求助：模拟双链短RNA，跑完md后周期性边界条件始终处理不好

Roosa · 发表于 Post on 2023-9-15 14:21:58

我对一个序列为5'-G6-3'和3'-CU-5'配对的RNA（6表示R6A，N-6甲基修饰的腺嘌呤），使用gromacs带R6A修饰的力场进行500ns的模拟，盒子大小设置的1nm。
跑完后使用-pbc mol -center处理轨迹，得到的RNA跑飞了，便-pbc whole，但是还是一条链跑出水盒子，rmsd和pymol截图如下：

然后使用-pbc atom -center选取中心原子来处理边界条件，但是整个RNA一共才120多个原子，我试了很多选择都不行，下面是我选取第30个原子作为中心的rmsd（其他选择效果都差不多差，我就不一一放上来了）

这样处理也会得到以下明显是周期性边界条件出问题的结果，截图如下：

我又用了-pbc cluster，得到的rmsd比上面的好，但是还是不太行，rmsd如下：

现在不知道该怎么办，求助大佬们！希望可以指点迷津。

补充：这个带R6A修饰的力场参考文献是Molecular Simulations Matching Denaturation Experiments for N6‑Methyladenosine（ACSCent. Sci. 2022, 8,1218−1228），我之前用它跑过序列更长的RNA，比如PDB号为7pof的，这些在处理周期性边界条件的时候都没有遇到问题，跑出来的结果也和实验结果符合很好，就应该不是力场的问题。

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-16 01:33:10

缺乏经验的话老老实实用矩形盒子，省得实际计算考虑的周期性和显示的结构的关系弄不清楚

Roosa · 发表于 Post on 2023-9-18 10:23:26

sobereva 发表于 2023-9-16 01:33
缺乏经验的话老老实实用矩形盒子，省得实际计算考虑的周期性和显示的结构的关系弄不清楚

我用的就是矩形的盒子，有关命令是gmx editconf -f name.gro -o name_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic，还是说您指的矩形是triclinic这种？

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-18 10:29:05

先用-pbc cluster，把两条链的二聚体整体保持完整再说

Roosa · 发表于 Post on 2023-9-18 10:33:51

sobereva 发表于 2023-9-18 10:29
先用-pbc cluster，把两条链的二聚体整体保持完整再说

我后来处理轨迹时先用了-pbc cluster，导出pdb后查看发现大多数两条链完整，偶尔有几帧一条链跑飞了，rmsd是帖子主楼那张图，我再-pbc atom -center，得到的结果和只-pbc cluster差不多，rmsd高的都往1.5nm走

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-18 10:38:58

Roosa 发表于 2023-9-18 10:33
我后来处理轨迹时先用了-pbc cluster，导出pdb后查看发现大多数两条链完整，偶尔有几帧一条链跑飞了，rms ...

-pbc atom作甚，只会导致分子不完整
-pbc cluster只要用对了（诸如不是一开始就是分家的），不可能两条链在某些帧分家。只要两条链完整挨在一起，算RMSD什么毛病都不可能有

Roosa · 发表于 Post on 2023-9-18 18:23:32

只用-pbc cluster时，第一帧时这样的：

500ns内大多数时候两条链没有配对，但是也离得不远，就像这样：

但是还是存在rmsd很高的，对应的结构是：

beyond · 发表于 Post on 2023-9-18 21:22:56

做PBC correction，在用center的时候，最好选择的原子在一条链上的，如果选择2条链，很容易两条莲分离

看你的分子也不大，应该比较好调，你可以试一下不用center，或者center的group选择一条链上中间的1-2个氨基酸
-pbc mol 应该就可以了，要实在还有1-2帧弄不好，就vmd手动调一下也可以的。。。

Christ · 发表于 Post on 2023-12-2 05:24:23

我用Amber跑一个dimer的时候也出现这种现象，目前我不知道怎么解决

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