公社群聊Q&A整理：2016.07.30 03 ~ 2016.08.03 07 Concate

liyuanhe211

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1. 2016.07.30 02:19:38
   
2. Q:
   
3.     老师您好，那个为什么rdg的散点图是好的，但是output里面的数据y都是几千的数呢，需要对他二次操作吗
   
4.     [图片]
   
5. 
   
6. A:
   
7.         考察sign(lambda2)rho vs RDG多好，何故考察rho vs RDG
   
8.     每一列是什么含义屏幕上有提示
   
9.     如果要用origin重新作图，按照屏幕的提示干就完了
   
10. 
    
11. Q:
    
12.     为什么得到的数据x都是小于0.002
    
13.     [图片]
    
14. 
    
15. A:
    
16.     要想得到和Multiwfn里一样的sign(lambda2)rho vs RDG的散点图，把坐标轴范围调合适了
    
17.     用导出的数据两列作图，屏幕上提示了
    
18.     一般没必要
    
19. 
    
20. Q:
    
21.     是的，就是得到x范围最大才0.002 感觉有点奇怪
    
22.     我调y也没有用哎
    
23. 
    
24. A:
    
25.     什么乱七八糟的
    
26.     multiwfn作的散点图截个图出来
    
27. 
    
28. Q:
    
29.     [图片]
    
30. 
    
31. A:
    
32.     导出的文本文件传群共享
    
33. 
    
34. Q:
    
35.     嗯嗯 只是在学习阶段啦[emoji]谢谢老师
    
36.     嗯嗯 只是在学习阶段啦谢谢老师
    
37. 
    
38. A:
    
39.         sign(lambda2)rho vs RDG作图过程手册里4.100.1节写得很清楚
    
40.     [图片]
    
41.     甭用excel作图。origin很简单就做出来了
    
42.     调好坐标轴刻度
    
43. 
    
44. Q:
    
45.     额 为什么 老师请指教
    
46.     [表情]
    
47. 
    
48. A:
    
49.     多简单啊，文件往origin里一拽，选择做散点图，x,y选择数据当中的最后两列，调好坐标轴刻度，就完事了
    
50. 
    
51. ----------------------------------------------------
    
52. 2016.07.30 02:51:11
    
53. Q:
    
54.     [图片]
    
55.     百度全家粪桶
    
56. 
    
57. A:
    
58.     百毒
    
59. 
    
60. ----------------------------------------------------
    
61. 2016.07.30 03:09:01
    
62. Q:
    
63.     请问各位老师，gaussian中可以计算不同温度下的键能吗？
    
64. 
    
65. A:
    
66.     用不同温度下热力学数据即可
    
67. 
    
68. Q:
    
69.     请问是用不同温度下的焓值计算解离焓吗？
    
70. 
    
71. A:
    
72.     y
    
73. 
    
74. ----------------------------------------------------
    
75. 2016.07.30 03:39:57
    
76. Q:
    
77.     [图片]请问老师，td-dft/b3lyp
    
78.     优化激发态，出现502错误，优化曲线是这样，可以用maxstep=3，增加泛函积分精度吗[表情]
    
79. 
    
80. A:
    
81.     opt(maxstep=5,gdiis)
    
82.    
    
83.     对普通泛函增加格点精度用处不大，考虑其它的
    
84.     解决SCF不收敛问题的方法
    
85.     http://sobereva.com/61
    
86. 
    
87. ----------------------------------------------------
    
88. 2016.07.30 05:09:23
    
89. Q:
    
90.      请教一个问题， 之前用orca可以直接调用模块把CMO定域化成LMO，然后作图看成键关系，问题是我现在用高斯已经优化好了结构，可不可以直接用multiwfn对轨道做定域化处理，我查了mutilwfn说明书可以做ELF和LOL，这个可以实现相似的功能吗？
    
91. 
    
92. A:
    
93.      轨道定域化和ELF是完全两回事。靠ELF讨论共价作用比靠LMO严格得多。
    
94.     Multiwfn不支持轨道定域化。高斯支持boys定域化以及通过NBO做NLMO轨道定域化
    
95. 
    
96. ----------------------------------------------------
    
97. 2016.07.30 06:35:08
    
98. Q:
    
99.     老师你好，请问Multiwfn输出图片的字体和大小要怎么修改吗？
    
100. 
     
101. A:
     
102.     文字的字体和大小没法改
     
103.     图片大小看手册2.8节
     
104. 
     
105. ----------------------------------------------------
     
106. 2016.07.30 06:53:11
     
107. Q:
     
108.     [图片]这个Eda就是E2？也就是二级微扰稳定化能？ @梦藏秋
     
109.     [图片]
     
110. 
     
111. A:
     
112.     是
     
113. 
     
114. ----------------------------------------------------
     
115. 2016.07.30 06:57:49
     
116. Q:
     
117.     [图片] 看了一篇文献中把用gaussian模拟出的吸收光谱都放到了一张图中，请问这是怎么做到的呢？
     
118. 
     
119. A:
     
120.     用Multiwfn获得各个结构下的光谱，导出成txt文件，放到一起在origin里绘图
     
121. 
     
122. ----------------------------------------------------
     
123. 2016.07.30 07:07:44
     
124. Q:
     
125.      非常感谢，我想看通过轨道变化（各反应物对）看反应过程，所以我如果用ELF也可以是不是？
     
126. 
     
127. A:
     
128.      是，比看轨道严格得多
     
129. 
     
130. Q:
     
131.      我可以按照您这片文章里的步骤，对不对？http://sobereva.com/200
     
132. 
     
133. A:
     
134.     对
     
135. 
     
136. ----------------------------------------------------
     
137. 2016.07.30 07:08:20
     
138. Q:
     
139.     [图片]
     
140.     老师，这个算是什么状态……水分子这种运动正常吗？盒子里显示水分子后跑完了，但它周期性边界的，其实盒子里还是有的是吗？我还是照常提取它的轨迹文件就行了是吗？[emoji]
     
141.     老师，这个算是什么状态……水分子这种运动正常吗？盒子里显示水分子后跑完了，但它周期性边界的，其实盒子里还是有的是吗？我还是照常提取它的轨迹文件就行了是吗？
     
142. 
     
143. A:
     
144.     水还在盒子里
     
145. 
     
146. ----------------------------------------------------
     
147. 2016.07.30 07:09:42
     
148. Q:
     
149.     Merz-Kollman-Singh电荷是？
     
150. 
     
151. A:
     
152.     就是MK电荷
     
153. 
     
154. ----------------------------------------------------
     
155. 2016.07.30 07:21:02
     
156. Q:
     
157.     [图片]
     
158.     高斯手册oniom节中的，这段话是什么意思呀？
     
159. 
     
160. A:
     
161.     就是指QM计算high层的时候用low层的原子电荷以描述low层对high层的静电作用
     
162. 
     
163. Q:
     
164.     embedcharge后不指定原子电荷的话……程序也不会自己加上电荷吧，
     
165. 
     
166. A:
     
167.     不会自己加，默认为0
     
168. 
     
169. Q:
     
170.     也就不会算静电相互作用……
     
171.     嗯嗯
     
172.     但log文件中，QM区的原子电荷即使不指定，程序也会算出来呀。
     
173. 
     
174. A:
     
175.     不一码事
     
176.     QM部分自动算出来mulliken电荷也不会被当成用来算静电作用的原子电荷
     
177. 
     
178. Q:
     
179.     [图片]这句话很重要
     
180.     如果使用机械嵌入的话，是不是QM原子就不用加电荷？
     
181.     程序里可以指定用mulliken电荷和MM区的算静电作用
     
182.     但是电荷太差貌似
     
183.     [图片]
     
184.     是这个关键字？
     
185. 
     
