求助：用NEWTON-X结合高斯无法得到trajectories

旺旺雪饼 · 发表于 Post on 2016-8-10 10:00:53

我按照NEWTON-X的教程一步一步操作，最后总是得不到教程里面说的176个trajectories。
生成trajectories的文件都在附件里，还请用过这个软件的老师帮忙看看，是哪里出错了？？（给软件作者发邮件也没人回复）

旺旺雪饼 · 发表于 Post on 2016-8-10 10:03:13

需要的文件都在这，刚才上传失误了

sobereva · 发表于 Post on 2016-8-11 00:12:52

在newton-X上的google讨论版上问过么？也没人回么？

旺旺雪饼 · 发表于 Post on 2016-8-11 09:18:15

sobereva 发表于 2016-8-11 00:12
在newton-X上的google讨论版上问过么？也没人回么？

我尝试过很多次在google讨论版上发帖，但是每次发帖都说“将帖子发布到群组上时出错，请稍后再试”
所以只能在论坛里求助了

yjr · 发表于 Post on 2016-8-11 09:56:22

你要看一下Results这个文件夹，有一个文件dyn.out, 你在用dynout2xyz.pl 就会生成dyn.xyz。就是轨迹文件了。

旺旺雪饼 · 发表于 Post on 2016-8-13 08:56:44

yjr 发表于 2016-8-11 09:56
你要看一下Results这个文件夹，有一个文件dyn.out, 你在用dynout2xyz.pl 就会生成dyn.xyz。就是轨迹文件了 ...

非常感谢您的帮助，但是我生成的文件里没有Results这个文件夹啊？他的教程里也没有这个文件夹，我也没有找到dyn.out在哪？下面是我按教程来生成的文件，TRAJECTORIES文件夹里本该有176个TRAJECTORIES，但是我这个文件夹是空的。。。。
请教一下Results文件夹和dyn.out文件该怎么生成呢？还望老师赐教

yjr · 发表于 Post on 2016-8-13 15:06:21

旺旺雪饼发表于 2016-8-13 08:56
非常感谢您的帮助，但是我生成的文件里没有Results这个文件夹啊？他的教程里也没有这个文件夹，我也没有 ...

我用的是Newton-x 对接的是用Gaussian09计算的TDDFT-MD模拟。

旺旺雪饼 · 发表于 Post on 2016-8-30 10:20:02

yjr 发表于 2016-8-13 15:06
我用的是Newton-x 对接的是用Gaussian09计算的TDDFT-MD模拟。

您好，我是按照附件里的教程中第4节(Initial conditions and spectrum simulation: TD-DFT – Gaussian 09)和第5节(Surface hopping dynamics: TD-DFT– Gaussian 09)做的，麻烦您看一下有哪一点需要注意或者哪是不对的？？？？
按照这个来可以得到trajectories不？？

附件里上传不上去，我把教程放在网盘里了（http://pan.baidu.com/s/1nvfI9Qx），希望您能抽空看一下，万分感谢.

aioria · 发表于 Post on 2016-8-30 14:39:40

旺旺雪饼发表于 2016-8-30 10:20
您好，我是按照附件里的教程中第4节(Initial conditions and spectrum simulation: TD-DFT – Gaussian ...

你重新运行一下这个命令，看一下出错信息是什么？
$NX/makedir.pl > makedir.log

旺旺雪饼 · 发表于 Post on 2016-8-30 15:52:24

aioria 发表于 2016-8-30 14:39
你重新运行一下这个命令，看一下出错信息是什么？
$NX/makedir.pl > makedir.log

非常感谢您的帮助！
1. 我做的过程是这样的：准备好JOB_AD文件夹和geom，freq.out文件，然后启动newton-x，按照教程一步一步选参数，参数设置完之后就有个makedir.log文件（上传到附件里了），但是trajectories文件夹里是空的。
我又运行了$NX/makedir.pl > makedir.log这个命令后，出现了一行提示： Illegal division by zero at/home/dlli/NX-1.4.0-2/bin/makedir.pl line 1051, <FN> line 54.
makedir.log文件也没有变。
2.还有一个问题想问，JOB_AD文件夹里的gaussian.com文件是把已经优化好的激发态坐标放进去，不加opt关键词？？还是把优化好的基态坐标放进去加opt关键词？？？
我用的JOB_AD文件夹，geom和freq.out文件也上传在附件里了

aioria · 发表于 Post on 2016-8-31 08:59:35

旺旺雪饼发表于 2016-8-30 15:52
非常感谢您的帮助！
1. 我做的过程是这样的：准备好JOB_AD文件夹和geom，freq.out文件，然后启动newton- ...

Energy transitions will be restricted to the range 5.5 to 6.5 with center at 6.0.
Directory ~THIOPHENE_TDDFT_DYN/TRAJECTORIES was created
makedir.pl:
The largest transition intensity in final_output has
oscillator strength 0.1038 and vertical excitation energy (eV) 6.3566.
Normalization factor for probabilities F = 0.1038.
正常的情况大概就是上面的提示，你这个明显是makedir.pl没有读到finaloutput里面的最大跃迁强度，什么原因你可以查一下，因为每个人使用的计算环境可能也不太相同，我也不好判断是什么原因

旺旺雪饼 · 发表于 Post on 2016-8-31 09:38:20

aioria 发表于 2016-8-31 08:59
Energy transitions will be restricted to the range 5.5 to 6.5 with center at 6.0.
Directory ~THI ...

非常感谢大神不吝赐加，真的对我学习这个软件帮助很大，我找到哪里不对了，已经能得到trajectories了

万分感谢！！

旺旺雪饼 · 发表于 Post on 2016-8-31 09:39:17

yjr 发表于 2016-8-13 15:06
我用的是Newton-x 对接的是用Gaussian09计算的TDDFT-MD模拟。

感谢大神的帮助，问题已经解决

旺旺雪饼 · 发表于 Post on 2016-9-4 09:36:44

aioria 发表于 2016-8-30 14:39
你重新运行一下这个命令，看一下出错信息是什么？
$NX/makedir.pl > makedir.log

大神你好，生成trajectories后，在TRAJ1中运行$NX/moldyn.pl > moldyn.log & 这个命令，计算了一段时间后出错，错误信息见下图，请问大神这该如何解决呢？？？

bangdage · 发表于 Post on 2018-3-29 22:17:49

旺旺雪饼发表于 2016-8-31 09:38
非常感谢大神不吝赐加，真的对我学习这个软件帮助很大，我找到哪里不对了，已经能得到trajectories了

...

您好，请问一下，我在用Newton-X软件的时候也出现了和您一样的问题，就是轨道没有办法生成，请问您可以教教我吗？恳请大神赐教，谢谢了

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