计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1582|回复 Reply: 28
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 基态和激发态没有使用同一个方法优化和计算频率,后续的计算结果还可以使用吗

[复制链接 Copy URL]

16

帖子

0

威望

201

eV
积分
217

Level 3 能力者

本帖最后由 xm.liu 于 2023-8-16 15:07 编辑

老师们好,用gaussian16优化了一系列荧光分子的基态和激发态S1,基态优化和频率计算使用的是b3lyp/6-311G(d,p),激发态优化和计算频率使用的是cam-b3lyp/6-311G(d,p),后续又使用这两个freq的计算结果计算了RMSD,重组能和HR因子及非辐射速率Kic,想请教大家这个结果可以使用吗,做这几个分子的横向比较可以吗,如果不行,现在肯定更容易的是把基态也用cam-b3lyp优化,但是这样就会造成现有的S1优化结果的起始点不再是S0,另一条路,如果重新优化激发态时间也要很久(好几个分子,结构也挺大),如果结果不能用想求助老师们有什么方法可以帮我解决这问题,十分感激

1万

帖子

0

威望

7402

eV
积分
18169

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2023-8-16 15:43:26 | 只看该作者 Only view this author
不能,尤其是重组能、HR因子、RMSD的基态、激发态理论级别必须统一,否则就会发现即使激发过程对结构毫无影响,也能算出非零的重组能、非零的RMSD,结果显然是不能用的。
相比之下,初猜结构不是当前理论级别下的S0结构这一点,倒不是致命问题。参见http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 8&fromuid=21811

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +4 收起 理由
Reason
xm.liu + 4

查看全部评分 View all ratings

BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

239

帖子

0

威望

756

eV
积分
995

Level 4 (黑子)

3#
发表于 Post on 2023-8-16 22:25:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-8-16 15:43
不能,尤其是重组能、HR因子、RMSD的基态、激发态理论级别必须统一,否则就会发现即使激发过程对结构毫无影 ...

老师您好,请问对什么任务类型的计算,基态和激发态的计算理论级别可以不一致呢?比如用PBE0/def2SVP优化了基态结构(+同水平单点&频率),又用CAM-B3LYP/def2SVP优化了激发态结构(+同水平单点&频率),这应该是比较常见的情况,那么接下来除了您这里提到的重组能、R因子和kic之外还有什么样的激发/发射过程相关的物理量的计算是需要统一理论水平的呢?统一理论水平时又该如何调整呢(比如CAM-B3LYP用来计算基态显然不是普遍的选择)?谢谢老师!

16

帖子

0

威望

201

eV
积分
217

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-16 22:28:18 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-8-16 15:43
不能,尤其是重组能、HR因子、RMSD的基态、激发态理论级别必须统一,否则就会发现即使激发过程对结构毫无影 ...

谢谢老师的指点,作为一个新手,在论坛学到了很多东西,还有一个小问题想请教老师,就是在优化基态的过程中使用了SMD溶剂模型,但是在优化激发态的时候SMD溶剂模型参数反复震荡不能收敛,换默认的PCM可以收敛,虽然溶剂模型对结构影响较小,但是我基态和激发态使用的溶剂模型不同会是一个问题吗?而且后续还计算重组能,HR因子这些会产生影响吗?这种情况下我有必要把基态的溶剂模型改为PCM重新计算吗

1万

帖子

0

威望

7402

eV
积分
18169

Level 6 (一方通行)

5#
发表于 Post on 2023-8-17 16:26:16 | 只看该作者 Only view this author
KSeGaSn 发表于 2023-8-16 15:25
老师您好,请问对什么任务类型的计算,基态和激发态的计算理论级别可以不一致呢?比如用PBE0/def2SVP优化 ...