186. A:
     
187.     电子嵌入时若不设定电荷，原理上和力学嵌入是等价的，但计算还是会慢很
     
188. 
     
189. ----------------------------------------------------
     
190. 2016.07.30 07:29:21
     
191. Q:
     
192.     sob老师，请问用PM6做出的过渡态、IRC和B3LYP/6-31G*做出的过渡态、IRC不一致，应相信那个
     
193. 
     
194. A:
     
195.     当然信DFT的
     
196. 
     
197. Q:
     
198.     PM6计算的过渡态，虚频、IRC都可以得到，但用DFT优化的时候，此过渡态都不存在，这算正常对么
     
199. 
     
200. A:
     
201.     DFT如果死活找不到就说明那个PM6找到的过渡态是坑爹的
     
202. 
     
203. ----------------------------------------------------
     
204. 2016.07.30 08:27:57
     
205. Q:
     
206.     计算氧化态和原子电荷是不是并非一回事？有什么计算氧化态的波函数分析方法？
     
207. 
     
208. A:
     
209.     LOBA方法在最新的Multiwfn中支持，见手册4.8.4节的例子
     
210. 
     
211. ----------------------------------------------------
     
212. 2016.07.30 08:29:07
     
213. Q:
     
214.     计算氧化态和原子电荷是不是并非一回事？有什么计算氧化态的波函数分析方法？
     
215. 
     
216. A:
     
217.     不一回事。有一些算氧化态的方法：
     
218.     [图片]
     
219. 
     
220. ----------------------------------------------------
     
221. 2016.07.30 18:15:28
     
222. Q:
     
223.     请问对于GPU加速，GTX960显卡（900MHz），1G显存会不会成为性能瓶颈？
     
224.     非公版的，有很多种
     
225. 
     
226. A:
     
227.      视程序而定，有的要求显存高，有的要求低
     
228. 
     
229. ----------------------------------------------------
     
230. 2016.07.30 18:25:59
     
231. Q:
     
232.      老师您好，用MP2和PBE0 方法做态密度图那个方法更准确啊？
     
233. 
     
234. A:
     
235.      MP2根本就不可能做态密度图，已经脱离了单电子近似
     
236. 
     
237. ----------------------------------------------------
     
238. 2016.07.30 20:32:20
     
239. Q:
     
240.     老师请问一下[图片]这是我的输入文件，请问哪个地方有问题呢，输出文件是错误的
     
241.     [图片]这是输出文件
     
242.     [图片]这个是打开高斯时的错误信息
     
243. 
     
244. A:
     
245.     @   ★snail★ 去掉弥散或者用E.01版
     
246. 
     
247. ----------------------------------------------------
     
248. 2016.07.31 00:57:01
     
249. Q:
     
250.     有人在电场下算过单点么？为什么算单点还是会说不收敛？
     
251.     在gaussian里面
     
252.     [图片]
     
253.     [图片]
     
254.     输入和输出文件
     
255. 
     
256. A:
     
257.      解决SCF不收敛问题的方法
     
258.     http://sobereva.com/61
     
259.     电场越大收敛越难
     
260. 
     
261. ----------------------------------------------------
     
262. 2016.07.31 01:18:21
     
263. Q:
     
264.     [图片]
     
265.     opt的时候，请问这是什么情况
     
266.     [图片]
     
267.     如果放大看，是这个样子的
     
268. 
     
269. A:
     
270.      看结构轨迹来分析
     
271. 
     
272. Q:
     
273.     是在优化可能存在的过渡态，虽然没找到，不过结构轨迹感觉合理，没有太大问题
     
274.     能量跳到0是什么原因呢，不止一次遇到了
     
275. 
     
276. A:
     
277.     仔细看输出文件考查原因
     
278. 
     
279. Q:
     
280.     寻找过渡态的时候，需要做很多尝试，PM6可以很快的找到过渡态和IRC，但是有时它找到的过渡态DFT不承认，如果每次寻找过渡态的时候都用b3lyp/6-31G*的话，就太昂贵了；能否推荐一个实用的DFT寻找过渡态的基组，比如b3lyp/6-21G什么的
     
281.     即：先用一个粗糙的基组，找到一个合理的粗糙的过渡态，之后再用更好的基组优化，这些粗糙的基组可以用哪些？
     
282. 
     
283. A:
     
284.     用混合基组。关键区域不要用比6-31G*更低的
     
285.     6-21G是渣
     
286.     或者把体系简化，截掉无关区域的，找到过渡态后再套回原本体系
     
287. 
     
288. ----------------------------------------------------
     
289. 2016.07.31 01:22:22
     
290. Q:
     
291.     --------Markdown Markdown--------
     
292. 
     
293. A:
     
294.     --------Markdown Markdown--------
     
295.      不用管那个报错
     
296. 
     
297. ----------------------------------------------------
     
298. 2016.07.31 01:22:22
     
299. Q:
     
300.     --------Markdown Markdown--------
     
301. 
     
302. A:
     
303.     --------Markdown Markdown--------
     
304.      非要去凑实验并无意义。完全可以自己把算出来的光谱进行平移来消除系统误差
     
305.     也可以自己用IOp调HF成份
     
306. 
     
307. ----------------------------------------------------
     
308. 2016.07.31 03:27:47
     
309. Q:
     
310.     老师，利用multiwfn做AIM和RDG分析，发现aim得出电子密度和RDG vs sigma（λ2）ρ 中很坐标数值不一样，这是怎么回事？ @冰释之川
     
311. 
     
312. A:
     
313.      没找对对应关系
     
314. 
     
315. ----------------------------------------------------
     
316. 2016.07.31 04:54:45
     
317. Q:
     
318.     我想问问谁知道怎样用高斯输出.wfn格式的文件，谁能教教我啊，我看说明书了，可是我没看懂，关于那个保存路径我没懂，麻烦老师给我说说具体操作行不？
     
319. 
     
320. A:
     
321.     看multiwfn手册第四节开头，示例文件都有
     
322. 
     
323. Q:
     
324.     我是远程提交任务的
     
325.     [图片]
     
326.     这个保存路径我不知道我保存到哪里去了
     
327.     不能照抄照搬吧
     
328. 
     
329. A:
     
330.     你想保存在哪就设哪啊
     
331.     举一反三啊
     
332. 
     
333. Q:
     
334.     我提交任务都不用设置我保存在哪里，然后输出文件就自动出现在我计算所在的文件夹里的
     
335. 
     
336. A:
     
337.     ...
     
338. 
     
339. Q:
     
340.     实话我也不知道我的文件在远程服务器上是什么路径
     
341.     在这里迷糊了很久了
     
342.     就卡在我不知道我的路径该怎么写
     
343.     [表情]
     
344. 
     
345. A:
     
346.     试了会死星人
     
347. 
     
348. Q:
     
349.     上次试了一下，结果错了，服务器都被我弄停了
     
350.     [表情]
     
351. 
     
352. A:
     
353.     索性用.fch文件instead
     
354. 
     
355. Q:
     
356.     我要画color filled map of electeron density
     
357.     看说明书要用.wfn文件
     
358. 
     
359. A:
     
360.     说明书2.5节明确写了该怎么选择输入文件，这里也写明了
     
361.     Multiwfn入门tips
     
362.     http://sobereva.com/167
     
363.     [图片]
     
364. 
     
365. Q:
     
366.     那次我闯祸了被批评了，然后说我把服务器差点弄坏
     
367. 
     
368. A:
     
369.     于是每个用.wfn文件的例子还都得再写一遍改用.molden、.fch、.wfx的情况？
     
370.     年轻人，多google好好学点linux基础
     
371. 
     
372. Q:
     
373.     那我那个任务用.fch也可以画出来是不？
     
374. 
     
