可以做自动molecule alignment的python脚本

flyingchow

在分子建模的时候，我们经常会遇到要将所有分子都根据母核进行对齐的需求，以便于计算结果可以在不同分子间有可比性，用于进一步的交叉处理。

如果手动去一个一个搭模型保证母核位置不变，将会耗费非常多的时间。该脚本的作用就是，直接将用ChemDraw画好的二维的化学结构输入，然后导出3d对齐的的xyz文件。
这个脚本使用rdkit包，提供两种对齐方法，crippen和mmff法。

用法:

1. python3 align.py -r ref.sdf -m mol.sdf -t crippen

复制代码

ref.sdf是参照分子的化学结构
mol.sdf是要对齐的分子的化学结构
这两个文件都可以用ChemDraw来画出来
运行脚本后将得到参照物以及所有对齐分子的xyz文件。

Serious

还没深究过RDKit的Align功能，涨姿势了。