在学习PLUMED中用metaD做增强采样的几个问题

zhitengcheer

各位老师大家好：学生在使用GROMACS+PLUMED做增强采样时有几个小问题尚不明白，请各位老师不吝惜赐教：
1：使用GROMACS和plumeD元动力学模拟中，可以先把轨迹采出来，再用“plumed driver --plumed plumed.dat --mf_xtc md.xtc”对每个CV加偏置增强采样吗？这样做是不是不会产生偏置？
2：如果GROMACS+PLUMED在计算过程中因为停电导致计算中断，GROMACS有续算的命令，但是我想知道加上PLUMED能否继续续算？会不会导致沉积的高斯峰从零开始？
3：我所做的成核增强采样沿着二维CVs画出来的自由能面是负值的，但是论文中都是正值，是因为我的模拟体系是过饱和溶液且为过冷状态下模拟导致成核自发进行吗？

Huschein

driver只是个后处理的程序，偏置势都在HILLS文件里

丁越

1. 如1楼所说，driver只是个后处理工具，增强采样是在如plumed.dat的输入文件中设置。

2. 可以续算，plumed 的输入文件开头加上RESTART。另外重新运行时对你的MD引擎恰当进行续算，比如CP2K是通过restart文件进行续算。

3. sum_hills 模块中添加--mintozero就能使自由能都变成正值。正负其实都无所谓，关注的都是相对能量差。

zhitengcheer

丁越 发表于 2023-9-12 19:21
1. 如1楼所说，driver只是个后处理工具，增强采样是在如plumed.dat的输入文件中设置。

2. 可以续算，plu ...

学长好，谢谢学长解答。我还有有一问题，如果在使用PLUMED和GROMACS跑元动力学的时候，在plumed.dat里设置了PACE=1000，但其实我是想数据更多一些，设置为PACE=100。有没有办法在不重新跑的前提下让数据每100次输出一次hills?

丁越

zhitengcheer 发表于 2023-9-24 18:53
学长好，谢谢学长解答。我还有有一问题，如果在使用PLUMED和GROMACS跑元动力学的时候，在plumed.dat里设 ...

不能。PACE是跑MD过程中添加高斯峰的间隔，你在后处理时用的是现有产生的轨迹文件，一旦高斯峰的填充间隔改变了轨迹文件势必也不相同。另外你需要考虑你减小PACE是否合理，因为添加高斯峰的间隔需要有足够的时间来让体系弛豫。