375. A:
     
376.     just try
     
377. 
     
378. ----------------------------------------------------
     
379. 2016.07.31 05:45:29
     
380. Q:
     
381.     请问下出现 Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  0.11360531D+03 以及  Warning!!: The smallest alpha delta epsilon is  0.70285974D-01这对结构优化有影响么？
     
382. 
     
383. A:
     
384.     没影响
     
385. 
     
386. ----------------------------------------------------
     
387. 2016.07.31 05:46:30
     
388. Q:
     
389.     各位前辈好！能不能请教一个问题：用B3LYP优化氢转移的中间体，6-31G**只能优化到转移之前的中间体，转移之后的中间体找不到；用6-31G*两个中间体都可以找到，是不是6-31G*结果更可靠？6-31G**结果不对？
     
390. 
     
391. A:
     
392.     没这回事
     
393.     氢转移问题氢必须加极化
     
394.     要想进一步确证就用TZVP，能优化出什么就是什么，前提是优化方式和初猜合适
     
395. 
     
396. Q:
     
397.     前辈您好！B3LYP是不是不能算氢转移的中间体和过渡态？
     
398. 
     
399. A:
     
400.     没这回事
     
401. 
     
402. ----------------------------------------------------
     
403. 2016.07.31 05:58:35
     
404. Q:
     
405.     [图片] 这是怎么回事？我用的是Pop=savenlmos
     
406. 
     
407. A:
     
408.     做NLMO分析时，如果碰上 Highest occupied NBOs are not at the beginning of the NBO list;
     
409.     The NLMO program is not currently set up to handle this.
     
410.     调换输入文件里的原子顺序，以使得占据数最高的NBO涉及到的原子处在最前面。或者用NBO5、6
     
411.     例如，1 1用B3LYP/6-31G*:lanl2dz计算
     
412.     Cu                 0.00000000    0.00000000    0.00000000
     
413.     C                  0.00000000    0.00000000    1.94000000
     
414.     O                  0.00000000    0.00000000    3.05540000
     
415.     提示这个错误，看NBO占据数发现
     
416.     Molecular unit  1  (COCu)
     
417.     1. BD (   1)Cu   1 - C   2          1.99494    -0.77726  38(v),50(g)
     
418.     2. BD (   1) C   2 - O   3          1.99993    -0.7090
     
419.     8
     
420.     3. BD (   2) C   2 - O   3          1.99993    -0.70908
     
421.     4. BD (   3) C   2 - O   3          1.99968    -1.52337  29(g)
     
422.     因此把Cu挪到最后头即可，之后显示
     
423.     1. BD (   1) C   1 - O   2          1.99993    -0.70908
     
424.     2. BD (   2) C   1 - O   2          1.99993    -0.70908
     
425.     3. BD (   3) C   1 - O   2          1.99968    -1.52337  20(g)
     
426.     4. BD (   1) C   1 -Cu   3          1.99494    -0.77726  29(v),49(g)
     
427. 
     
428. ----------------------------------------------------
     
429. 2016.07.31 08:28:40
     
430. Q:
     
431.     热力学校正项可能为负数吗
     
432. 
     
433. A:
     
434.     自由能热校正量可能为负，内能和焓不可能
     
435. 
     
436. Q:
     
437.     ABC络合物的单点能-A单点能-B单点能-C单点能<0
     
438.     （ABC络合物的单点能+吉布斯校正）-（A单点能+吉布斯校正）-（B单点能+吉布斯校正）-（C单点能+吉布斯校正）>0
     
439.     这合理吗
     
440. 
     
441. A:
     
442.     如果ABC已经优化过，且其单点能比起A+B+C低得不是很多，你这种情况挺多见，说明热力学上难以形成三聚体
     
443. 
     
444. ----------------------------------------------------
     
445. 2016.07.31 12:18:44
     
446. Q:
     
447.     话说高斯中用来组装G矩阵不知道用了什么算法，我就算把双电子积分放到内存依然和它差太多太多。
     
448. 
     
449. A:
     
450.     默认是incremental Fock
     
451.     可以比较scf=noincfock的速度
     
452. 
     
453. Q:
     
454.     这是什么算法？
     
455. 
     
456. A:
     
457.     Introduction to Computational Chemistry(2ed,Jensen)里面有介绍
     
458.     每一轮迭代只近似计算Fock矩阵的增量，而不完整构建Fock矩阵，可以有效减少每轮迭代的时间
     
459.     但导致不收敛的概率增加
     
460. 
     
461. ----------------------------------------------------
     
462. 2016.07.31 18:14:46
     
463. Q:
     
464.      Sobereva老师，推荐几个比M06-2X/Def2-TZVP精度更高的方法和基组[表情]，我的体系中有I原子，就在M06-2X/Def2-TZVP的level下优化的，然后想用更高精度的方法算个单点。麻烦您推荐几个[表情][表情]
     
465. 
     
466. A:
     
467.      要想更高就用双杂化。基组当前级别够高了
     
468. 
     
469. ----------------------------------------------------
     
470. 2016.07.31 19:28:24
     
471. Q:
     
472.     各位前辈好！能不能请教一个问题：做NBO计算出现如下错误，请问如何解决？
     
473.     [图片]
     
474.     # m06l/genecp   scrf=(smd,solvent=benzene) pop=nboread
     
475.    
     
476.     alkene_3
     
477.    
     
478.     0 1
     
479.     O    -0.743936   -0.200834    1.157083
     
480.     C     2.957122   -1.907928    0.128193
     
481.     C     0.517746    2.196639   -0.458061
     
482.     C    -0.573124   -3.201760    0.475510
     
483.     H    -1.406576   -2.777594   -0.090333
     
484.     H    -0.785198   -3.038567    1.534492
     
485.     H    -0.569857   -4.285762    0.298923
     
486.     C     2.483046   -1.789833   -1.215785
     
487.     C     0.742235   -2.596945    0.073110
     
488.     C    -1.438081    0.307104    0.147257
     
489.     C     1.111538   -2.207593   -1.244579
     
490.     C     1.868249   -2.384906    0.930252
     
491.     C     2.305384    2.006935    1.138067
     
492.     C     3.042744    2.097665    2.447653
     
493.     H     4.040415    1.654504    2.387713
     
494.     H     2.502616    1.594277    3.257652
     
495.     H
     
496.     # m06l/genecp   scrf=(smd,solvent=benzene) pop=nboread
     
497.    
     
498.     alkene_3
     
499.    
     
