使用cp2k运行Metadynamics作业得到自由能面后怎么确定局部最小点出的分子构型

吞木木 · 发表于 Post on 2023-8-31 15:33:37

本帖最后由吞木木于 2023-8-31 15:33 编辑

各位老师好：
我最近使用cp2k跑Metadynamics作业得到了如下自由能面图（使用origin作图），虽然我得到了这个图，但是我想知道图中蓝色部分对应的构型，它对应的构型应该怎么找啊？

还有一件事是，上边这个图要是换一种样式画的话，加上等高线的样式，就会画成下边这样，只有大致的形状，会出现好多局部最小点，这样的话是不是更改cp2k的输入文件中的&Free_energy&Metadyn下的参数WW的值，与&Metavar下的参数SCALE就会好一点？谢谢大家了

王二葛 · 发表于 Post on 2023-9-3 19:22:11

第二个问题，关闭快速模式可以正常显示

第一个问题在论坛里应该有过讨论

XXDD · 发表于 Post on 2025-8-1 17:27:37

请问一下这个图是怎么画的呀，横纵坐标分别是什么呀，我也要统计自由能面

吞木木 · 发表于 Post on 6 day ago

XXDD 发表于 2025-8-1 17:27
请问一下这个图是怎么画的呀，横纵坐标分别是什么呀，我也要统计自由能面

有一个小程序叫metadynminer，metadynminer3d，是在R语言下运行的，网上有很多教程，自己去搜一下

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[CP2K] 使用cp2k运行Metadynamics作业得到自由能面后怎么确定局部最小点出的分子构型