请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 2128|回复: 16

[其它程序] 求助:用NEWTON-X结合高斯无法得到trajectories

[复制链接]

73

帖子

0

威望

1106

eV
积分
1179

Level 4 (黑子)

发表于 2016-8-10 10:00:53 | 显示全部楼层 |阅读模式
我按照NEWTON-X的教程一步一步操作,最后总是得不到教程里面说的176个trajectories。
生成trajectories的文件都在附件里,还请用过这个软件的老师帮忙看看,是哪里出错了??(给软件作者发邮件也没人回复)

73

帖子

0

威望

1106

eV
积分
1179

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 2016-8-10 10:03:13 | 显示全部楼层
需要的文件都在这,刚才上传失误了

geom

603 Bytes, 下载次数: 2

final_output

69.25 KB, 下载次数: 3

JOB_AD.rar

456 Bytes, 下载次数: 7

1万

帖子

25

威望

2万

eV
积分
40760

管理员

公社社长

发表于 2016-8-11 00:12:52 | 显示全部楼层
在newton-X上的google讨论版上问过么?也没人回么?
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。超过4000人,用于交流理论、计算化学。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一概不批。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最流行的量子化学波函数分析程序)

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

73

帖子

0

威望

1106

eV
积分
1179

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 2016-8-11 09:18:15 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2016-8-11 00:12
在newton-X上的google讨论版上问过么?也没人回么?

我尝试过很多次在google讨论版上发帖,但是每次发帖都说“将帖子发布到群组上时出错,请稍后再试”
所以只能在论坛里求助了

9

帖子

0

威望

1108

eV
积分
1117

Level 4 (黑子)

发表于 2016-8-11 09:56:22 | 显示全部楼层
你要看一下Results这个文件夹,有一个文件dyn.out, 你在用dynout2xyz.pl 就会生成dyn.xyz。就是轨迹文件了。

评分

参与人数 1eV +1 收起 理由
sobereva + 1

查看全部评分

73

帖子

0

威望

1106

eV
积分
1179

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 2016-8-13 08:56:44 | 显示全部楼层
yjr 发表于 2016-8-11 09:56
你要看一下Results这个文件夹,有一个文件dyn.out, 你在用dynout2xyz.pl 就会生成dyn.xyz。就是轨迹文件了 ...

非常感谢您的帮助,但是我生成的文件里没有Results这个文件夹啊?他的教程里也没有这个文件夹,我也没有找到dyn.out在哪?  下面是我按教程来生成的文件,TRAJECTORIES文件夹里本该有176个TRAJECTORIES,但是我这个文件夹是空的。。。。
请教一下Results文件夹和dyn.out文件该怎么生成呢?还望老师赐教
QQ截图20160813084926.jpg

9

帖子

0

威望

1108

eV
积分
1117

Level 4 (黑子)

发表于 2016-8-13 15:06:21 | 显示全部楼层
旺旺雪饼 发表于 2016-8-13 08:56
非常感谢您的帮助,但是我生成的文件里没有Results这个文件夹啊?他的教程里也没有这个文件夹,我也没有 ...

我用的是Newton-x 对接的是用Gaussian09计算的TDDFT-MD模拟。
QQ图片20160813150643.png

73

帖子

0

威望

1106

eV
积分
1179

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 2016-8-30 10:20:02 | 显示全部楼层
yjr 发表于 2016-8-13 15:06
我用的是Newton-x 对接的是用Gaussian09计算的TDDFT-MD模拟。


您好,我是按照附件里的教程中第4节(Initial conditions and spectrum simulation: TD-DFT – Gaussian 09)和第5节(Surface hopping dynamics: TD-DFT– Gaussian 09)做的,麻烦您看一下有哪一点需要注意或者哪是不对的????
按照这个来可以得到trajectories不??

附件里上传不上去,我把教程放在网盘里了(http://pan.baidu.com/s/1nvfI9Qx),希望您能抽空看一下,万分感谢.

13

帖子

0

威望

763

eV
积分
776

Level 4 (黑子)

发表于 2016-8-30 14:39:40 | 显示全部楼层
旺旺雪饼 发表于 2016-8-30 10:20
您好,我是按照附件里的教程中第4节(Initial conditions and spectrum simulation: TD-DFT – Gaussian ...

