晶体cif文件导出xyz文件，计算金属有机配合物第一超极化率求助

君陌张

小弟，刚接触高斯计算，想计算一个双金属有机配合物小分子的第一超极化率，通过diamond导入晶体cif文件，构建出一个完整的小分子结构（分子内结构对称，拓展为完整分子结构，主体带两个正电，两个PF6已删除），而后保存xyz文件，将原子坐标复制到gjf文件中，但是计算出现错误，按大家建议，已上传输入、输出文件，麻烦大家帮我检查下，指出具体问题，万分感谢！！！！

wzkchem5

指定基组的语法不对。仔细阅读http://sobereva.com/60
另外这个基组选得极其不合理，必须加极化函数。仔细看http://sobereva.com/336

君陌张

wzkchem5 发表于 2023-8-10 15:35
指定基组的语法不对。仔细阅读http://sobereva.com/60
另外这个基组选得极其不合理，必须加极化函数。仔细 ...

我按您发的混合机组的要求更改了，但是还是显示错误，请问您能具体说下是哪里错了吗？感谢感谢

%chk=zl.chk
%mem=36GB
%nprocshared=12
# b3lyp/gen geom=connectivity polar=DCSHG

zl

2 1
Ru    0.00000    6.59388   16.47989
C    0.00000    5.89227   14.59075
N   -1.35705    5.14817   17.13824
N    1.35705    5.14817   17.13824
N    0.00000    7.31160   18.49284
N    1.31693    8.09137   15.96181
N   -1.31693    8.09137   15.96181
Ru    0.00000    4.96397   11.47740
C   -0.67924    6.90388   10.62095
C    0.67924    6.90388   10.62095
C    1.15070    5.84097    9.73878
C   -1.15070    5.84097    9.73878
C    0.00000    5.18872    9.28608
N    0.00000    5.56786   13.46869
P    1.51196    3.38464   12.16670
P   -1.51196    3.38464   12.16670
C   -2.09648    3.65946   18.63794
H   -2.16711    3.16512   19.42263
C   -2.88750    3.53488   17.55263
N   -1.19082    4.62075   18.39224
H   -3.60438    2.95564   17.42862
C   -2.36445    4.50495   16.63176
H   -2.70456    4.65390   15.77908
C    0.00000    7.01845   20.74665
H    0.00000    6.60880   21.58275
C    0.00000    8.37182   20.46420
N    0.00000    6.38818   19.45627
H    0.00000    9.06094   21.08892
C    0.00000    8.52572   19.08483
H    0.00000    9.34070   18.63685
C    0.00000    4.97863   19.14093
H   -0.00001    4.47410   19.98024
N    1.19082    4.62075   18.39224
C   -2.61379    8.04936   15.97012
H   -3.00881    7.24183   16.21048
C   -3.46070    9.09003   15.65285
H   -4.38359    8.96933   15.65200
C   -2.89896   10.32858   15.33557
C   -1.49605   10.37011   15.24658
C   -3.77309   11.55247   15.02410
H   -1.08116   11.16132   14.98864
C   -0.73513    9.29279   15.52903
C    0.73513    9.29279   15.52903
H   -4.63674   11.26040   14.72414
H   -3.35584   12.07758   14.33798
H   -3.87274   12.08349   15.81797
C   -1.56340    7.98486   11.23616
C   -2.57080    5.56004    9.25126
C    0.00000    4.35081    8.15434
H   -1.15533    8.31336   12.04085
H   -2.42518    7.61437   11.44376
H   -1.66790    8.70672   10.61252
H   -2.89870    4.75738    9.66402
H   -2.56574    5.44872    8.29698
H   -3.14165    6.29560    9.48389
H    0.00000    4.82541    7.31940
H    0.78385    3.79964    8.20855
C   -2.99640    4.01857   13.05855
C   -3.27441    5.34018   13.09531
C   -3.89203    3.11714   13.69503
H   -2.70986    5.95452   12.68523
C   -4.43370    5.76769   13.76855
H   -4.62201    6.67779   13.79712
C   -5.22902    4.96642   14.33539
H   -5.96154    5.29398   14.80424
C   -5.00404    3.58129   14.25413
H   -5.63626    2.98950   14.59356
H   -3.70085    2.20738   13.72183
C   -3.51271    2.41603   10.44355
H   -4.01333    3.15439   10.70623
C   -2.27216    2.18322   11.02122
C   -4.00595    1.56272    9.48670
C   -1.54621    1.07488   10.61128
C   -1.54735    1.07927   10.61341
C   -3.28157    0.46000    9.08024
H   -3.62032   -0.11421    8.43207
C   -2.04288    0.22108    9.65075
H   -4.83858    1.73006    9.10790
C   -0.69930    2.24258   13.41645
C    0.69930    2.24258   13.41645
H   -1.00462    2.49325   14.30287
H   -1.00463    1.33825   13.24851
H   -0.71434    0.90497   10.98973
H   -1.54467   -0.51789    9.38484
H   -1.54417   -0.51792    9.38587
H   -0.71465    0.91176   10.99219
C    1.56340    7.98486   11.23616
C    2.57080    5.56004    9.25126
H    1.15533    8.31336   12.04085
H    2.42518    7.61437   11.44376
H    1.66790    8.70672   10.61252
H    2.89870    4.75738    9.66402
H    2.56574    5.44872    8.29698
H    3.14165    6.29560    9.48389
H   -0.78385    3.79964    8.20855
C    2.99640    4.01857   13.05855
C    2.27216    2.18322   11.02122
C    3.51271    2.41603   10.44355
C    1.54621    1.07488   10.61128
H    4.01333    3.15439   10.70623
C    4.00595    1.56272    9.48670
H    0.71434    0.90497   10.98973
C    2.04288    0.22108    9.65075
C    3.28157    0.46000    9.08024
H    4.83858    1.73006    9.10790
H    1.54467   -0.51789    9.38484
H    3.62032   -0.11421    8.43207
C    3.27441    5.34018   13.09531
C    3.89203    3.11714   13.69503
H    2.70986    5.95452   12.68523
C    4.43370    5.76769   13.76855
C    5.00404    3.58129   14.25413
H    3.70085    2.20738   13.72183
H    4.62201    6.67779   13.79712
C    5.22902    4.96642   14.33539
H    5.63626    2.98950   14.59356
H    5.96154    5.29398   14.80424
H    1.00462    2.49325   14.30287
H    1.00463    1.33825   13.24851
C    2.36445    4.50495   16.63176
C    2.61379    8.04936   15.97012
C    2.09648    3.65946   18.63794
H    2.16711    3.16512   19.42263
C    2.88750    3.53488   17.55263
H    3.60438    2.95564   17.42862
H    2.70456    4.65390   15.77908
H    3.00881    7.24183   16.21048
C    3.46070    9.09003   15.65285
C    1.49605   10.37011   15.24658
H    4.38359    8.96933   15.65200
C    2.89896   10.32858   15.33557
H    1.08116   11.16132   14.98864
C    3.77309   11.55247   15.02410
H    4.63674   11.26040   14.72414
H    3.35584   12.07758   14.33798
H    3.87274   12.08349   15.81797