500.     0 1
     
501.     O    -0.743936   -0.200834    1.157083
     
502.     C     2.957122   -1.907928    0.128193
     
503.     C     0.517746    2.196639   -0.458061
     
504.     C    -0.573124   -3.201760    0.475510
     
505.     H    -1.406576   -2.777594   -0.090333
     
506.     H    -0.785198   -3.038567    1.534492
     
507.     H    -0.569857   -4.285762    0.298923
     
508.     C     2.483046   -1.789833   -1.215785
     
509.     C     0.742235   -2.596945    0.073110
     
510.     C    -1.438081    0.307104    0.147257
     
511.     C     1.111538   -2.207593   -1.244579
     
512.     C     1.868249   -2.384906    0.930252
     
513.     C     2.305384    2.006935    1.138067
     
514.     C     3.042744    2.097665    2.447653
     
515.     H     4.040415    1.654504    2.387713
     
516.     H     2.502616    1.594277    3.257652
     
517.     H     3.164368    3.144703    2.757128
     
518.     C     1.934596   -2.718926    2.399812
     
519.     H     2.208002   -3.770698    2.558982
     
520.     H     0.973699   -2.557991    2.898995
     
521.     H     2.683939   -2.114638    2.922153
     
522.     C     2.878132    1.833602   -0.143406
     
523.     C    -0.633729    0.855651   -0.856716
     
524.     H    -1.050673    1.094670   -1.828720
     
525.     C     4.386711   -1.777181    0.587039
     
526.     H     4.459962   -1.397988    1.611352
     
527.     H     4.964090   -1.105769   -0.052861
     
528.     H     4.891839   -2.752819    0.570265
     
529.     C     0.881641    2.184196    0.993556
     
530.     C     1.827050    1.838065   -1.120881
     
531.     C     4.348194    1.763349   -0.449824
     
532.     H     4.727390    2.762202   -0.706802
     
533.     H     4.564750    1.116377   -1.304306
     
534.     H     4.932806    1.403028    0.400492
     
535.     C     2.009797    1.925842   -2.613573
     
536.     H     1.996214    2.967409   -2.968375
     
537.     H     1.215436    1.396072   -3.152735
     
538.     H     2.962598    1.494788   -2.933449
     
539.     C    -0.260797    3.409614   -0.984562
     
540.     H    -0.472673    3.319100   -2.054164
     
541.     H     0.335796    4.318195   -0.832626
     
542.     H    -1.212398    3.526306   -0.458325
     
543.     C     3.321327   -1.504246   -2.433347
     
544.     H     4.213950   -0.921428   -2.191691
     
545.     H     2.764080   -0.955582   -3.197716
     
546.     H     3.665591   -2.439832   -2.894798
     
547.     C     0.257523   -2.346807   -2.476498
     
548.     H     0.358815   -3.347562   -2.918143
     
549.     H    -0.801266   -2.192050   -2.251584
     
550.     H     0.536762   -1.622116   -3.246793
     
551.     C    -0.053434    2.674342    2.063550
     
552.     H    -0.156927    3.769646    2.043069
     
553.     H    -1.056593    2.252035    1.943636
     
554.     H     0.296178    2.402321    3.064523
     
555.     C    -2.904483    0.155945    0.160604
     
556.     C    -3.723889    0.763538   -0.803932
     
557.     C    -3.528382   -0.635463    1.148205
     
558.     C    -5.106511    0.584762   -0.806320
     
559.     H    -3.276194    1.395477   -1.564836
     
560.     C    -4.902156   -0.816293    1.160649
     
561.     H    -2.908266   -1.105556    1.903255
     
562.     C    -5.704623   -0.211647    0.179832
     
563.     H    -5.703472    1.071133   -1.568966
     
564.     H    -5.384610   -1.425447    1.918515
     
565.     O    -7.043983   -0.455575    0.275147
     
566.     C    -7.902862    0.119850   -0.695474
     
567.     H    -8.911891   -0.205165   -0.436656
     
568.     H    -7.861667    1.216680   -0.675236
     
569.     H    -7.661170   -0.227745   -1.708391
     
570.     Zr    1.205443   -0.052719    0.228163
     
571.    
     
572.     Zr 0
     
573.     sdd
     
574.     ****
     
575.     C H O 0
     
576.     6-311++G**
     
577.     ****
     
578.    
     
579.     Zr 0
     
580.     sdd
     
581.    
     
582.     $NBO BNDIDX NLMO $END
     
583.     3.164368    3.144703    2.757128
     
584.     C     1.934596   -2.718926    2.399812
     
585.     H     2.208002   -3.770698    2.558982
     
586.     H     0.973699   -2.557991    2.898995
     
587.     H     2.683939   -2.114638    2.922153
     
588.     C     2.878132    1.833602   -0.143406
     
589.     C    -0.633729    0.855651   -0.856716
     
590.     H    -1.050673    1.094670   -1.828720
     
591.     C     4.386711   -1.777181    0.587039
     
592.     H     4.459962   -1.397988    1.611352
     
593.     H     4.964090   -1.105769   -0.052861
     
594.     H     4.891839   -2.752819    0.570265
     
595.     C     0.881641    2.184196    0.993556
     
596.     C     1.827050    1.838065   -1.120881
     
597.     C     4.348194    1.763349   -0.449824
     
598.     H     4.727390    2.762202   -0.706802
     
599.     H     4.564750    1.116377   -1.304306
     
600.     H     4.932806    1.403028    0.400492
     
601.     C
     
602.     2.009797    1.925842   -2.613573
     
603.     H     1.996214    2.967409   -2.968375
     
604.     H     1.215436    1.396072   -3.152735
     
605.     H     2.962598    1.494788   -2.933449
     
606.     C    -0.260797    3.409614   -0.984562
     
607.     H    -0.472673    3.319100   -2.054164
     
608.     H     0.335796    4.318195   -0.832626
     
609.     H    -1.212398    3.526306   -0.458325
     
610.     C     3.321327   -1.504246   -2.433347
     
611.     H     4.213950   -0.921428   -2.191691
     
612.     H     2.764080   -0.955582   -3.197716
     
613.     H     3.665591   -2.439832   -2.894798
     
614.     C     0.257523   -2.346807   -2.476498
     
615.     H     0.358815   -3.347562   -2.918143
     
616.     H    -0.801266   -2.192050   -2.251584
     
617.     H     0.536762   -1.622116   -3.246793
     
618.     C    -0.053434    2.674342    2.063550
     
619.     H    -0.156927    3.769646    2.043069
     
620.    
     
621.     H    -1.056593    2.252035    1.943636
     
622.     H     0.296178    2.402321    3.064523
     
623.     C    -2.904483    0.155945    0.160604
     
624.     C    -3.723889    0.763538   -0.803932
     
625.     C    -3.528382   -0.635463    1.148205
     
626.     C    -5.106511    0.584762   -0.806320
     
627.     H    -3.276194    1.395477   -1.564836
     
628.     C    -4.902156   -0.816293    1.160649
     
629.     H    -2.908266   -1.105556    1.903255
     
630.     C    -5.704623   -0.211647    0.179832
     
631.     H    -5.703472    1.071133   -1.568966
     
632.     H    -5.384610   -1.425447    1.918515
     
633.     O    -7.043983   -0.455575    0.275147
     
634.     C    -7.902862    0.119850   -0.695474
     
635.     H    -8.911891   -0.205165   -0.436656
     
636.     H    -7.861667    1.216680   -0.675236
     
637.     H    -7.661170   -0.227745   -1.708391
     
638.     Zr    1.205443   -0.052719    0.228
     
639.     163
     
640.    
     
641.     Zr 0
     
642.     sdd
     
643.     ****
     
644.     C H O 0
     
645.     6-311++G**
     
646.     ****
     
647.    
     
648.     Zr 0
     
649.     sdd
     
650.    
     
651.     $NBO BNDIDX NLMO $END
     
652.     各位前辈好！能不能请教一个问题：计算NBO出现L607错误，如下信息
     
653.     [图片]
     
654. 
     
655. A:
     
656.      贴关键词
     
657. 
     
658. Q:
     
659.     # 5d 7f
     
660.     # m06l/6-311++g**  scrf=(smd,solvent=benzene) pop=nboread
     
661.    
     
662.     alkene_3
     
663.    
     
664.     0 1
     
665.     C    -2.612066    2.042663   -0.301584
     
666.     C    -1.343607    2.507869   -0.719071
     
667.     C    -0.426589    2.326352    0.361550
     
668.     C    -1.139052    1.759080    1.457928
     
669.     C    -2.495515    1.584673    1.048303
     
670.    
     
671.     $NBO BNDIDX NLMO $END
     
672. 
     
673. A:
     
674.      去掉弥散
     
675.     甭没事老加弥散，这里专门批了
     
676.     谈谈量子化学中基组的选择
     
677.     http://sobereva.com/336
     
678. 
     