你重新运行一下这个命令,看一下出错信息是什么?
$NX/makedir.pl > makedir.log

73

帖子

0

威望

1106

eV
积分
1179

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 2016-8-30 15:52:24 | 显示全部楼层
aioria 发表于 2016-8-30 14:39
你重新运行一下这个命令,看一下出错信息是什么?
$NX/makedir.pl > makedir.log

非常感谢您的帮助!
1. 我做的过程是这样的:准备好JOB_AD文件夹和geom,freq.out文件,然后启动newton-x,按照教程一步一步选参数,参数设置完之后就有个makedir.log文件(上传到附件里了),但是trajectories文件夹里是空的。
我又运行了$NX/makedir.pl > makedir.log这个命令后,出现了一行提示: Illegal division by zero at/home/dlli/NX-1.4.0-2/bin/makedir.pl line 1051, <FN> line 54.
makedir.log文件也没有变。
2.还有一个问题想问,JOB_AD文件夹里的gaussian.com文件是把已经优化好的激发态坐标放进去,不加opt关键词??还是把优化好的基态坐标放进去加opt关键词???
我用的JOB_AD文件夹,geom和freq.out文件也上传在附件里了

makedir.log

3.41 KB, 下载次数: 7

final_output

69.25 KB, 下载次数: 3

geom

603 Bytes, 下载次数: 1

JOB_AD1.rar

456 Bytes, 下载次数: 2

13

帖子

0

威望

763

eV
积分
776

Level 4 (黑子)

发表于 2016-8-31 08:59:35 | 显示全部楼层
旺旺雪饼 发表于 2016-8-30 15:52
非常感谢您的帮助!
1. 我做的过程是这样的:准备好JOB_AD文件夹和geom,freq.out文件,然后启动newton- ...

Energy transitions will be restricted to the range 5.5 to 6.5 with center at 6.0.
Directory ~THIOPHENE_TDDFT_DYN/TRAJECTORIES was created
makedir.pl:
The largest transition intensity in final_output has
oscillator strength 0.1038 and vertical excitation energy (eV) 6.3566.
Normalization factor for probabilities F = 0.1038.
正常的情况大概就是上面的提示,你这个明显是makedir.pl没有读到finaloutput里面的最大跃迁强度,什么原因你可以查一下,因为每个人使用的计算环境可能也不太相同,我也不好判断是什么原因

评分

参与人数 1eV +1 收起 理由
sobereva + 1

查看全部评分

73

帖子

0

威望

1106

eV
积分
1179

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 2016-8-31 09:38:20 | 显示全部楼层
aioria 发表于 2016-8-31 08:59
Energy transitions will be restricted to the range 5.5 to 6.5 with center at 6.0.
Directory ~THI ...

非常感谢大神不吝赐加,真的对我学习这个软件帮助很大,我找到哪里不对了,已经能得到trajectories了

万分感谢!!

73

帖子

0

威望

1106

eV
积分
1179

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 2016-8-31 09:39:17 | 显示全部楼层
yjr 发表于 2016-8-13 15:06
我用的是Newton-x 对接的是用Gaussian09计算的TDDFT-MD模拟。

感谢大神的帮助,问题已经解决

73

帖子

0

威望

1106

eV
积分
1179

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 2016-9-4 09:36:44 | 显示全部楼层
aioria 发表于 2016-8-30 14:39
你重新运行一下这个命令,看一下出错信息是什么?
$NX/makedir.pl > makedir.log

大神你好,生成trajectories后,在TRAJ1中运行$NX/moldyn.pl > moldyn.log & 这个命令,计算了一段时间后出错,错误信息见下图,请问大神这该如何解决呢???

出错信息

出错信息

2

帖子

0

威望

137

eV
积分
139

Level 2 能力者

发表于 2018-3-29 22:17:49 | 显示全部楼层
旺旺雪饼 发表于 2016-8-31 09:38
非常感谢大神不吝赐加,真的对我学习这个软件帮助很大,我找到哪里不对了,已经能得到trajectories了

...

您好,请问一下,我在用Newton-X软件的时候也出现了和您一样的问题,就是轨道没有办法生成,请问您可以教教我吗?恳请大神赐教,谢谢了
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2019-4-27 01:14 , Processed in 0.154324 second(s), 27 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表