请问模拟相分离时为什么不做eq平衡相MD

关于时间DE

1、在GMX培训班乙醇与水互溶、正辛烷与水分离两个案例中，为什么不做平衡相MD而直接进行产生相MD呢？
2、如果模拟石油体系的降温凝固过程，是否也没有必要做eq呢？而将体系温度直接设置在液态时的温度做MD，之后再anneal以一定速率降温到凝点以下。
3、如果把体系温度变化这样设置是否可行，和上述方法又有什么不同呢：0 K <eqMD> 液态温度 x K <prodMD> 液态温度 x K <anneal> 凝点以下 y K
4、如果要控制降温速率，是否可以通过anneal设置两个点控制呢，如（0ps，1000ps）（300K，250K）
5、要观察温降过程中相变现象，是否可以通过2（无eq）和3（有eq）之一操作观察，还是需要写脚本针对不同温度分别跑一定时间的prodMD，再分别分析相关参数呢

sobereva

1 当前研究的本来就是个非平衡过程，互溶过程从MD一开始就发生了，自然不能教条地分成平衡相和产生相。平衡状态物质属性（如某分子液体的密度）的计算之前才有必要跑平衡相。

搞清楚做平衡相的目的。计算物质的平衡状态的属性显然要求体系已经达到了平衡，之后收集的数据才能取时间平均作为物质的属性，在此之前自然要先通过一定时间的模拟让体系达到平衡。不是这类模拟目的根本没平衡相的事。

2 没必要。直接跑降温的模拟就完了

3 0K做模拟毫无意义，原子根本都不动。毫无必要分成平衡相和产生相

4 可以

5 没eq的事。更何况相变本来就是非平衡过程。

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sobereva 发表于 2023-8-19 12:21
1 当前研究的本来就是个非平衡过程，互溶过程从MD一开始就发生了，自然不能教条地分成平衡相和产生相。平衡 ...

谢谢sob老师解惑！！！

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sobereva 发表于 2023-8-19 12:21
1 当前研究的本来就是个非平衡过程，互溶过程从MD一开始就发生了，自然不能教条地分成平衡相和产生相。平衡 ...

sab老师，还有一个问题请教您，模拟2这个非平衡过程，对整个过程计算msd有意义吗？
因为在过程中随着温度降低会出现分子的同向排列，在构象上可以观察到，有没有什么数据可以用来说明呢

sobereva

关于时间DE 发表于 2023-8-19 18:16
sab老师，还有一个问题请教您，模拟2这个非平衡过程，对整个过程计算msd有意义吗？
因为在过程中随着温 ...

没什么意义。本来随着温度变化，扩散运动能力也在不断变化，对温度变化的过程考虑时间平均算MSD什么也不说明。顶多是每隔一定温度，跑一次温度恒定的足够长时间的动力学，来得到比如扩散系数随温度的变化关系。

体现同向排列这种事跟MSD也没关系，应该根据结构特征统计（比如利用分子的最长主轴之间的夹角衡量同向排列有序的程度）

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sobereva 发表于 2023-8-19 19:03
没什么意义。本来随着温度变化，扩散运动能力也在不断变化，对温度变化的过程考虑时间平均算MSD什么也不 ...

收到，感谢sob老师无私教诲！

doh88330

你好，楼主，关于您的第2个问题，有些不太明白的地方想借此楼跟您探讨一下。
我的疑问是，分子动力学可以模拟出石油体系的凝固过程吗？这个尺度是很大的。
分子动力学跑出来的蜡分子有序排列或其他现象所证明的结晶，应该也只是指的原油中有蜡晶析出了？而析出了蜡晶只是达到了析蜡点，离胶凝还非常远。随着温度的继续降低，蜡晶彼此搭接形成絮凝体结构，絮凝体结构再彼此搭接才形成胶凝网络结构。蜡晶已经是微米级别，絮凝体结构和胶凝网络结构更是，甚至是毫米级或更大的宏观级别。
如何用纳米级别的蜡分子结晶过程，来表征石油体系的凝固呢？

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doh88330 发表于 2024-3-25 15:47
你好，楼主，关于您的第2个问题，有些不太明白的地方想借此楼跟您探讨一下。
我的疑问是，分子动力学可以 ...

我要研究的东西就是在微观，不过这个也很难，目前进度还是不是很理想，我们可以讨论讨论