679. Q:
     
680.     sob前辈您好！我的nbo是在溶剂中算的，所以用的基组和溶剂中单点一致，在溶剂中计算nbo不加弥散可以吗？
     
681. 
     
682. A:
     
683.     可以不加
     
684.     弥散对NBO的影响几乎为0
     
685.        
     
686. ----------------------------------------------------
     
687. 2016.07.31 23:31:40
     
688. Q:
     
689.     请问一下IEF-PCM和SMD两种模型，用那个能量会更准确一点呢？[表情]
     
690. 
     
691. A:
     
692.     谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
     
693.     http://sobereva.com/327
     
694. 
     
695. Q:
     
696.     老师，我想问一下，我一个体系都是用IEF-PCM，后面发现文献是用SMD模型，我能不能用IEF-PCM算出结构，用SMD算能量呢。
     
697. 
     
698. A:
     
699.     可以
     
700. 
     
701. ----------------------------------------------------
     
702. 2016.08.01 00:27:08
     
703. Q:
     
704.     老师，我想问一下，SDD和lanl2dz基组，对能量的影响大吗？
     
705.     就是选用哪种基组更好呢？
     
706. 
     
707. A:
     
708.     显然SDD比lanl2DZ强
     
709. 
     
710. ----------------------------------------------------
     
711. 2016.08.01 01:23:50
     
712. Q:
     
713.     请问，使用 oniom(b3lyp/6-31g(d):amber=hardfirst)=mk 这样的关键词，并且分子说明中QM原子不定义电荷，那么gaussian程序是使用QM区 b3lyp/6-31g(d) 计算生成的mulliken电荷来 计算 MM区（MM区原子电荷在分子说明中定义）与QM之间的静电相互作用（极化嵌入）吗？
     
714. 
     
715. A:
     
716.      不是。而且MK和mulliken电荷完全是两回事
     
717. 
     
718. ----------------------------------------------------
     
719. 2016.08.01 04:20:54
     
720. Q:
     
721.     算氢键相互作用，体系含有, Pb, I, H2O等，
     
722.     已经用b3lyp/def2-tzvp跑一遍了，进一步工作用下面的方法是否适合？
     
723.     b3lyp/def2-tzvpd empiricaldispersion=gd3
     
724.     其中的 def2-tzvpd是否需要改为 def2-tzvppd ?
     
725.     谢谢！
     
726.     体系含有阴离子和阳离子。
     
727. 
     
728. A:
     
729.      阴离子用ma-def2-TZVP
     
730.     色散校正可以那么加
     
731. 
     
732. Q:
     
733.     谢谢！ 看到了。这个基组是相对比较小是吗？The ma-TZVP basis set is the def2-TZVP basis set with the s and p diffuse basis functions on non-hydrogenic atoms. The "ma" stands for "minimally augumented".
     
734. 
     
735. A:
     
736.     倒也不是比较小，只是说是个在def2-TZVP上加弥散的比较普适的做法
     
737.     而def2-TZVPD的弥散函数是转为极化率计算优化的，虽然用在其它需要弥散函数的情形也能用，但终究有点偏向性
     
738.        
     
739. ----------------------------------------------------
     
740. 2016.08.01 05:41:02
     
741. Q:
     
742.     the most negative surface electrostatic potential and the lowest surface average local ionization energy,最小表面静电势和最小表面局域离子化能，想要这两个参数的计算公式，还是只能给出表面静电势和局域离子化能的计算公式呢，刚刚看了手册，不知道该用哪一个，请老师指教@Sobereva
     
743. 
     
744. A:
     
745.     手册里有静电势和ALIE的公式
     
746.     表面上找它们的最小值显然用不着什么额外的公式
     
747. 
     
748. Q:
     
749.     老师，手册里给出了好几个，有总的，核的电子的，应该用总的吗
     
750.     而且，这些公式里面的参数又要其他的公式，我需要全部给出，还是只给一个总的？
     
751. 
     
752. A:
     
753.      当然用总的
     
754.     那些最基本的，比如rho，是个搞计算的人就知道怎么算，列出无用
     
755. 
     
756. ----------------------------------------------------
     
757. 2016.08.01 05:50:51
     
758. Q:
     
759.     sob，请问一下，我做fragment molecular orbital analysis and the charge decomposition analysis ，把一个结构分解成金属中心和底物两个片段，我这样用HOMO和 LUMO来描述合适吗？（图中左右分别是两个片段）
     
760.     [图片]
     
761.     感觉用HOMO 和LUMO 描述有点牵强，毕竟这两个片段是没有优化的结构。不算是一个分子。
     
762. 
     
763. A:
     
764.     可以
     
765. 
     
766. ----------------------------------------------------
     
767. 2016.08.01 17:37:28
     
768. Q:
     
769.     请问下大家，在计算TD的时候，direct关键词是有什么作用？
     
770. 
     
771. A:
     
772.      没用，默认就是
     
773. 
     
774. ----------------------------------------------------
     
775. 2016.08.01 17:54:05
     
776. Q:
     
777.     各位老师，请问高斯可以做聚合物热分解的仿真吗？可以的话使用周期性建模还是直接多画几个单元？
     
778. 
     
779. A:
     
780.      多个单元。
     
781.     或许能做，但必须自己设计分解路径算一步步的TS，或者做AIMD考察
     
782. 
     
783. ----------------------------------------------------
     
784. 2016.08.01 18:06:06
     
785. Q:
     
786.      老师：1、对于寻找液相反应（比如极性分子反应）过渡态 采用什么级别的隐式模型都是可以的吗？那么相应的溶剂半径选择呢？计算反应活化能时，为计算准确，是否一定要采用M05-2X/6-31G*/smd来计算？2、采用隐式+显式在Gaussian中的实现，是否就是在反应主体周围加上一定个数的水分子，再结合隐式溶剂模型？加的位置和个数有什么判段标准呢？ 谢谢！
     
787. 
     
788. A:
     
789.      就用SMD，半径用它默认的。
     
790.     溶解自由能那部分应当在那个级别来计算
     
791.     若无特殊必要甭用显式水，否则加在什么位置、朝向如何等等不好确定。
     
792. 
     
793. ----------------------------------------------------
     
794. 2016.08.01 18:21:31
     
795. Q:
     
796.     咨询一下，这个g09E比这个D，主要提升的有哪一块？计算激发态频率，有提升吗？谢谢
     
797. 
     
798. A:
     
799.      性能没任何提升。改进在官网上都写着，release note里
     
800. 
     
801. ----------------------------------------------------
     
802. 2016.08.01 18:28:53
     
803. Q:
     
804.     各位老师：[图片]
     
805.     我的图的说明：NBO isosurface (0.04) (a) Slp → σ*S−Cl, (b) back donation Slp → σ*S−Cl ，这句话准确吗？没见过类似的文献。
     
806.     用卢天老师的Multiwfn和VMD结合在一起画的
     
807. 
     
808. A:
     
809.      也没什么问题。但donation是相互的，也没有明确谁是给体谁是受体，back可以不说
     
810. 
     
811. ----------------------------------------------------
     
812. 2016.08.01 18:42:36
     
813. Q:
     
814.     老师，我现在用B3LYP/6-311G**做的结构优化，想用高精度的方法或者基组做解离能计算，能不能推荐一下？我用B3LYP/aug-cc-pVTZ做单点可以提高精度吗？@Sobereva
     
815. 
     
816. A:
     
817.      aug-cc-pVTZ给DFT纯粹是浪费时间
     
818.     提升基组算单点看具体是什么体系，一般def2-TZVP足矣，看此文
     
819.     谈谈量子化学中基组的选择
     
820.     http://sobereva.com/336
     
821.     弥散能不加就不加
     
822.    
     