如果激发态只做单点计算,那么基态结构优化和激发态单点的理论级别确实可以且经常不一致。但是如果激发态也做结构优化,那几乎任何情况下都需要和基态的理论级别统一。不然你会发现你能算的量非常有限:荧光发射波长、辐射跃迁速率倒是可以算,但是没法和吸收比较;激发态反应能垒可以算,但没法和基态能垒比较;绝热激发能算不了(理论级别不统一,没法减);重组能算不了,连带着Marcus理论以及各种非辐射跃迁速率都算不了。CAM-B3LYP确实较少用于优化基态,但是这个问题较理论级别不统一的问题小,必要时需要两害相权取其轻,统一用CAM-B3LYP优化基态和激发态结构
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

1万

帖子

0

威望

7402

eV
积分
18169

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2023-8-17 16:28:13 | 只看该作者 Only view this author
xm.liu 发表于 2023-8-16 15:28
谢谢老师的指点,作为一个新手,在论坛学到了很多东西,还有一个小问题想请教老师,就是在优 ...

要统一改成PCM。判断什么时候溶剂模型要统一,和判断什么时候泛函要统一是完全一样的道理:但凡不是一个理论级别下算出来的量,都不能互相减,如果你感兴趣的任意一个量因为不能减而算不了,就意味着有的该统一理论级别的地方你没统一
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

16

帖子

0

威望

201

eV
积分
217

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-17 19:50:17 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-8-17 16:28
要统一改成PCM。判断什么时候溶剂模型要统一,和判断什么时候泛函要统一是完全一样的道理:但凡不是一个 ...

收到,谢谢老师的耐心解答

239

帖子

0

威望

756

eV
积分
995

Level 4 (黑子)

8#
发表于 Post on 2023-8-17 21:10:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-8-17 16:26
如果激发态只做单点计算,那么基态结构优化和激发态单点的理论级别确实可以且经常不一致。但是如果激发态 ...

学习了。我原来有点武断,主要关注的是发射波长和辐射跃迁速率,因此理论级别不统一也无所谓就没管(非辐射过程主要对S1和T1研究的,保证是同一理论级别)。谢谢您的指点。

16

帖子

0

威望

201

eV
积分
217

Level 3 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-18 12:24:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xm.liu 于 2023-8-18 12:34 编辑
wzkchem5 发表于 2023-8-17 16:28
要统一改成PCM。判断什么时候溶剂模型要统一,和判断什么时候泛函要统一是完全一样的道理:但凡不是一个 ...

老师,我计算的过程又遇到了几个问题,就是用CAM-b3lyp(溶剂模型为PCM)优化出来的结果的LUMO和HOMO的值太离谱了,我能不能这个Gap值还是用b3lyp(溶剂模型为SMD)的结果啊,还有老师,我前面还有做的基态结构(用B3lyp,SMD优化的)的TD(CAM-b3lyp,SMD主要分析空穴-电子转移)以及表面静电势(这个是要在基态结构还是S1结构下面做啊?),这个TD我是要用新优化的CAM-b3lyp的结构以CAM-b3lyp方法重新去做,然后再重复一遍前面的分析过程吗?,如果要重新做,这个TD的溶剂模型我选用SMD是PCM啊(应该还是SMD更好吧)

1万

帖子

0

威望

7402

eV
积分
18169

Level 6 (一方通行)

10#
发表于 Post on 2023-8-18 17:01:53 | 只看该作者 Only view this author
xm.liu 发表于 2023-8-18 05:24
老师,我计算的过程又遇到了几个问题,就是用CAM-b3lyp(溶剂模型为PCM)优化出来的结果的LUMO和HOMO的值 ...

仔细阅读http://sobereva.com/543了解为什么你说的离谱的HOMO、LUMO值其实是正常的
如果基态的结构优化方法变了,那么任何涉及基态结构的分析都要重新做。用基态结构和S1结构都有一定道理,说明的问题不同(一个说明吸收,一个说明发射),如果既讨论吸收又讨论发射,且篇幅允许,可以都分析
对于不涉及opt或freq的问题,SMD一般不会比PCM差。对于TDDFT单点计算而言SMD应该和PCM差不多好(因为SMD比PCM好的主要原因,也就是非极性项,对垂直激发能没有贡献)
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

16

帖子

0

威望

201

eV
积分
217

Level 3 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-18 23:13:13 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-8-18 17:01
仔细阅读http://sobereva.com/543了解为什么你说的离谱的HOMO、LUMO值其实是正常的
如果基态的结构优化 ...

