Amber22和AmberTools23的编译

kingljy

非常感谢您的指点，顺利从Amber16升级到了Amber22, serial和cuda serial的测试基本上都通过了，但是parellel的测试，提示mpirun 不能在root下运行，这个您是怎么处理的？

snljty2

kingljy 发表于 2023-11-28 17:25
非常感谢您的指点，顺利从Amber16升级到了Amber22, serial和cuda serial的测试基本上都通过了，但是parelle ...

我不用，而且个人强烈不推荐使用root做计算。非用的话看卢老师博文《root用户在用openmpi并行计算时避免加--allow-run-as-root的方法》。

Yancyan

非常感谢您的分享ubuntu20.04可以正常安装。同时借楼分享几个安装过程中的问题以及解决办法
首先关于补丁的安装
这里强烈建议在解压完amber以及ambertools后用./update_amber --update（服务器可以联网）；
如果没有联网可以去官网上下载补丁并放在amber22_src路径中，使用./update_amber --apply-patch=<PATCH>（例如/ubuntu/opt/amber/amber22_src/amber22_patch/update.1）
如果”python': No such file or directory“，可以用sudo apt install -y python-is-python3安装
其次，cuda版本低于11.4会出现error: identifier "CUSPARSE_SPMV_ALG_DEFAULT" is undefined，只要切换到cuda-11.4问题解决
最后，ubuntu20.04需要先安装cpu串行版本（不然会出现amber被安装在amber_src下级路径中），再安装gpu版本