Auto-FEP for Gromacs(Shell 脚本)

yyf123 · 发表于 Post on 2024-9-9 19:33:21

博主您好，最近想用fep计算配体和蛋白的结合自由能，请问gromacs的fep可以使用gpu加速吗，速度会损失多少, 谢谢您

yyf123 · 发表于 Post on 2024-9-9 20:45:01

我还想请教一下，integrator = md和sd的区别在哪里，对精度的影响大吗

Huschein · 发表于 Post on 2024-9-14 02:25:09

yyf123 发表于 2024-9-9 20:45
我还想请教一下，integrator = md和sd的区别在哪里，对精度的影响大吗

md是正常动力学 sd是随机动力学，sd采样更广，这样可以覆盖窗口之间的空隙，你做完FEP是要算窗口之间重叠的，如果重叠的不够那就说明会有跳跃，最好是每个窗口能重叠上

yyf123 · 发表于 Post on 2024-9-14 11:02:19

Huschein 发表于 2024-9-14 02:25
md是正常动力学 sd是随机动力学，sd采样更广，这样可以覆盖窗口之间的空隙，你做完FEP是要算窗口之间重叠 ...

好的，谢谢您！

Jeffrey0521 · 发表于 Post on 2024-10-21 16:47:51

博主您好，想问下这个fep的始末状态分别是什么呢？就是一个化合物凭空出现吗？另外，选择10个窗口的依据是什么呢，梯度又是参考什么来设置的呢？求解，十分感谢！！

Huschein · 发表于 Post on 2024-10-21 20:03:03

Jeffrey0521 发表于 2024-10-21 16:47
博主您好，想问下这个fep的始末状态分别是什么呢？就是一个化合物凭空出现吗？另外，选择10个窗口的依据是 ...

我现在就是算绝对结合能始末就是没有到出现
窗口你可以参考文献，现在一般主流是9个或者11个
梯度是什么？

Jeffrey0521 · 发表于 Post on 2024-10-22 12:59:25

Huschein 发表于 2024-10-21 20:03
我现在就是算绝对结合能始末就是没有到出现
窗口你可以参考文献，现在一般主流是9个或者11个
梯度是什 ...

我意思是各个window的范德华、库仑、bonded的变化快慢是怎么确定的？

Huschein · 发表于 Post on 2024-10-22 20:47:33

Jeffrey0521 发表于 2024-10-22 12:59
我意思是各个window的范德华、库仑、bonded的变化快慢是怎么确定的？

文献

Jeffrey0521 · 发表于 Post on 2024-10-24 12:46:22

本帖最后由 Jeffrey0521 于 2024-10-24 12:48 编辑

Huschein 发表于 2024-10-22 20:47
文献

但我查到的文件大多都是fep+做的，这些能作为参考吗？想问你具体参考的是哪些文献呢，无论怎么操作他的首尾窗口的邻接矩阵有的重合度也不太好

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[GROMACS] Auto-FEP for Gromacs(Shell 脚本)