GROMACS如何做变压模拟

pu1p · 发表于 Post on 2023-8-29 14:48:10

各位老师好，想做变温模拟可以通过退火进行设置，但如果想做变压模拟要如何设置呢，压力耦合参数部分只能设置各向同异性。

能想到的一种办法就是通过控制盒子大小来控制压力，但具体在.mdp文件中应该如何设置？又或者有没有更好的方法？

lmch · 发表于 Post on 2023-8-29 22:07:11

你甚至可以用脚本循环调用gmx实现，即每一次都做短的定压模拟，算完后调用新压力的。mdp文件

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-30 00:32:43

mdp里设deform可以设置盒子怎么变化，等效于逐渐改变压力。2L的做法也可以

pu1p · 发表于 Post on 2023-8-30 17:57:45

lmch 发表于 2023-8-29 22:07
你甚至可以用脚本循环调用gmx实现，即每一次都做短的定压模拟，算完后调用新压力的。mdp文件

感谢提供思路，但这样做实现的应该是梯度变压，无法达到连续变压的效果

pu1p · 发表于 Post on 2023-8-30 18:03:50

sobereva 发表于 2023-8-30 00:32
mdp里设deform可以设置盒子怎么变化，等效于逐渐改变压力。2L的做法也可以

谢谢sob老师，请问如果mdp中设置“deform = 0.5 0.5 0.5 0 0 0” 那么输出的轨迹中应该是盒子不断缩小，最终盒子缩小一半对吗。另外我理解的2L方法是用于在一次模拟中同时处理两个不同尺度的，要怎么实现变压呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-31 00:37:43

pu1p 发表于 2023-8-30 18:03
谢谢sob老师，请问如果mdp中设置“deform = 0.5 0.5 0.5 0 0 0” 那么输出的轨迹中应该是盒子不断缩小， ...

deform设的是变形速度，而非目标尺寸

2L的做法相当于阶梯式变化压力

pu1p · 发表于 Post on 2023-8-31 14:30:15

sobereva 发表于 2023-8-31 00:37
deform设的是变形速度，而非目标尺寸

2L的做法相当于阶梯式变化压力

感谢sob老师解答

对抗路达摩 · 发表于 Post on 2023-9-2 21:09:08

“连续变压”实质上也是间断的，你MD本身就是一个step一个step做的。比如原来控压是2ps一次，你把每个模拟都设置成2ps，不就实现了连续控压？

niumx · 发表于 Post on 2024-3-28 19:04:42

lmch 发表于 2023-8-29 22:07
你甚至可以用脚本循环调用gmx实现，即每一次都做短的定压模拟，算完后调用新压力的。mdp文件

请问您的意思是：一次一次的更改mdp文件中的ref_p的数值（每次变化很小，类似于连续变压），直到达到采样所需要的压力吗？

niumx · 发表于 Post on 2024-3-28 19:10:55

pu1p 发表于 2023-8-30 18:03
谢谢sob老师，请问如果mdp中设置“deform = 0.5 0.5 0.5 0 0 0” 那么输出的轨迹中应该是盒子不断缩小， ...

请问问题解决了吗？deform变量是手动输入进去的吗？

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