求助利用ORCA+Multiwfn生成小分子的RESP原子电荷时遇到forrtl: severe (24)报错问题

ccyyxx · 发表于 Post on 2023-7-29 14:56:11

各位老师好：
   初学分子动力学模拟，利用 ORCA+Multiwfn 生成小分子的 RESP 原子电荷（学习Sobereva老师“ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本”操作）
   在将RESP_ORCA.sh拷贝至工作目录，使用chmod +x ./RESP_ORCA.sh加权。将小分子PDB结构文件也拷到当前目录。然后运行：./RESP_ORCA.sh JZ4.mol2./RESP_ORCA.sh nrp1noh.pdb
   结果出现了以下报错信息：

forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit -4, file /proc/279851/fd/0
Image             PC             Routine          Line       Source
Multiwfn          000000000208F84B  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          00000000020BE6F2  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          0000000000856256  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          0000000000431822  Unknown             Unknown  Unknown
libc-2.31.so    00001458FB81B083  __libc_start_main    Unknown  Unknown
Multiwfn          0000000000431729  Unknown             Unknown  Unknown
awk: cannot open tmp.xyz (No such file or directory)
rm: 无法删除 'tmp.xyz': 没有那个文件或目录
Running optimization task via ORCA...
[file orca_tools/Tool-Misc/qccc2ic.cpp, line 640]: No atoms to convert in Cartesian2Internal

The optimization task has failed! Please check content of opt.out to find reason
The script is terminated
rm: 无法删除 'opt_*': 没有那个文件或目录

   请教各位老师，应当如何理解本则报错，怎么进行修改呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-29 16:01:49

./RESP_ORCA.sh JZ4.mol2./RESP_ORCA.sh nrp1noh.pdb 显然没法这么运行

ccyyxx · 发表于 Post on 2023-7-29 16:05:24

sobereva 发表于 2023-7-29 16:01
./RESP_ORCA.sh JZ4.mol2./RESP_ORCA.sh nrp1noh.pdb 显然没法这么运行

对不起老师，没有检查好自己的问题就莽撞发出，耽误老师们的精力。我的命令是：./RESP_ORCA.sh nrp1noh.pdb

牧生 · 发表于 Post on 2023-7-29 16:12:23

ccyyxx 发表于 2023-7-29 16:05
对不起老师，没有检查好自己的问题就莽撞发出，耽误老师们的精力。我的命令是：./RESP_ORCA.sh nrp1noh.p ...

你还要指定电荷和自旋多重度才行

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-29 16:18:57

ccyyxx 发表于 2023-7-29 16:05
对不起老师，没有检查好自己的问题就莽撞发出，耽误老师们的精力。我的命令是：./RESP_ORCA.sh nrp1noh.p ...

启动Multiwfn后载入此pdb文件，进主功能0，确认文件合理、能正常载入Multiwfn
确保Multiwfn用的是最新版本
脚本默认电荷为0，自旋多重度为1，确认对当前体系是否合适

ccyyxx · 发表于 Post on 2023-7-29 18:00:48

sobereva 发表于 2023-7-29 16:18
启动Multiwfn后载入此pdb文件，进主功能0，确认文件合理、能正常载入Multiwfn
确保Multiwfn用的是最新版 ...

谢谢老师。Multiwfn下的新版3.8，试了一下，此PDB文件也能够正常载入Multiwfn。

ccyyxx · 发表于 Post on 2023-7-29 18:03:05

牧生发表于 2023-7-29 16:12
你还要指定电荷和自旋多重度才行

谢谢老师。我用的是默认的电荷和自旋多重度。我再查询一下相关资料，给体系设定一个适合的电荷跟多重度参数，看能否解决。

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-29 19:19:21

ccyyxx 发表于 2023-7-29 18:00
谢谢老师。Multiwfn下的新版3.8，试了一下，此PDB文件也能够正常载入Multiwfn。

3.8至今尚未发布过

不涉及隐私的话，最好把pdb文件上传，便于别人检验

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