计算体系中Emim+与水的配位数问题

LHY1999LHY · 发表于 Post on 2023-9-15 08:17:53

大家好，最近需要计算体系中Emim与水的配位数，但是不知道怎么选择两组分之间的配位原子，还请大家答疑解惑，谢谢大家。

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-16 01:22:33

如果你的目的是计算平均每个Emim分子周围一定距离内的水分子数，可以自己写VMD tcl脚本，循环各帧，每一帧都利用within of选择语句（参考下文）统计所有Emim在一定距离内的水分子数，然后求时间和分子数平均
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

LHY1999LHY · 发表于 Post on 2023-9-18 08:31:06

sobereva 发表于 2023-9-16 01:22
如果你的目的是计算平均每个Emim分子周围一定距离内的水分子数，可以自己写VMD tcl脚本，循环各帧，每一帧 ...

好的，我尝试一下，谢谢老师

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