CP2K安装到libxc-6.0.0时系统报错

wangwangwang · 发表于 Post on 2023-7-20 02:16:24

各位老师，我按照CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)博文在自己的计算机上在 VMware 16 里的 Rocky Linux 9安装CP2K2023.1版本，遇到了难题，是当安装到libxc-6.0.0时，系统报错了。我这我的报错信息：

我在build/libxc-6.0.0下的文件有这些，并将文件上传到附件，麻烦老师指导指导。

乐平 · 发表于 Post on 2023-7-20 09:32:28

本帖最后由乐平于 2023-7-20 09:35 编辑

你不用上传这些……

你只需要把你输入的命令，也就是

./install_cp2k_toolchain.sh

复制代码

这一行命令写出来

顺便问一下，你的 gcc 版本是多少？查看的命令是

gcc -v

复制代码

Intel MKL 是否调用了？查看的命令是

echo $MKLROOT

复制代码

另外，sob/ 这个目录不是必须的……

最后，不建议用中文系统……

snljty2 · 发表于 Post on 2023-7-20 10:27:20

本帖最后由 snljty2 于 2023-7-20 10:31 编辑

报错信息写的很清楚了，

sudo dnf install patch

复制代码

。看起来你安装Rocky的时候并没有按照上面提到的卢老师博文的2.1节里面建议装系统的时候选择装哪些工具的建议安装。

牧生 · 发表于 Post on 2023-7-20 11:19:09

snljty2 发表于 2023-7-20 10:27
报错信息写的很清楚了，。看起来你安装Rocky的时候并没有按照上面提到的卢老师博文的2.1节里面建议装系统的 ...

我都是无脑直接选了所有可选的。

snljty2 · 发表于 Post on 2023-7-20 15:48:40

牧生发表于 2023-7-20 11:19
我都是无脑直接选了所有可选的。

会增加很多麻烦，比如装了一些图形库之后自己装N卡驱动还得屏蔽原来的驱动，比如装了container那啥以后用dnf装docker会出问题。

牧生 · 发表于 Post on 2023-7-20 15:55:51

snljty2 发表于 2023-7-20 15:48
会增加很多麻烦，比如装了一些图形库之后自己装N卡驱动还得屏蔽原来的驱动，比如装了container那啥以后用 ...

屏蔽驱动，也就是几行命令的事，花一分钟就行了。尤其是rockylinux9以后，屏蔽了自带显卡驱动以后，重启还是仍然有图形界面的，图标变得很大，分辨率很低。在这种图形界面下，可以直接安装驱动和cuda的。对于新手就方便多的多了

snljty2 · 发表于 Post on 2023-7-20 16:29:25

本帖最后由 snljty2 于 2023-7-20 16:32 编辑

牧生发表于 2023-7-20 15:55
屏蔽驱动，也就是几行命令的事，花一分钟就行了。尤其是rockylinux9以后，屏蔽了自带显卡驱动以后，重启 ...

这样么，当年我弄CentOS 7的时候是贼麻烦，得改一大堆文件...还得init 3，init 5弄好几次。我是真不推荐都装上，哪怕是我们这种内网服务器，我都是下载完整的dvd镜像然后传到服务器上做成离线源用的，然后缺啥装啥。
我当时做的笔记是这样的
除了
/etc/modprobe.d/nvidia-installer-disable-nouveau.conf
和
/lib/modprobe.d/nvidia-installer-disable-nouveau.conf
以外，
/usr/lib/modprobe.d/nvidia-installer-disable-nouveau.conf
最好也加上这两行：
[color=var(--text_link)][url=]blacklist[/url] nouveau
options nouveau modeset=0

接下来/etc/default/grub的
GRUB_CMDLINE_LINUX
添加
rd.driver.blacklist=nouveau nouveau.modeset=0
然后执行
sudo grub2-mkconfig -o /boot/grub2/grub.cfg

在
/etc/modprobe.d/blacklist.conf
添加
blacklist nouveau
mv /boot/initramfs-$(uname -r).img /boot/initramfs-$(uname -r).img.bak
dracut /boot/initramfs-$(uname -r).img $(uname -r)
然后再重启，Ctrl+Alt+F2，进root,
init 3
sh NVIDIA*.run --no-opengl-files
这里这个--no-opengl-files参数非常关键，尤其是装CentOS时候选了gnome，gnome的opengl和NVidia的会有冲突，且gnome用不了NVidia的opengl。所以要在装的时候选择不装opengl。网上有一个CentOS用ElRepo源直接yum装NVidia显卡驱动的教程，https://www.cnblogs.com/YSPXIZHEN/p/11466145.html，极为简单，就是可惜无法选择不替换opengl，会导致和gnome冲突，重启后系统无法启动。所以只好用这个自行安装的麻烦的办法。
之后X config那里和教程一样选no，重启，init 5即可。nvidia-smi命令没报错就是装好了。

doublezhang · 发表于 Post on 2023-7-22 20:52:35

本帖最后由 doublezhang 于 2023-7-22 20:54 编辑

三个不同的解决方案
1. 用你的包管理器安装一个patch
2. git clone 最新的CP2K，最新版是用6.2.2的，不需要打patch（推荐）
3. 在安装脚本里把patch那句注销掉

wangwangwang · 发表于 Post on 2023-7-28 19:03:53

本帖最后由 wangwangwang 于 2023-7-28 19:23 编辑

感谢各位老师，我安装了patch已经解决了问题，非常感谢各位老师帮我找到解决方法。
现在我安装到COSMA 时又出现了报错，报错内容如下

我的gcc和g++版本如下

Intel MKL调用情况如下：
[root@bogon toolchain]# echo $MKLROOT
/opt/intel/compilers_and_libraries_2018.0.128/linux/mkl

我是新手菜鸟，烦求各位老师不吝赐教

wangwangwang · 发表于 Post on 2023-7-28 19:04:16

本帖最后由 wangwangwang 于 2023-7-28 19:18 编辑

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