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[蛋白质建模] Avogadro构建肽链时N端NH和NH+有什么区别?

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各位老师同学好,我在使用Avogadro软件构建肽链时有一些疑惑。
1.图中的N端NH和NH+有什么区别(C端也是),构建出的肽链哪个才是后续可以进行分子动力学模拟的?
2.通过Avogadro构建出来的肽链后续需要什么处理吗?比如优化一下结构等等。



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2#
发表于 Post on 2023-9-8 00:56:57 | 只看该作者 Only view this author
应该是质子化态不同,实际对比一下便知
如果是拿来跑动力学,做优化不是必须的。跑起来都一样
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