823.     方法可以用双杂化泛函，高斯里诸如B2PLYP-D3，如果是ORCA建议PWPB95-D3
     
824. 
     
825. ----------------------------------------------------
     
826. 2016.08.01 19:02:01
     
827. Q:
     
828.      老师你好，结合VMD画静电势图的时候，[图片]这个中间的模型选择用的棍棒模型，能否选择其中一个原子显示为球形呢？比如我需要将图中的三个氧原子换成球形，在VMD中应该如何操作？非常感谢老师
     
829. 
     
830. A:
     
831.      新建个representation，selected atoms里输入比如serial 2 5就选中2 5原子了，然后再改显示方式
     
832.      新建个representation，selected atoms里输入比如serial 2 5就选中2 5原子了，然后再改显示方式
     
833. 
     
834. ----------------------------------------------------
     
835. 2016.08.01 19:13:12
     
836. Q:
     
837.     计算pop=npa费时间吗？
     
838. 
     
839. A:
     
840.      耗时相对于SCF过程几乎为0
     
841. 
     
842. ----------------------------------------------------
     
843. 2016.08.01 20:51:28
     
844. Q:
     
845.     请问可以下载ORCA的网址是？
     
846.     ORCA论坛网址是？
     
847.     老师，我再思想家公社下载了ORCA，windows版本的，解压后电极orca.exe无法运行，请问是为什么呢？
     
848. 
     
849. A:
     
850.      最基本的用法这里都说了：大体系弱相互作用计算的解决之道
     
851.     http://sobereva.com/214
     
852. 
     
853. ----------------------------------------------------
     
854. 2016.08.01 23:30:42
     
855. Q:
     
856.     老师，为什么优化pi-pi堆积的时候，用的Pople基组，一加弥散函数，算到后来就会报错，无论是用b3lyp-d3还是m062x-d3,还是ωb97xd都是如此，只要把弥散函数去掉就不会出错。Gaussian版本是09D.01。计算的体系是两个咔咗的共轭体系
     
857. 
     
858. A:
     
859.      看报错提示
     
860.     SCF不收敛的话按此文解决
     
861.     解决SCF不收敛问题的方法
     
862.     http://sobereva.com/61
     
863. 
     
864. ----------------------------------------------------
     
865. 2016.08.02 01:37:42
     
866. Q:
     
867.     请问，如果只输出最外面几条轨道的话，参数是什么。谢谢
     
868. 
     
869. A:
     
870.      如果要组合系数，Gaussian的话，要最接近HOMO、LUMO的几条轨道用pop=reg
     
871. 
     
872. ----------------------------------------------------
     
873. 2016.08.02 02:32:29
     
874. Q:
     
875.     sob老师，我用orca做计算，windows系统下载cmd中运行 orca aa.inp，运行不了，请问是为啥
     
876.     C:\Users\PN>orca aa.inp
     
877.    
     
878.     *****************
     
879.     * O   R   C   A *
     
880.     *****************
     
881.    
     
882.     --- An Ab Initio, DFT and Semiempirical electronic structure package ---
     
883.    
     
884.     #######################################################
     
885.     #                        -***-                        #
     
886.     #  Department of molecular theory and spectroscopy    #
     
887.     #              Directorship: Frank Neese              #
     
888.     # Max Planck Institute for Chemical Energy Conversion #
     
889.     #                  D-45470 Muelheim/Ruhr
     
890.     #
     
891.     #                       Germany                       #
     
892.     #                                                     #
     
893.     #                  All rights reserved                #
     
894.     #                        -***-                        #
     
895.     #######################################################
     
896.    
     
897.    
     
898.     Program Version 3.0.3 -  RELEASE  -
     
899.    
     
900.    
     
901.     With contributions from (in alphabetic order):
     
902.     Ute Becker             : Parallelization
     
903.     Dmytro Bykov           : SCF Hessian
     
904.     Dmitry Ganyushin       : Spin-Orbit,Spin-Spin,Magnetic field MRCI
     
905.     Andreas Hansen         : Spin unrestricted coupled
     
906.     pair/coupled cluster methods
     
907.     Dimitrios Liakos       : Extrapolation schemes; parallel MDCI
     
908.     Robert Izsak           : Overlap fitted RIJCOSX, COSX-SCS-MP3
     
909.     Christian Kollmar      : KDIIS, OOCD, Brueckner-CCSD(T), CCSD density
     
910.     Simone Kossmann        : Meta GGA functionals, TD-DFT gradient, OOMP2, MP2 Hessian
     
911.     Taras Petrenko         : DFT Hessian,TD-DFT gradient, ASA and ECA modules, normal mode analysis, Resonance Raman, ABS, FL, XAS/XES, NRVS
     
912.     Christoph Reimann      : Effective Core Potentials
     
913.     Michael Roemelt        : Restricted open shell CIS
     
914.     Christoph Riplinger    : Improved optimizer, TS searches, QM/MM, DLPNO-CCSD
     
915.     Barbara Sandhoefer     : DKH picture change effects
     
916.    
     
917.     Igor Schapiro          : Molecular dynamics
     
918.     Kantharuban Sivalingam : CASSCF convergence, NEVPT2
     
919.     Boris Wezisla          : Elementary symmetry handling
     
920.     Frank Wennmohs         : Technical directorship
     
921.    
     
922.    
     
923.     We gratefully acknowledge several colleagues who have allowed us to
     
924.     interface, adapt or use parts of their codes:
     
925.     Stefan Grimme, W. Hujo, H. Kruse, T. Risthaus : VdW corrections, initial TS optimization,
     
926.     DFT functionals, gCP
     
927.     Ed Valeev                                     : LibInt (2-el integral package), F12 methods
     
928.     Garnet Chan, S. Sharma, R. Olivares           : DMRG
     
929.     Ulf Ekstrom                                   : XCF
     
930.     un DFT Library
     
931.     Mihaly Kallay                                 : mrcc  (arbitrary order and MRCC methods)
     
932.     Andreas Klamt, Michael Diedenhofen            : otool_cosmo (COSMO solvation model)
     
933.     Frank Weinhold                                : gennbo (NPA and NBO analysis)
     
934.     Christopher J. Cramer and Donald G. Truhlar   : smd solvation model
     
935.    
     
936.    
     
937.     Your calculation uses the libint2 library for the computation of 2-el integrals
     
938.     For citations please refer to: http://libint.valeyev.net
     
939.    
     
940.     This ORCA versions uses:
     
941.     CBLAS   interface :  Fast vector & matrix operations
     
942.     LAPACKE interface :  Fast linear algebra routines
     
943.    
     
944.    
     
945.     Cannot open input file: aa.inp
     
946.     Cannot open input file: aa.inp
     
947.     C:\Users\PN>orca aa.inp
     
948. 
     
949. A:
     
950.      大抵aa.inp不在C:\Users\PN里
     
951. 
     
952. ----------------------------------------------------
     
953. 2016.08.02 03:39:15
     
954. Q:
     
955.     请问老师，molpro运行时出现“13858.767 MB (compressed) written to integral file ( 42.7%)”这个错误应该如何处理啊
     
956. 
     
957. A:
     
958.      谁说这是错误？
     
959. 
     
960. ----------------------------------------------------
     
961. 2016.08.02 04:06:59
     
962. Q:
     
963.     需要用气象的结构，再加溶剂化能。因为自由能矫正都是在气象中才有意义
     
964. 
     
965. A:
     
966.      仔细看此文，了解溶剂下体系自由能是怎么算的
     
967.     谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
     
968.     http://sobereva.com/327
     
969.    
     
970.      仔细看此文，了解溶剂下体系自由能是怎么算的
     
971.     谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
     
972.     http://sobereva.com/327
     
973. 
     
