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[Multiwfn使用咨询] 分析范德华表面穿透程度

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楼主
  • 老师,按照您的博文http://sobereva.com/196我想分析一下范德华表面穿透程度,例子中提到对水的二聚体中两个水分别做定量分子表面分析,将得到的两套表面顶点都放到VMD里同时显示出来”,我怎么弄都搞不对。我的过程是载入二聚体的wfn文件然后功能12/0/12定义fragment,导入vdw,结果倒是把两部分分开了,但是还是没显示出各个部分的静电势呀。求指导,谢谢老师。

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发表于 Post on 2016-8-26 00:30:17 | 只看该作者 Only view this author
不能载入二聚体的,否则显示的是二聚体的整体的范德华表面。
你得对两个单体分别作表面分析,分别把两套表面顶点载入到VMD,这样才有交叠效果。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-26 00:45:29 | 只看该作者 Only view this author
那么老师,这样的话就只能自己在vmd 中输入二聚体稳定状态下格原子的坐标喽,不然直接载入无法准确判定两个单体以何种取向相互作用了?谢谢您。

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发表于 Post on 2016-8-26 01:02:21 | 只看该作者 Only view this author
librakitty 发表于 2016-8-26 00:45
那么老师,这样的话就只能自己在vmd 中输入二聚体稳定状态下格原子的坐标喽,不然直接载入无法准确判定两个 ...

优化完二聚体,从中提取两个单体的坐标,然后分别计算、分别做分子表面静电势分析、分别载入到VMD。算两个单体的时候用nosymm关键词,保证高斯不自动改位置。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-26 01:22:34 | 只看该作者 Only view this author
明白了,多谢老师

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