计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 803|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[NAMD] 求助,怎么在NAMD中把蛋白质设置为刚性

[复制链接 Copy URL]

5

帖子

0

威望

109

eV
积分
114

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 CUIGH 于 2023-8-16 14:00 编辑

colvar {
   name RMSD

   rmsd {
         atoms {
         atomsFile project1_protein.pdb
         atomsCol O
         atomsColValue 2.0
               }
         refpositionsfile  project1_protein.pdb
        }
       }

在XXX.in中我只设置上面的内容是没有问题的,但加了下面就会报错(error in the collective variables module)

harmonic{
         colvars       RMSD
         centers       0
         forceConstant 20.0
}


本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 18:26 , Processed in 0.304993 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list