974. ----------------------------------------------------
     
975. 2016.08.02 04:18:33
     
976. Q:
     
977.     请问wfn文件里的轨道占据数在把primitives组合成轨道的时候用得到吗？为啥自己组合出来的轨道都偏胖呢....
     
978. 
     
979. A:
     
980.      不用。计算轨道波函数和占据数无关，牵扯到算具体性质的时候才用得到占据数。
     
981. 
     
982. ----------------------------------------------------
     
983. 2016.08.02 05:09:46
     
984. Q:
     
985.     这个群没有管理员，受累了！
     
986.     找几个群管理吧
     
987. 
     
988. A:
     
989.      验证消息发一次就完了，不要发好N次，不可能管理员24小时都在屏幕前随时可以审核
     
990.     管理员只能有一个
     
991. 
     
992. ----------------------------------------------------
     
993. 2016.08.02 05:29:44
     
994. Q:
     
995.     老师，我用linux的dushin计算外重组能，用的是Linux计算出来的.log文件，用的泛函分别是pbe38和pbepbe，结果都出现这样的错误[图片][图片]，但我用balyp测试的时候是可以的，这是什么原因呢
     
996.     是内重组能，不好意思，打错了
     
997.     老师的例子.out可以运行，但fchk没法运行
     
998.     您指的这个初始化模块错误怎么解决呢
     
999. 
     
1000. A:
      
1001.     一点点试，先算博文的例子，能跑之后再逐渐加上scrf、加上IOp用自己设的泛函
      
1002.     死活不行就自己读代码改代码，还没辙就联系作者
      
1003. 
      
1004. Q:
      
1005.     好的，谢谢老师，我测试了博文的例子，结果是这样的：B3lyp加scrf是没问题的，我只换了一下泛函就失败了，我看了它的原始文章，用的是b3lyp,是不是因为不支持其他泛函的原因，所以失败
      
1006. 
      
1007. A:
      
1008.     你先换个其它自带的泛函诸如PBE1PBE
      
1009. 
      
1010. Q:
      
1011.     老师，您所说的自带的泛函是指高斯自带的泛函还是dushin所带泛函
      
1012. 
      
1013. A:
      
1014.     dushin根本没有自带泛函
      
1015. 
      
1016. ----------------------------------------------------
      
1017. 2016.08.02 05:37:34
      
1018. Q:
      
1019.     [图片]谢谢老师，是用这些表达式吗？
      
1020.     忽略掉前面的归一化系数
      
1021. 
      
1022. A:
      
1023.     归一化系数已经体现在.wfn的组合系数里了
      
1024.     建议看看此文
      
1025.     利用wfn文件计算电子密度的代码的编写方法
      
1026.     http://sobereva.com/182
      
1027.     高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及转换方法
      
1028.     http://sobereva.com/55
      
1029. 
      
1030. Q:
      
1031.     恩，我是直接乘了各个primitive的展开系数，没再计算一遍归一化系数。但是画出来还偏胖。形状是对的，细节有点差。我再看看[表情]
      
1032. 
      
1033. A:
      
1034.     顶多也就是稍微改改源码的事，easy
      
1035. 
      
1036. ----------------------------------------------------
      
1037. 2016.08.02 06:02:03
      
1038. Q:
      
1039.      老师，我用的B3LYP/gen （6-311+g(d,p)对CHON等元素，ECP对金属Fe） 对我的体系做溶解自由能计算，按照老师博客文章的方法，就是用加了scrf的单点能减去不加scrf的单点能，我的溶解自由能大多数情况下都是合理的，但是对于有几个高自旋态的结构算出来的结果很离谱，请问这种情况下我该怎么办？要用# M052X/6-31G* 重新算吗？
      
1040.     [图片]在五重态的结构下的溶解自由能和正常值差别太大了
      
1041. 
      
1042. A:
      
1043.     靠SMD算溶解自由能当然要用M052X/6-31G*，这不是几重态的事，不管几重态，拿那个基组算出来的误差都要比6-31G*更大
      
1044. 
      
1045. Q:
      
1046.     好的好的，那我就用M052X/6-31G*把所有的溶解自由能再重新计算一遍
      
1047.      再用M052X/6-31G*算溶解自由能的时候，我可不可以同时加关键字GD3算一下diffusion  energy
      
1048. 
      
1049. A:
      
1050.     毫无意义
      
1051. 
      
1052. Q:
      
1053.     为什么呢？因为MX05 本身就包括了这个能量吗？
      
1054. 
      
1055. A:
      
1056.      两个结构都一样，校正能因此也一样，相减就抵消了
      
1057. 
      
1058. ----------------------------------------------------
      
1059. 2016.08.02 06:02:26
      
1060. Q:
      
1061.     fortran的语句一时半会还有点看不太明白，但是感觉我的计算过程跟这个是一样的
      
1062.     [图片]
      
1063.     [图片]
      
1064.     还想问一下老师，选box和划分格点的时候有什么特别需要注意的吗？我把盒子扩大到原子坐标上下限以外6A范围。遵循你博文里讲的cube的格式，格点都是等距划分的。其他有什么特别需要注意的吗？
      
1065. 
      
1066. A:
      
1067.     没什么注意的
      
1068. 
      
1069. ----------------------------------------------------
      
1070. 2016.08.02 06:14:52
      
1071. Q:
      
1072.     老师，我用molpro、turbomole和高斯计算同一化合物的单点能，ccsd(t)/aug-cc-pVTZ,高斯和molpro得到的能量一致，turbomole确不一样，有没有这个可能啊？
      
1073. 
      
1074. A:
      
1075.     先对比HF能量是否一样。如果一样，可能冻核设定不同所致
      
1076. 
      
1077. ----------------------------------------------------
      
1078. 2016.08.02 06:19:36
      
1079. Q:
      
1080.     [图片]，请教这两类熵怎么计算？
      
1081.      老师， 那我该如何计算校正能？重新用DFT-GD3优化我的结构吗？
      
1082. 
      
1083. A:
      
1084.     校正能就是指DFT-D3色散校正
      
1085.     仅依赖于几何结构
      
1086.     算溶解自由能的时候用的都是之前已经优化完的结构，气相和液相下结构相同，显然求差获得溶解自由能的时候根本没D3色散校正的事
      
1087.     改改Multiwfn代码，增加一个新的自定义函数就能算，看手册2.7节的说明
      
1088. 
      
1089. ----------------------------------------------------
      
1090. 2016.08.02 19:34:26
      
1091. Q:
      
1092.      老师您好！我用multiwfn主功能的3，画图和输出数据时发现输出的数据里有五列，前三列为坐标，第五列为ESP值（我算的是静电势），那么第四列数据代表什么呢？而且发现画图的时候好像用的是第四列数据作为横坐标。还有，第五列的ESP数据为什么都为正值呢？应该有负值才对吧?这里计算一条线上的ESP和计算平面的ESP有不一样的地方吗？不明白什么意思，看了手册也没有说明。还是得请教老师您了，谢谢老师！
      
1093.     [图片]
      
1094. 
      
1095. A:
      
1096.      每一列是什么含义屏幕上都有提示
      
1097.    
      
1098.     离原子核较近的区域静电势必然都是正值，外围才可能有负值
      
1099. 
      
1100. ----------------------------------------------------
      
1101. 2016.08.02 21:33:00
      
1102. Q:
      
1103.      之前计算有关带有I原子的体系，您建议I元素用LANL08d基组，我现在想将体系扩展，比较其他卤素的效应，那么Cl和Br也有LANL08d基组基组可用，但是F没有，如果F用其他基组，结果是否有可比性？
      
1104.     我现在在考虑一个问题：要么考虑F，同意用def2-TZVP，要么干脆不考虑F，只比较Cl,Br和I
      
1105.     意思是：相对于LANL08d，你更推荐def2-TZVP？
      
1106.     那我就考虑F, Cl,Br,I，统一用def2-TZVP
      
1107.     我要做的是优化结构，吸收光谱和你所擅长的超极化率
      
1108.     上次忘了，def2-TZVP和def2-TZVPD在高斯里是有第一的还是没有？
      
1109. 
      