明白了,谢谢老师的详细解答,受益匪浅啊

37

帖子

0

威望

833

eV
积分
870

Level 4 (黑子)

12#
发表于 Post on 2023-9-18 11:35:56 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-8-17 16:26
如果激发态只做单点计算,那么基态结构优化和激发态单点的理论级别确实可以且经常不一致。但是如果激发态 ...

老师如果我在计算单点能用不同的泛函计算,去做NTO分析正好符合我的实验现象(分子随溶液极性的增大出现LE到CT的转变),这是否可行

1万

帖子

0

威望

7402

eV
积分
18169

Level 6 (一方通行)

13#
发表于 Post on 2023-9-18 16:42:24 | 只看该作者 Only view this author
身在盘丝洞 发表于 2023-9-18 04:35
老师如果我在计算单点能用不同的泛函计算,去做NTO分析正好符合我的实验现象(分子随溶液极性的增大出现L ...

什么叫”计算单点能用不同的泛函计算“?什么计算和什么计算用的泛函不同?说清楚。此外NTO分析是用的什么结构,用的什么泛函做的计算,这个泛函和其他哪些计算的泛函统一,和哪些计算的泛函不统一?
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

37

帖子

0

威望

833

eV
积分
870

Level 4 (黑子)

14#
发表于 Post on 2023-9-19 10:58:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 身在盘丝洞 于 2023-9-19 11:15 编辑
wzkchem5 发表于 2023-9-18 16:42
什么叫”计算单点能用不同的泛函计算“?什么计算和什么计算用的泛函不同?说清楚。此外NTO分析是用的什 ...

老师我是做TADF的,我要考察这个分子的电子空穴分布,在优化结构时用的# opt freq b3lyp/6-311g(d,p) scrf=(iefpcm,solvent=acetonitrile) em=gd3bj,计算单点能分别用的td=(50-50,nstates=10,root=1) pbepbe/6-311g(d,p) scrf=(iefpcm,solvent=acetonitrile) iop(9/40=4)和# td=(50-50,nstates=10,root=1) cam-b3lyp/6-311g(d,p) scrf=(iefpcm,solvent=acetonitrile) iop(9/40=4)。但是pbepbe结果为CT,cam-b3lyp为LE,且二者其中的正己烷和乙腈无差别,不应该pbepbe在局域激发更好吗怎么反过来了

1万

帖子

0

威望

7402

eV
积分
18169

Level 6 (一方通行)

15#
发表于 Post on 2023-9-19 16:57:16 | 只看该作者 Only view this author
身在盘丝洞 发表于 2023-9-19 03:58
老师我是做TADF的,我要考察这个分子的电子空穴分布,在优化结构时用的# opt freq b3lyp/6-311g(d,p) scr ...

没有PBEPBE比CAM-B3LYP的LE激发更好的说法。
HF exchange比例较小的杂化泛函(例如PBE1PBE、B3LYP)的LE激发倒可能比CAM-B3LYP更好,但是好得相对而言不多;而前者的CT激发远比后者更差。所以如果PBE1PBE、B3LYP算出来是CT,而CAM-B3LYP算出来是LE,则后者正确的概率大。至于PBEPBE等纯泛函算出来是CT,那更是完全不可信,因为纯泛函的CT激发能比普通杂化泛函还要差。
此外建议重新检查一下你是怎么从实验数据得出”由LE向CT转变“的结论的。任何由实验数据推断LE、CT成分的方法,都是有适用条件和例外情况的,搞不好是实验数据解读错误,而不是算错了。
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-26 16:56 , Processed in 0.675121 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list