑问

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本帖最后由 古德猫宁341 于 2023-7-2 20:40 编辑

各位老师好,我在md.mdp文件中设了3个退火点,先将体系从370K降温至360K,然后将温度保持在360K,如图。请问采用这种方式将温度稳定在360K,与单独跑一个360K下的NPT有区别吗(其他设置完全一样)?我采用了前者的方式,发现温度波动非常大。取最后1ns的温度进行平均,发现最后得到的温度与我所设定的温度差了10K左右。请问为什么温度波动会这么大呢?请各位老师指教。

md.mdp (807 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1) md.xvg (1.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

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发表于 Post on 2023-7-3 01:13:48 | 只看该作者 Only view this author
没区别
大概率是热浴的事。尝试更小的tau_t或者berendsen再试。并且对比密度等属性和不用退火时是否吻合
用coulombtype   = cut-off很奇怪,如今跑凝聚相周期性体系基本没人用这个,普遍都用PME
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-3 09:36:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-3 01:13
没区别
大概率是热浴的事。尝试更小的tau_t或者berendsen再试。并且对比密度等属性和不用退火时是否吻合
...

感谢sob老师。您说的是将热浴改为berendsen吗?我一开始理解错了,我将压浴从P-R改为berendsen之后就温度正常了。
因为我现在的体系原子电荷都设为0了,用PME的话gromacs提示说会消耗大量性能,建议我使用cut-off。

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发表于 Post on 2023-7-3 09:41:33 | 只看该作者 Only view this author
古德猫宁341 发表于 2023-7-3 09:36
感谢sob老师。您说的是将热浴改为berendsen吗?我一开始理解错了,我将压浴从P-R改为berendsen之后就温度 ...

我不知道你跑的什么体系,怎么会原子电荷都为0
本来PR压浴不推荐体系达到平衡状态之前使用。既然改了压浴就解决了,就这么用就完了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-3 11:00:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-3 09:41
我不知道你跑的什么体系,怎么会原子电荷都为0
本来PR压浴不推荐体系达到平衡状态之前使用。既然改了压 ...

老师,我模拟的是聚乙烯体系,使用的是TraPPE的联合原子力场,但是它官网的介绍中好像没有提到原子电荷。请问原子电荷全设为0结果误差会很大吗?我看了您写的用Multiwfn计算RESP电荷的帖子,是不是用RESP电荷代替会更好?

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发表于 Post on 2023-7-3 11:05:15 | 只看该作者 Only view this author
古德猫宁341 发表于 2023-7-3 11:00
老师,我模拟的是聚乙烯体系,使用的是TraPPE的联合原子力场,但是它官网的介绍中好像没有提到原子电荷。 ...

可以都当成0,毕竟TraPPE力场就那么定义的
RESP电荷主要适合GAFF力场
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-3 11:17:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-3 11:05
可以都当成0,毕竟TraPPE力场就那么定义的
RESP电荷主要适合GAFF力场

明白了,谢谢sob老师

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