1110. A:
      
1111.      几何优化def2-SVP，单点计算def2-TZVP。都统一起来省事
      
1112. 
      
1113. ----------------------------------------------------
      
1114. 2016.08.02 21:55:40
      
1115. Q:
      
1116.     金属氧化物与小分子反应，200个原子左右，用什么计算方法好?
      
1117.     能算反应机理，过渡态吗？
      
1118.     oniom比如需要研究跨越较大尺寸的电荷转移怎么办?
      
1119. 
      
1120. A:
      
1121.      如果体系无论如何也简化不了，ONIOM对当前问题用着又很别扭，要么用混合基组，要么用半经验
      
1122. 
      
1123. ----------------------------------------------------
      
1124. 2016.08.02 22:57:51
      
1125. Q:
      
1126.     请问，gamess有官方的讨论论坛，或者技术支持信箱么？
      
1127. 
      
1128. A:
      
1129.      http://groups.google.com/group/gamess
      
1130. 
      
1131. Q:
      
1132.     [表情]非常感谢。提交gamess的多个SCF进程一起读取电子积分，就都卡住了。比单个进程速度慢了10倍左右。这个有办法解决么？（direct做，进程之间彼此就不打架了，但是暂时不能用。 ）
      
1133.     @Sobereva
      
1134. 
      
1135. A:
      
1136.     应该没办法
      
1137. 
      
1138. Q:
      
1139.     好的。就算是往内存上写，进程之间也会卡在输入输出吧？
      
1140. 
      
1141. A:
      
1142.     也会有资源竞争，毕竟内存带宽有限，但比读写硬盘好得多得多得多
      
1143. 
      
1144. ----------------------------------------------------
      
1145. 2016.08.02 23:06:37
      
1146. Q:
      
1147.     各位老师好，请问MS可以计算生成热吗？
      
1148.     用哪个模块算呢？
      
1149. 
      
1150. A:
      
1151.      要说清楚是什么体系
      
1152. 
      
1153. ----------------------------------------------------
      
1154. 2016.08.03 00:09:28
      
1155. Q:
      
1156.     大家好，有人用vasp 算过constrained md吗？
      
1157. 
      
1158. A:
      
1159.     完全不一回事
      
1160. 
      
1161. ----------------------------------------------------
      
1162. 2016.08.03 00:17:01
      
1163. Q:
      
1164.     sob前辈您好！能问一下： the advice about building my own reaction coordinate from the displacement of the animated vibration in GView, rather than using IRC (very flat landscape around the TS) has worked!这句话对吗？
      
1165. 
      
1166. A:
      
1167.     根据虚频方向，只能获得IRC最开始的那个点
      
1168.     所以明显不对
      
1169. 
      
1170. ----------------------------------------------------
      
1171. 2016.08.03 00:58:02
      
1172. Q:
      
1173.     各位老师：变形密度差：某个体系的密度减去组成它的各个原子在自由状态下的密度。例如AB作用，用ＡＢ的－Ａ的－Ｂ的。如何保证坐标一致。这不同于片段间的。
      
1174. 
      
1175. A:
      
1176.     直接用multiwfn做变形密度图，自动就保证了这一点
      
1177. 
      
1178. Q:
      
1179.      ，哪个版本都能实现，对吗，老师
      
1180. 
      
1181. A:
      
1182.     对
      
1183. 
      
1184. ----------------------------------------------------
      
1185. 2016.08.03 01:11:52
      
1186. Q:
      
1187.      老师，我是看的输出的line.txt文件里的数据，它就是五列，而屏幕上并没有提示。
      
1188. 
      
1189. A:
      
1190.     [图片]
      
1191.     怎么没提示
      
1192. 
      
1193. ----------------------------------------------------
      
1194. 2016.08.03 01:18:57
      
1195. Q:
      
1196.      如果计算分子的吸收光谱和超极化率，卤素原子用def2-TZVP，其余都是CHON，用6-311G*,这样可以吧
      
1197. 
      
1198. A:
      
1199.     超极化率用这个当然不行
      
1200. 
      
1201. ----------------------------------------------------
      
1202. 2016.08.03 03:36:00
      
1203. Q:
      
1204.     sob老师您好，请教您用Multiwfn可以分析一个团簇中两个不相邻原子间的排斥作用大小吗？@Sobereva
      
1205. 
      
1206. A:
      
1207.     Multiwfn中靠RDG可以图形化表示
      
1208.     如果定量考察，用IQA方法，AIMALL可以做，不过耗时很高。Mayer能量分解也可以考虑使用。另外NBO支持steric分析也可以尝试。
      
1209. 
      
1210. ----------------------------------------------------
      
1211. 2016.08.03 05:24:22
      
1212. Q:
      
1213.      大神，您好！我现在用gamess-us做EDA，用blyp-d3/maug-cc-pvtz，但计算量太大；想改用blyp-d3/def2-QZVP基组（这一基组也是grimme拟合d3的基组），1）但这个基组和6-311++G(d,p)相比，不知道谁计算量更大？2）用这个基组做d3能量分解是不是最佳选择？谢谢！
      
1214. 
      
1215. A:
      
1216.     显然def2-QZVP大，大得多得多
      
1217.     你这个绝对算不动，比maug-cc-pVTZ更耗时
      
1218. 
      
1219. Q:
      
1220.     那我改成def2-tzvp来算？
      
1221. 
      
1222. A:
      
1223.     相对来说好点。如果还算不动，其实6-311+G**就够了
      
1224. 
      
1225. Q:
      
1226.     1）在条件许可的情况下，还是希望基组大一点，EDA最后结果也的确好一点。2)那maug-cc-pvtz再减小，也只能是变成maug-cc-pvdz了？
      
1227.     3）如果EDA能引入RI方法，就能解决上述问题了
      
1228.     Morokuma的方法大基组可能不稳定
      
1229.     --------我的看法恰好相反
      
1230. 
      
1231. A:
      
1232.      恩
      
1233.     不过与其用那个还不如6-311+G**。起码这是3-zeta
      
1234. 
      
1235. Q:
      
1236.      谢谢！那您认为blyp-d3/6-311++G**和blyp-d3/TZVP，blyp-d3/TZVP哪一个更好呢？
      
1237.      我用的是GKS-EDA，感觉小一点的基组，scf尽管收敛了，EDA也正常结束了，但结果明显不对；大一点的基组，则还没有出现这种情况
      
1238. 
      
1239. A:
      
1240.     前者。不过氢用不着弥散
      
1241. 
      
1242. ----------------------------------------------------
      
1243. 2016.08.03 06:58:39
      
1244. Q:
      
1245.     请问一下，谁会用amber软件？通过amber软件生成的参数文件和结构文件 的后缀是什么？
      
1246.     你指定它是什么就是什么。。。
      
1247.     我用一个软件自动生成的amber的文件是top后缀，这个在另一个软件里不识别为结构文件
      
1248. 
      
1249. A:
      
1250.     amber常用拓扑文件后缀是prmtop，或者top
      
1251. 
      
1252. Q:
      
1253.     谢谢/抱拳，请问参数文件和结构文件的后缀是什么？
      
1254. 
      
1255. A:
      
1256.     LiYuanhe(133063300)  22:59:27
      
1257.     你指定它是什么就是什么。。。
      
1258.     后缀随意
      
1259. 
      
1260. ----------------------------------------------------
      

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