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楼主 Author: Lance先生
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[GROMACS] (已解决)请教一些各位大佬gromacs计算乙醇的自由能步骤是什么

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-8 18:33:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-2 05:18
帧数就是指你计算时间平均的量所考虑的那些帧的总数目

我不知道你想批量算什么量

社长你好,我想问问您gromacs跑单个分子的平衡的话,比如说算单个乙醇分子,盒子应该如何定义呢?
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发表于 Post on 2023-11-9 06:04:26 | 只看该作者 Only view this author
Lance先生 发表于 2023-11-8 18:33
社长你好,我想问问您gromacs跑单个分子的平衡的话,比如说算单个乙醇分子,盒子应该如何定义呢?

盒子必须足够大,使得乙醇和它的周期镜像的相互作用小到可以忽略
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-9 11:32:33 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Lance先生 于 2023-11-9 11:37 编辑
sobereva 发表于 2023-11-9 06:04
盒子必须足够大,使得乙醇和它的周期镜像的相互作用小到可以忽略

社长,那这个足够大,具体应该大于多少比较好呢?我做的盒子是3×3×3的,这样够用吗?因为我测试发现,盒子越大,提取的total energy也就越大,所以对于单个分子而言,盒子的大小应该如何确定才比较严谨呢?
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发表于 Post on 2023-11-9 17:08:32 | 只看该作者 Only view this author
Lance先生 发表于 2023-11-9 11:32
社长,那这个足够大,具体应该大于多少比较好呢?我做的盒子是3×3×3的,这样够用吗?因为我测试发现, ...

看你具体怎么算的静电相互作用
诸如用cutoff算的静电相互作用,只要原子间距离超过cutoff相互作用就可以忽略
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-9 18:55:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-9 17:08
看你具体怎么算的静电相互作用
诸如用cutoff算的静电相互作用,只要原子间距离超过cutoff相互作用就可以 ...

我用的是PME处理的,社长,那这种情况下我这盒子设置的合理吗?
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发表于 Post on 2023-11-10 07:10:23 | 只看该作者 Only view this author
Lance先生 发表于 2023-11-9 18:55
我用的是PME处理的,社长,那这种情况下我这盒子设置的合理吗?

PME会考虑无穷远的静电相互作用。
乙醇是有偶极矩的分子,盒子必须足够大才能令偶极-偶极相互作用小到可以忽略不计。偶极-偶极相互作用能随 1/(距离)^3 收敛,拿不准就自己做能量随盒子尺寸的收敛性测试
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