M$输出的cif文件不能正确保留键型的问题

naoki · 发表于 Post on 2023-9-12 21:47:19

我有个聚合物大体系，想用sobtop产生GMX的拓扑文件，目前是把LAMMPS优化好的结构用M$输出为cif，再用gaussview转为mol2给sobtop提供输入文件，因此需要mol2包含正确键型供sobtop判断。然而在M$中确认正确的键，在输出为cif后再导入M$或gaussview观察时发现被改变了，比如CF3中的一个C-F键由单键变为双键之类，这些键主要在周期性边界附近。这导致sobtop无法正确分配力场中的原子类型。求助各位坛友是否有解决此问题的方法，谢谢~

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-12 21:58:49

判断得不对的键不多的情况可以手动调，GaussView里也可以按下文所示修改判断成单、双键的阈值，然后重新判断成键
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

naoki · 发表于 Post on 2023-9-13 10:26:23

sobereva 发表于 2023-9-12 22:58
判断得不对的键不多的情况可以手动调，GaussView里也可以按下文所示修改判断成单、双键的阈值，然后重新判 ...

谢谢sob老师！我的聚合物比较大和复杂，出错的键约400个，我再琢磨下

ABetaCarw · 发表于 Post on 2023-9-13 10:35:15

真要弄，你应该找一个格式。MS能够准确写入成键信息。后续接替的软件也能准确识别成键信息。
如果带cell信息的格式都不能满足要求，或许可以不将视角聚焦在那类格式，而是将显示视角改为不会打断成键的显示方式，然后unbuild crystal 然后再导出到普通格式

以上只是个人一个猜想，你可以试试

naoki · 发表于 Post on 2023-9-13 12:02:25

本帖最后由 naoki 于 2023-9-13 13:06 编辑

ABetaCarw 发表于 2023-9-13 11:35
真要弄，你应该找一个格式。MS能够准确写入成键信息。后续接替的软件也能准确识别成键信息。
如果带cell ...

是的其实xsd或car和mdf配合是可以保留的但是sobtop应该不会兼容这类格式
后面那种方式我再琢磨下我的聚合物是无限长的 unbuild crystal可能不太适用感谢~

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[综合交流] M$输出的cif文件不能正确保留键型的问题

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