使用gmx_MMPBSA计算结合自由能时报错

shiyunfan · 发表于 Post on 2023-8-14 12:59:00

体系：膜蛋白-多肽
计算结合自由能目的：比较多条多肽与膜蛋白的亲和力
首先用charmm-gui构建了膜蛋白-多肽体系，蛋白质力场选用了amber19sb，生成gromacs准备文件，也顺利跑完了100ns的动力学模拟，但当用gmx_MMPBSA计算结合自由能的时候，出现了如附件所示的错误

感觉像是amber没办法正确处理gromacs的拓扑文件。请问大家有没有解决办法，这是拓扑文件

shiyunfan · 发表于 Post on 2023-8-14 17:32:55

已解决，由于top文件是可选可不选项，去掉top文件时即可正常计算

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[GROMACS] 使用gmx_MMPBSA计算结合自由能时报错

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