关于复杂有机分子在Cu（1 1 1）面的吸附建模的一点问题

lisasever · 发表于 Post on 2023-9-7 11:37:27

本人想计算一个复杂有机分子在Cu（1 1 1）面的吸附，想知道是先用gaussian把有机分子优化好后粘贴到超胞模型中，还是用gview在超胞模型上绘制该有机分子？

wangyj · 发表于 Post on 2023-9-7 11:43:37

你算吸附能需要减去吸附前的两个结构，所以你本身也得对有机分子进行优化，把优化好的结构粘过去优化起来比较容易。

黑色桃花 · 发表于 Post on 2023-9-7 14:26:17

wangyj 发表于 2023-9-7 11:43
你算吸附能需要减去吸附前的两个结构，所以你本身也得对有机分子进行优化，把优化好的结构粘过去优化起来比 ...

先对有机分子优化，粘贴的话可以手动摆放一下

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-8 00:30:31

取决于分子的具体特征。柔性分子的吸附和孤立状态下的优势构象往往截然不同。因此事先在真空下单独优化一下未必有什么额外好处，虽然从结果上也不会有坏处（至少总比自己手动直接在GaussView里画的更合理）

reid · 发表于 Post on 2023-9-9 17:37:05

我刚找到一个好方法，有机分子优化好（可以用Gaussian或orca）后，把xyz坐标导入vesta，另存成cif，然后就可以用MS打开直接拷贝了

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[建模与可视化] 关于复杂有机分子在Cu（1 1 1）面的吸附建模的一点问题