模拟完成后能否修改盒子的大小来用于后续的模拟呢

uenh1998 · 发表于 Post on 2023-7-15 09:08:47

各位老师好，如题所述，一开始做分子动力学模拟，我利用了立方盒子，模拟完成后查看结构，发现盒子中有太多的地方都是水，这严重加大了计算量。想问下各位老师，能否改变模拟完成后结构的盒子大小，用于后续后续模拟呢

Lacrimosa · 发表于 Post on 2023-7-15 13:24:41

把多余的水删了，盒子调小，然后重新跑平衡就可以。用VMD的选择语句应该就能完成大部分需求

Huschein · 发表于 Post on 2023-7-15 13:53:36

大概率应该是可以的，但是我还是比较建议你拿平衡结构出来，然后全部从头跑一次md，因为你的本就是平衡结构了，所以如果你原来跑了100ns的话，这次可能5-10ns就足矣

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[GROMACS] 模拟完成后能否修改盒子的大小来用于后续的模拟呢