[GROMACS] gromacs中伞状抽样计算离子跨膜输运的PMF的求教

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发表于 Post on 2023-9-10 16:11:55 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

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各位大佬们，我想请教下在gromacs中y用伞状抽样的方法算离子跨膜输运的pmf时，是否初态选取的越多位置越离散那么最好加权处的pmf曲线就越平稳，数据准确性更高吗？因为我的通道是残基修饰的石墨烯，残基的位置很影响其周围的离子输运行为，算出来的pmf曲线波动涨落很大，我想是否能通过再多些初态一起统计来改善曲线的光滑度，想求教一下这个方法是可行的吗? 期待和各位的讨论

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