请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 617|回复: 12

[波函数分析求助] 关于氢键能量的计算

[复制链接]

156

帖子

0

威望

1744

eV
积分
1900

Level 5 (御坂)

发表于 2016-8-26 19:50:54 | 显示全部楼层 |阅读模式
In Chem. Phys. Lett., 285, 170, the authors stated that for the hydrogen bond [X-H----O
(X=C,N,O)], the relationship between bond energy EHB and potential energy density V(r) at
corresponding BCP can be approximately described as
EHB=V(rbcp)/2
对于 [X-H----O (X=C,N,O)] 可以通过拓扑分析得到 V(r) 再计算氢键能量
那么不是这种类型的氢键 如 O-H----N  怎么来计算或比较氢键能量呢
谢谢大师指导!
计算化学与分子模拟

8869

帖子

16

威望

1万

eV
积分
20292

管理员

公社社长

发表于 2016-8-26 21:29:48 | 显示全部楼层
如果只是横向比较O-H----N,用BCP的V一样可以比较强弱
但靠V/2估计氢键键能,虽然也不是不能用,但误差应该大于X-H----O型
要精确计算就构建模型体系,相互作用只剩这部分氢键的时候计算相互作用能
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn
计算化学公社:http://bbs.keinsci.com
思想家公社QQ群1号:18616395(2000人已满),思想家公社QQ群2号:466017436(讨论计算化学为主,加入时必须注明研究方向)

Money and papers are rubbish, get a real life!

156

帖子

0

威望

1744

eV
积分
1900

Level 5 (御坂)

 楼主| 发表于 2016-8-26 21:40:00 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2016-8-26 21:29
如果只是横向比较O-H----N,用BCP的V一样可以比较强弱
但靠V/2估计氢键键能,虽然也不是不能用,但误差应 ...

谢谢大师指点
横向比较O-H----N的意思是若干个同为O-H----N的氢键 V越负 氢键能量也越负 吗
谢谢!
计算化学与分子模拟

8869

帖子

16

威望

1万

eV
积分
20292

管理员

公社社长

发表于 2016-8-26 22:22:30 | 显示全部楼层
captain 发表于 2016-8-26 21:40
谢谢大师指点
横向比较O-H----N的意思是若干个同为O-H----N的氢键 V越负 氢键能量也越负 吗
谢谢!

y
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn
计算化学公社:http://bbs.keinsci.com
思想家公社QQ群1号:18616395(2000人已满),思想家公社QQ群2号:466017436(讨论计算化学为主,加入时必须注明研究方向)

Money and papers are rubbish, get a real life!

156

帖子

0

威望

1744

eV
积分
1900

Level 5 (御坂)

 楼主| 发表于 2016-8-26 22:33:27 | 显示全部楼层
计算化学与分子模拟

156

帖子

0

威望

1744

eV
积分
1900

Level 5 (御坂)

 楼主| 发表于 2016-8-27 10:40:26 | 显示全部楼层
本帖最后由 captain 于 2016-8-27 10:59 编辑

还有请问大师
multiwfn拓扑分析里输出的 Potential energy density V(r) 和 Energy density的单位是 Hartree 吗 ?
Density of all electrons 和 Laplacian of electron density 的单位是 a.u. 吗 ?
十分感谢!
计算化学与分子模拟

78

帖子

0

威望

1012

eV
积分
1090

Level 4 (黑子)

发表于 2016-8-27 10:53:10 | 显示全部楼层
captain 发表于 2016-8-27 10:40
还有请问大师
multiwfn拓扑分析里输出的 Potential energy density V(r) 等其它能量的单位是 Hartree  ...

单位都是a.u.只不过对于V(r)而言,1a.u.=1 Hartree=627.5095kcal/mol。

评分

参与人数 1eV +5 收起 理由
captain + 5 谢谢

查看全部评分

156

帖子

0

威望

1744

eV
积分
1900

Level 5 (御坂)

 楼主| 发表于 2016-8-27 11:00:35 | 显示全部楼层
1130240115 发表于 2016-8-27 10:53
单位都是a.u.只不过对于V(r)而言,1a.u.=1 Hartree=627.5095kcal/mol。

明白了 谢谢!
计算化学与分子模拟

8869

帖子

16

威望

1万

eV
积分
20292

管理员

公社社长

发表于 2016-8-27 13:30:17 | 显示全部楼层
captain 发表于 2016-8-27 10:40
还有请问大师
multiwfn拓扑分析里输出的 Potential energy density V(r) 和 Energy density的单位是 Ha ...


凡是屏幕上没注明单位的,一律都是a.u.
你提到的这些量在拓扑分析模块里输出的都是a.u.,程序输出那些量的时候已经注明了
Note: Unless otherwise specified, all units are in a.u.
CP Position:    0.00000000000000   -1.38108827623100   -0.86301861813589
CP type: (3,-3)
Density of all electrons:  0.4139983149E+00
Density of Alpha electrons:  0.2069991574E+00
Density of Beta electrons:  0.2069991574E+00
Spin density of electrons:  0.0000000000E+00
Lagrangian kinetic energy G(r):  0.3373087347E-01

Hartree是原子单位制(a.u.)里面对于能量的单位,因此动能密度、势能密度、能量密度、静电势这些能量有关的量才能明确写为Hartree(因此7L说法不很确切,不是“只”对势能密度才是Hartree)。而诸如电子密度在原子单位制里是e/Bohr^3。
要想省事就都写a.u.就完了

评分

参与人数 1eV +5 收起 理由
captain + 5 谢谢

查看全部评分

思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn
计算化学公社:http://bbs.keinsci.com
思想家公社QQ群1号:18616395(2000人已满),思想家公社QQ群2号:466017436(讨论计算化学为主,加入时必须注明研究方向)

Money and papers are rubbish, get a real life!

78

帖子

0

威望

1012

eV
积分
1090

Level 4 (黑子)

发表于 2016-8-27 13:56:40 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2016-8-27 13:30
凡是屏幕上没注明单位的,一律都是a.u.
你提到的这些量在拓扑分析模块里输出的都是a.u.,程序输出那些 ...

谢谢老师回复。

24

帖子

0

威望

581

eV
积分
605

Level 4 (黑子)

发表于 2017-3-7 21:26:14 | 显示全部楼层
你好,想问一下,用Multiwfn得到的V(r)就是V(rbcp)吗?

8869

帖子

16

威望

1万

eV
积分
20292

管理员

公社社长

发表于 2017-3-7 21:59:50 | 显示全部楼层
hellockh 发表于 2017-3-7 21:26
你好,想问一下,用Multiwfn得到的V(r)就是V(rbcp)吗?


看你算什么位置的
V(r_bcp)特指BCP位置的V(r)
你用multiwfn主功能2找到对应的临界点,查看那个临界点的V(r)就是V(r_bcp)
详见
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn
计算化学公社:http://bbs.keinsci.com
思想家公社QQ群1号:18616395(2000人已满),思想家公社QQ群2号:466017436(讨论计算化学为主,加入时必须注明研究方向)

Money and papers are rubbish, get a real life!

24

帖子

0

威望

581

eV
积分
605

Level 4 (黑子)

发表于 2017-3-8 13:31:57 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2017-3-7 21:59
看你算什么位置的
V(r_bcp)特指BCP位置的V(r)
你用multiwfn主功能2找到对应的临界点,查看那个临界点 ...

谢谢sob老师!
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

Archiver|手机版|小黑屋|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2017-5-1 04:37 , Processed in 0.096001 second(s), 23 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表