Gromacs中如何使用Reduced units (也就是LAMMPS中的lj单位)

jrfjrf123 · 发表于 Post on 2023-8-15 20:01:03

本帖最后由 jrfjrf123 于 2023-8-15 20:02 编辑

想请教一下论坛里的大家，
在GROMACS的手册中有关于Reduced units 的介绍，这与LAMMPS中归一化的粗粒单位 "lj" 是相同的
但我没有在手册中找到有关于模拟过程中units 的设置方法，.mdp文件参数里也没有相关设置
想请问一下GROMACS里能否使用手册中的Reduced units，或者类似于LAMMPS中lj单位的方法

jrfjrf123 · 发表于 Post on 2023-8-16 20:50:35

基本解决了，看了一些GROMACS_mails 的问答
可以直接设置epsilon=sigma=1这样的reduced units，但玻尔兹曼常数因为无法设置，程序中kB不为1，
所以要设置reduced units 为T=1.0的话，更具体的来说是设置kBT=1的话，需要将设置为120.27
其他的都是输入reduced units 输出的就是reduced units，尽管依旧有单位显示，但可以忽略那些单位显示

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