C H N P 0
6-31G*
****
Ru 0
lanl2dz
****

Ru 0
lanl2dz

1064nm

wzkchem5

君陌张 发表于 2023-8-10 09:05
我按您发的混合机组的要求更改了，但是还是显示错误，请问您能具体说下是哪里错了吗？感谢感谢

%chk=z ...

去掉geom=connectivity试试。既然你输入文件后面没有给原子连接关系，就没有理由写geom=connectivity

君陌张

wzkchem5 发表于 2023-8-10 16:22
去掉geom=connectivity试试。既然你输入文件后面没有给原子连接关系，就没有理由写geom=connectivity

还是不行，有可能是坐标都有问题，我用CIF文件计算的方式有问题

wzkchem5

君陌张 发表于 2023-8-10 09:53
还是不行，有可能是坐标都有问题，我用CIF文件计算的方式有问题

报错信息是什么？和之前的报错信息一样吗？

sobereva

君陌张 发表于 2023-8-10 16:05
我按您发的混合机组的要求更改了，但是还是显示错误，请问您能具体说下是哪里错了吗？感谢感谢

%chk=z ...

用了赝势，显然要写genecp

算超极化率居然不带弥散函数，这种计算碰到内行审稿人直接秒拒

该用什么基组算超极化率好好看此文
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373（http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html）

说“出错”、“不行”的时候主动交代报错提示，说不清楚就把输入输出文件直接上传

君陌张

sobereva 发表于 2023-8-10 21:48
用了赝势，显然要写genecp

算超极化率居然不带弥散函数，这种计算碰到内行审稿人直接秒拒

感谢大神，输入输出相关文件已上传，目前尝试使用B3LPY/6-31+G*和lanl2dz混合基组计算配合物的第一超极化率，但是任务运行出错，想着能够正常后，再按您帖子推荐的算第一超极化率的基组进行优化

君陌张

wzkchem5 发表于 2023-8-10 20:59
报错信息是什么？和之前的报错信息一样吗？

输入输出文件已上传，如果有空的话麻烦您帮忙看下问题出在哪里

wzkchem5

君陌张 发表于 2023-8-15 04:25
输入输出文件已上传，如果有空的话麻烦您帮忙看下问题出在哪里

我不是说叫你去掉geom=connectivity吗，怎么还在

君陌张

wzkchem5 发表于 2023-8-15 16:01
我不是说叫你去掉geom=connectivity吗，怎么还在

试过了，但是也不行

wzkchem5

君陌张 发表于 2023-8-15 09:30
试过了，但是也不行

那你就应该上传试过去掉geom=connectivity的那个输出文件