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[CP2K] 求助cp2k跑动力学突然体系MD速度降低接近5倍以上

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请问各位老师,同学,我现在用cp2k跑二维材料的MD,前面步数时间正常,到4300步的时候突然运算时间大大提高,有时候甚至达到一千多s才跑一步,我看了结构没有什么显著变化和不合理的地方,请问这种问题出在哪里呢?怎么解决呢?输入文件是multiwfn产生的,输出cp2k.out文件和cp2k.ener文件已提供

Ag.inp

4.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 6

cp2k.ener

596.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

cp2k.zip

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发表于 Post on 2023-7-10 08:50:45 | 只看该作者 Only view this author
后来SCF每一轮的时间比之前大为提升,可能运行环境出了特殊情况,诸如CPU被其它任务占了,要么就是CP2K编译得有问题,重新编一个2022或2023再试。
如果基于restart文件续跑时发现速度又正常了,就更说明是编译可能存在问题。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-7-10 08:58:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-10 08:50
后来SCF每一轮的时间比之前大为提升,可能运行环境出了特殊情况,诸如CPU被其它任务占了,要么就是CP2K编译 ...

借楼问下卢老师,我用cp2k的GFN1-Xtb跑Si表面的MD,也会出现这种情况,耗时增多,温度激增,三个原子突然聚集,然后结构就越来越乱了,请问有什么方式可以改善嘛?

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发表于 Post on 2023-7-10 09:04:31 | 只看该作者 Only view this author
1138711019 发表于 2023-7-10 08:58
借楼问下卢老师,我用cp2k的GFN1-Xtb跑Si表面的MD,也会出现这种情况,耗时增多,温度激增,三个原子突然 ...

耗时增加不止一种原因
一种情况是MD过程中结构突然变得很烂,SCF难收敛导致;另一种是运行环境、程序编译导致,分清楚情况

你当前说的问题,尝试不同参数,如果确信是GFN1-xTB描述不好这种体系,就改成DFT就完了(或者尝试PM6、SCC-DFTB)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-10 09:14:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-10 08:50
后来SCF每一轮的时间比之前大为提升,可能运行环境出了特殊情况,诸如CPU被其它任务占了,要么就是CP2K编译 ...

老师,基于restart文件续跑时发现速度仍然不正常

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发表于 Post on 2023-7-10 09:21:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-10 09:04
耗时增加不止一种原因
一种情况是MD过程中结构突然变得很烂,SCF难收敛导致;另一种是运行环境、程序编 ...

之前尝试过将MD轨迹退回到跑乱前,重新写入restart文件,但是跑一阵以后还是会跑乱,几乎是同样的情况,可以说明是GFN1-xTB描述不好这种体系了吧

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发表于 Post on 2023-7-11 10:32:15 | 只看该作者 Only view this author
1138711019 发表于 2023-7-10 09:21
之前尝试过将MD轨迹退回到跑乱前,重新写入restart文件,但是跑一阵以后还是会跑乱,几乎是同样的情况, ...

这也分理论方法原因和程序实现原因
对于后者,恰当调节计算设置也许能避免
证明理论方法存在问题需要谨慎的测试
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chen0201 发表于 2023-7-10 09:14
老师,基于restart文件续跑时发现速度仍然不正常

仔细看看最后一部分轨迹,看有没有结构变得离谱之类的情况。并且在当前机子状态下重新跑一下原本的输入文件,看看速度是不是还是正常的。
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发表于 Post on 2023-7-11 14:38:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-11 10:32
这也分理论方法原因和程序实现原因
对于后者,恰当调节计算设置也许能避免
证明理论方法存在问题需要谨 ...

好的,我再调一下参数看看,谢谢老师~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-11 15:55:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-11 10:32
仔细看看最后一部分轨迹,看有没有结构变得离谱之类的情况。并且在当前机子状态下重新跑一下原本的输入文 ...

谢谢老师回复,查看机器内存发现确实是CPU被其它任务占了,并且本身cp2k编译也有点问题

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