计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1143|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 请问,那些命令能够做出这张图

[复制链接 Copy URL]

35

帖子

0

威望

93

eV
积分
128

Level 2 能力者

老师,您好,请问跑完md,用哪些命令能做出这张图,左右两边都如何做,谢谢!

202308270011597119..png (395.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

202308270011597119..png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125181

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-8-27 21:35:54 | 只看该作者 Only view this author
曲线图没上下文没法判断具体指什么

网格状的表面图如果仅仅为了展现分子的轮廓,VMD里drawing method用quicksurf或surf方式显示表面,风格用mesh就能显示。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

35

帖子

0

威望

93

eV
积分
128

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-27 22:44:07 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,我看了下原文,考察的是底物的解离自由能(dissociation energy),请问这个在讲义的什么位置,或者有博文推荐吗?
右边的图是通道里底物的移动,这个不知道怎么做

71

帖子

0

威望

1148

eV
积分
1219

Level 4 (黑子)

4#
发表于 Post on 2023-8-28 12:45:10 | 只看该作者 Only view this author
jia1012428 发表于 2023-8-27 22:44
老师,您好,我看了下原文,考察的是底物的解离自由能(dissociation energy),请问这个在讲义的什么位置 ...

SMD

35

帖子

0

威望

93

eV
积分
128

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-20 06:51:35 | 只看该作者 Only view this author

能再说的详细点吗,谢谢!我还是不太懂

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 04:03 , Processed in 0.192886 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list